| 研究課題/領域番号 |
21K12124
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
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| 研究機関 | 名古屋大学 (2023)
新潟大学 (2021-2022) |
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研究代表者 |
三浦 信明 名古屋大学, 糖鎖生命コア研究所, 特任講師 (80372267)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / グライコミクス / 質量分析 / MALDI / 糖鎖 / TAG / Harvest / 大規模 / 自動解析 / 血清 / コホート / MALDI-TOF-MS / 糖鎖リスト / SALSA / 血清グライコミクス / AI / Classifier / データ解析 / 生合成経路 / 発現変動 / 糖鎖生物学 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
グライコミクスは, 生体中の糖鎖について種類と量を分析しその役割を解明する新しい分野である. 未知の部分が多く, 大量データの迅速な解析が困難である. 煩雑な手動解析が参入障壁となり「重要だけど取り残された」分野となりかねない状況である.
申請者が開発するToolbox Accelerating Glycomics (TAG)を用いると未熟練であっても糖鎖解析を円滑に行う事ができる. TAGの拡張による自動解析基盤によって, グライコミクスを簡便に活用することが可能となり, 学術としての生命現象の解明に加えバイオマーカー探索や薬剤の活性測定などへの糖鎖の応用の拡大が期待できる.
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| 研究成果の概要 |
糖鎖は, 生命現象における鍵となる分子で, 様々な生体の状態における糖鎖の種類と量を分析することは, 疾患や老化などの生命イベントを知るうえで不可欠な情報である. 糖鎖の分析は質量分析計を用いる. そのデータ解析は従来手動で, ひどい場合には何週間もかかる場合があった. 本課題では, インフォマティクスの支援によってデータ解析をおおむね自動化し, 「分」の単位で解析可能なツールを整えた. また実施途中で, 名古屋大学のヒューマングライコームアトラスプロジェクトに資する事になり, 大規模な集団の糖鎖解析に対応可能なようにプログラムを変更し, これらを実現するためのプロトタイプを構築した.
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究は, これまで膨大な手間と時間を要した糖鎖解析のデータ処理を, きわめて短時間に処理することを可能とした. これによって,これまでのゲノム, トランスクリプトーム, プロテオームに加えて現実的に糖鎖, グライコームを加えた疾患機序解明のサイエンスを展開することが現実的となった. 遺伝子, そこから生じるタンパク質の機能だけでなくタンパク質に付与される糖鎖についての知見を得ることが容易になる. つまり, 生命分子全体として統合的に生命現象解明の本当のスタート地点に立てる事になる.
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