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分子シミュレーションを用いたアルツハイマー病におけるAβ産生の起点機構の詳細解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K12115
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関近畿大学

研究代表者

宮下 尚之  近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (20452162)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード構造予測 / 相互作用計算 / 分子動力学シミュレーション / アルツハイマー病 / アミロイド前駆体タンパク質 / 切断酵素 / アルツハイマー病メカニズム / 立体構造予測 / α切断酵素 / β切断酵素 / APP / REMD / 膜タンパク質 / タンパク質構造モデリング
研究開始時の研究の概要

アルツハイマー病の分子機構の特に初期過程を明らかにする為に、アルツハイマー病の起点となる分子機構であるβ切断酵素とアミロイド前駆体タンパク質(APP)の特異的な動的相互作用機構の詳細を、タンパク質モデリングと分子動力学シミュレーションで明らかにする。そして、β切断酵素のAPP切断に至る機構の詳細を解明する。また、可能であればα切断酵素に対しても同様の研究を実施し、将来的にはこのプロセスを制御するような薬剤設計の指針を得る。

研究成果の概要

アミロイドβペプチド(Aβ)は、β切断酵素によりアミロイド前駆体タンパク質(APP)の細胞外部位が切断され、続いてγ切断酵素により膜貫通部位が切断されることで産生される。Aβの凝集により老人斑が生成される。一方、通常のAPPはα切断酵素によりAPPの細胞外領域が切断される。現在、切断酵素、APPの全長構造はわかっていない。またAPPの切断酵素による切断に至るまでのメカニズムもわかっていない。
そこで本研究では①αとβ切断酵素の全長構造とAPPの必要な部位の構造をREMDやAlpha Fold2などで予測し、それらのダイナミクスから、②APPの切断酵素へのアプローチの仕方について調べた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

β切断酵素とα切断酵素の全長構造は実験的に解けていないが、Alpha Foldだけを用いた全長構造予測はできない難しいシステムである。複数の構造予測法を組み合わせることで、難しい構造のタンパク質の予測ができることを示したプロトコルの提案という意味で学術的な意義がある。またその構造を用いて、β切断酵素及びα切断酵素全長とAPPの動的な相互作用をみることで疾患プロセスにおける重要なある1つの過程を調べられ、その点も学術的な意義がある。アルツハイマー病の分子メカニズムの詳細はわかっていないが、本研究は将来的に疾患抑制につながる薬剤の開発に繋がるという意味で、社会的な意義があると言えよう。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 155 号: 4 ページ: 044107-044107

    • DOI

      10.1063/5.0055662

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] The structure modeling of the whole sequence of α-secretase in the membrane and the dynamics.2023

    • 著者名/発表者名
      藤本凌, 齊藤聖奈, 中条貴裕, 柳野賀緒梨, 宮下尚之
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The role of gamma-secretase and cholesterols in the molecular mechanism of A beta peptide production of the early stage of Alzheimer’s disease2023

    • 著者名/発表者名
      宮下尚之
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の全長構造の構造モデリングとそのダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      藤本凌, 齊藤聖奈,中条貴裕, 宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Morphing Method Using the Trajectories of Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network and the Applications2023

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Simulation Study of the Interaction Between the Transmembrane Domain of Amyloid Precursor Protein and the Transmembrane Domains of alpha-, beta- and gamma- Secretases in the Membrane During the Early Stages of Alzheimer’s Disease.2023

    • 著者名/発表者名
      N. Miyashita, K. Yanagino, C. Minami, R. Fujimoto, S. Shimogochi, R. Kiyooka
    • 学会等名
      MRM2023 IUMRS-ICA2023, Advanced Material Research Grand Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2023

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
    • 学会等名
      68th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      中条貴裕,斎藤聖奈,松倉里紗,宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] HPCを用いたアルツハイマー病関連タンパク質γ切断酵素とコレステロールとの相互作用2023

    • 著者名/発表者名
      南知香, 宮下尚之
    • 学会等名
      超異分野学会東京大会2023
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] γ切断酵素と APP の結合過程におけるコレステロールの役割2022

    • 著者名/発表者名
      南知香, 松倉里紗, 宮下尚之
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep Neural Network を用いた形からアミノ酸配列提案するプログラムの並列学習器モデルの考察2022

    • 著者名/発表者名
      岩野和哉,清岡亮太,宮下尚之
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Application of the Protein Morphing Method and the Semi-automatic Simplified Path Exploration to the Membrane Protein Dimers Dynamics2022

    • 著者名/発表者名
      Ryota Kiyooka, Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Coarse-grained model Simulation study of the docking process of γ-secretase and APP/ Notch2022

    • 著者名/発表者名
      Chika Minami, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep Neural Networkを用いたタンパク質の構造データからアミノ酸配列を提案するプログラムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      岩野和哉,清岡亮太,宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質と Notch 受容体の膜貫通部位とγ-切断酵素との相互作用とコレステロールとの関わり2022

    • 著者名/発表者名
      南 知香, 松倉里紗, 宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Interaction between Amyloid precursor protein and the transmembrane region of beta-secretase and the dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyashita, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたNotchとγ切断酵素の相互作用とその結合機構2021

    • 著者名/発表者名
      南知香, 宮下尚之
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ラフト環境下におけるγ切断酵素とそれによって切断される膜タンパク質の膜貫通部位と脂質分子の相互作用2021

    • 著者名/発表者名
      南知香, 宮下尚之
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Interaction Between Cholesterol and Substrate Binding Sites of gamma-secretase2021

    • 著者名/発表者名
      Chika Minami, Naoyuki Miyashita,
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 粗視化モデルシミュレーションを用いた脂質分子とγ切断酵素との相互作用研究2021

    • 著者名/発表者名
      Chika Minami, Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] FY2021-2023科研費基盤研究(C)の成果

    • URL

      https://www2.miyashita-lab.net/2-research/research-grant-and-commissioned-projects/fy2021-2021%E7%A7%91%E7%A0%94%E8%B2%BB%E5%9F%BA%E7%9B%A4%E7%A0%94%E7%A9%B6c%E3%81%AE%E6%88%90%E6%9E%9C

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
  • [備考] Activity FY2023

    • URL

      https://www2.miyashita-lab.net/3-papers/activity-fy2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 教員紹介・宮下尚之

    • URL

      https://www.kindai.ac.jp/bost/research-and-education/teachers/introduce/miyashita-naoyuki-4c6.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] FY2021-2023科研費基盤研究(C)の成果

    • URL

      https://www2.miyashita-lab.net/miyashita-lab/2-research/research-grant-and-commissioned-projects

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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