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血液凝固機能を阻害する非天然型DNAアプタマー薬剤の構造とヌクレアーゼ耐性機構

研究課題

研究課題/領域番号 21K12123
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関電気通信大学

研究代表者

渡辺 信一  電気通信大学, 国際教育センター, 特任教授 (60210902)

研究分担者 瀧 真清  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (70362952)
山越 智健  電気通信大学, レーザー新世代研究センター, 研究員 (30801245)
宮下 尚之  近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (20452162)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2023年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードDNA Aptamer / DNA Covalent Aptamer / TBDcA / Combinatorial Screening / DNA aptamer / TBA/thrombin / DNA・コバレント・アプタマーTBDcA / 非天然型DNAアプタマー / TBA / G-quadruplex
研究開始時の研究の概要

DNAアプタマーはタンパク質などの標的分子に特異的に結合するDNA断片で、SELEX法で人工的に進化させて、その特性を著しく強化できる。創薬の観点から重要である。通常自然に存在する4つのヌクレオチドで構成さるが、反応特性のバリエーションを増やしたり体内での分解に対する耐性を強化したりする目的で非天然型の検討は有用である。具体的には、トロンビンに特異的に結合して血液凝固機能を阻害する非天然型DNAアプタマーを理論的に考察する。天然型のTBAを例題として、各々の核酸を非天然型アノマーで置き換える計32767通りの配列の中から、構造安定性、ヌクレアーゼ耐性、特異的結合能の3点において最適な解を探る。

研究成果の概要

TBAはthrombinに結合して、抗血液凝固剤として作用するDNAアプタマー(一本鎖のDNA)である。高い特異性と非免疫原性を持つのみでなく、薬効が相補鎖によって無効化できるという利点がある。
血清中に存在するヌクレアーゼによって分解されやすい点が課題である。天然型DNAを非天然型で部分的に置換した非天然型TBAを対象にMD計算をし、その安定性を検討した。また、SO2F分子で修飾したTBA(TBDcA)を実験的に合成し、thrombinに共有結合させた。TBDcAは薬効を維持したまま、ヌクレアーゼ耐性を示し、結合力も共有結合で強化されることが分かった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

TBAを始めとする核酸(DNA・RNA)アプタマーはSELEX法によって進化論的に作製され、標的分子に対する高い特異性を獲得するだけでなく、抗薬物抗体が生じ難く、相補鎖によって容易に中和でき安全である。薬剤としては極めて魅力的な性質を持っていると言える。本研究のTBDcAを例とする共有結合型修飾は、核酸アプタマーの弱点であるヌクレアーゼによる分解・排出を克服できると考えられる。今後応用領域を拡大する上で有望であり、社会的意義は高い。また、結晶化の困難な核酸アプタマーの構造の理解に向けたfoldingおよびunfoldingに関する動力学の理解は学術面での新展開にも繋がると期待される。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] bioTCIs: Middle-to-Macro Biomolecular Targeted Covalent Inhibitors Possessing Both Semi-Permanent Drug Action and Stringent Target Specificity as Potential Antibody Replacements2023

    • 著者名/発表者名
      Yang Jay、Tabuchi Yudai、Katsuki Riku、Taki Masumi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 4 ページ: 3525-3525

    • DOI

      10.3390/ijms24043525

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Relative Nuclease Resistance of a DNA Aptamer Covalently Conjugated to a Target Protein2022

    • 著者名/発表者名
      Tabuchi Yudai、Yang Jay、Taki Masumi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 号: 14 ページ: 7778-7778

    • DOI

      10.3390/ijms23147778

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dual-channel scattering problem in the cavity-like potential2022

    • 著者名/発表者名
      Tomotake Yamakoshi and Shinichi Watanabe
    • 雑誌名

      European Journal of Physics

      巻: 43 号: 3 ページ: 035401-035401

    • DOI

      10.1088/1361-6404/ac4e63

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct Combinatorial Screening of a Target-Specific Covalent Binding Peptide: Activation of the Warhead Reactivity in a Pseudo-Catalytic Microenvironment2022

    • 著者名/発表者名
      Yudai Tabuchi, Riku Katsuki, Yuji Ito, and Masumi Taki
    • 雑誌名

      Peptide Science 2021: Y. Hayashi (Ed.) The Japanese Peptide Society

      巻: 2021 ページ: 15-16

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2024

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
    • 学会等名
      68th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 中分子共有結合薬剤(bioTCI):ペプチド型TCIの直接選択とアプタマーのTCI化2023

    • 著者名/発表者名
      瀧真清
    • 学会等名
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] PDBデータとDeep Neural Networkを用いたタンパク質の一部分の形状からアミノ酸配列を設計する手法の提案2023

    • 著者名/発表者名
      岩野和哉, 塩田優真, 宮下尚之*
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発2023

    • 著者名/発表者名
      岩野和哉, 中条貴裕, 塩田優真, 宮下尚之*
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 共有結合型ペプチド薬剤とGST二量体との相互作用機構2023

    • 著者名/発表者名
      松倉里紗, 瀧真清, 宮下尚之, 渡辺信一, Jay Yang
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会, オンライン開催, 3/22-25, 2023
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE MECHANISM OF THE CLIENT UNFOLDED PROTEIN DELIVERY FROM HSP40 TO HSP702023

    • 著者名/発表者名
      Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      Biophysical Society Annual Meeting BPS2023, San Diego (USA), 2/18-22, 2023
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics study of the interaction between a GST dimer and a novel peptidic covalent aptamer2022

    • 著者名/発表者名
      Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, Jay Yang
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会, タワーホール船堀, 10/25-27, 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] HSP40 binding affects the stability of HSP702022

    • 著者名/発表者名
      Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会, 函館アリーナ・函館市民会館, 9/28-30, 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ペプチド型共有結合薬剤とGSTタンパク質との結合構造に関する分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      松倉里紗, 瀧真清,宮下尚之,渡辺信一
    • 学会等名
      日本物理学会2022年秋季大会,東京工業大学,9/12-15, 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Inhibition of thrombin activity by a covalent-binding aptamer and reversal by the complementary strand antidote2021

    • 著者名/発表者名
      田淵 雄大、ヤン ジェイ、瀧 真清
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会年会(オンライン)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Design, Selection, and Engineering of Targeted Hybrid-Middle Molecules via 10BASEd-T / NEXT-A Reactions2021

    • 著者名/発表者名
      Masumi Taki
    • 学会等名
      PACIFICHEM@Middle molecular strategy for regulation of protein-protein & protein-biomolecule interactions (#370)オンライン
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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