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浮遊性有孔虫殻形成場の解剖学-ミクロの石灰化部位から読み解く迅速な殻形成-

研究課題

研究課題/領域番号 21K14035
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分17050:地球生命科学関連
研究機関国立研究開発法人海洋研究開発機構

研究代表者

長井 裕季子  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 准研究員 (20822612)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード微細構造 / 浮遊性有孔虫 / バイオミネラリゼーション / FIB-SEM / 形態形成
研究開始時の研究の概要

有孔虫の中でも速やかに大きな殻室(チャンバー)を形成する浮遊性有孔虫に着目し、殻形成部位の微細構造観察を通じて、浮遊性有孔虫の殻形成部位を電子顕微鏡レベルの詳細な記載を行うことで、殻形成プロセス解明の緒とする。浮遊性有孔虫における速やかな殻形成の背景には、カルシウムイオンなどの材料を海水から殻形成部位へと効率的な取り込みを可能にする構造があると考え、「浮遊性有孔虫の石灰化部位を覆う膜表面にある球状構造による表面積の増加が効率的な物質交換を可能にし、迅速な殻形成を実現している」という仮説を検証する。

研究実績の概要

有孔虫の中でも速やかに大きな殻室を形成する浮遊性有孔虫に着目し、殻形成部位の微細構造観察を通じて、浮遊性有孔虫の殻形成部位を電子顕微鏡レベルの詳 細な記載を行うことで、殻形成プロセス解明の緒とする。浮遊性有孔虫における速やかな殻形成の背景には、カルシウムイオンなどの材料を海水から殻形成部位へと効率的な取り込みを可能にする構造があると考え、「浮遊性有孔虫の石灰化部位を覆う膜表面にある球状構造による表面積の増加が効率的な物質交換を可能にし、迅速な殻形成を実現している」という仮説を検証する。 本課題では、浮遊性有孔虫は底生有孔虫と比較すると、種によっては2時間程度という、底生有孔虫の三分の一以下の時間で、より大きくて厚い殻を形成することに着目し、「浮遊性有孔虫の石灰化部位を覆う膜状構造上の球状構造による表面積の増加が効率 的な物質交換を可能にし、迅速な殻形成を実現している」という仮説を立てた。浮遊性有孔虫の殻形成部位を対象として、様々な石灰化段階の試料を対象に、電子顕微鏡観察により解剖学的にサブミクロンオーダーの構造を記載することで、この仮説を検証することを目的とする。 2023度は浮遊性有孔虫を採取し、 本課題中に確立させた飼育系および殻形成誘導手法を用いて、採取した有孔虫をよい状態で保ち、多くの殻形成中個体を固定させることができた。 固定した試料は底生有孔虫で確立した臨界点乾燥法を用いて処理を行ったところ良好な試料を得ることができた。集束イオンビームを用いて微細加工を 行ったところ、殻形成部位観察するための良好な試料を作成することができ、殻室の殻壁の様子や、迅速な殻形成に関係すると考えられる構造が新たに観察された。今後はその構造について試料数を重ね、また蛍光顕微鏡観察などを取り入れて観察する予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2023年度は浮遊性有孔虫を2回採取し、本課題で確立した実験手法を用いて、複数の殻形成を行う個体を生物固定し、集束イオンビーム走査型電子顕微鏡(FIB-SEM) にて微細加工を行い、殻形成部位の横断面を露出させ、様子を観察した。 浮遊性有孔虫の殻形成部位を覆う外部有機膜は殻全体を覆っており、その表面に球状構造が散見された。この点に関しては底生有孔虫の殻形成部位と同様であり、また本課題の仮説と整合性がある。また外部有機膜の表面からは太さ0.5-1μm程度、長さ約30-40μm程度の仮足が伸びている様子を確認することができる試料もあり、底生有孔虫では観察されなかったことから、一部の浮遊性有孔虫に特徴的な針状の構造であるスパインを形成している様子の可能性もあると考えている。浮遊性有孔虫の殻形成部位に関しては外部有機膜と細胞と接している内部有機膜の間に結晶が並んでいる様子やなど、柔らかい細胞と硬い炭酸カルシウム結晶を同時に観察することのできる試料作成条件も整った。さらに、FIB-SEMで殻の横断面を作成することで、本年度新たに発見された迅速な殻形成に関係すると考えられる構造は底生有孔虫は今までに一度も観察されたことのない構造である。また本年度初めて観察されたことから、殻形成の段階もしくは種と関係があると考えている。今後は今回新たに発見された構造に注目して観察を続けるとともに、本構造解明のために蛍光顕微鏡での観察も行っていく予定である。

今後の研究の推進方策

今後の研究の推進については、2024年度も引き続き浮遊性有孔虫を採取し、本課題内で確立した手法を用い、殻形成を誘導し、形成中の個体を生物固定する実験を 引き続き実施する。殻形成過程について更に詳細に記載するために、微分干渉顕微鏡を用いたタイムラプス観察を実施し、個体レベルでの全石灰化過程を記録することも行いたいと考えている。加えて、臨界点乾燥法が浮遊性有孔虫にも使用できることがわかったことから、さらに条件を最適化しつつ2023年度に固定した試料の電子顕微鏡観察用の処理も進める。 走査型電子顕微鏡(SEM)観察では、得られた試料は膜状構造が時間とともにどのように構築され、それとどのような相互関係で炭酸カルシウム殻が形成されていくのかを、時系列的に様々な段階の試料を作成して観察する。合わせて集束イオンビーム(FIB-SEM)を用いて、殻形成部位の横断面を作成し、この露出した横断面の観察から球状構造を含む膜状構造と、沈着した石灰質の超微小形態の両方を観察する。さらに2023年度に新たに発見された迅速な殻形成に関係していると考えられる構造についても、殻形成のどの段階に生じるのかなど、蛍光顕微鏡観察と合わせて明らかにしていく予定である。これらの一連の観察と分析により解剖学的に細胞質及び有機膜のサブミクロンオーダーの構造を記載するとともに、特徴を捉えることで石灰化機序を明らかにし、殻形成時の膜状構造の形成と沈着した炭酸カルシウム結晶の微細構造の相互関係について観察・比較を行う。 電子顕微鏡観察で得られた膜状構造の形態及びその発達の様子、沈着した殻の様子の結果を統合して石灰化プロセスを推定し、 上述の仮説を検証する。得られた成果は段階ごとに査読付き国際誌に投稿するとともに、JpGUなどの学会において発表し、地球科学分野のみならず、細胞生物学など幅広い分野の研究者と広く議論を行う。

報告書

(3件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (36件) (うち国際学会 19件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Unique evolution of foraminiferal calcification to survive global changes2023

    • 著者名/発表者名
      Ujiie Yurika、Ishitani Yoshiyuki、Nagai Yukiko、Takaki Yoshihiro、Toyofuku Takashi、Ishii Shun’ichi
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 号: 25 ページ: 3584-3584

    • DOI

      10.1126/sciadv.add3584

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Recent Deep-Sea Benthic Foraminifera from an Active Volcanic Area: First Insights around Nishinoshima, Northwest Pacific2023

    • 著者名/発表者名
      Charrieau Laurie M.、Kawagata Shungo、McIntosh Iona、Tamura Yoshihiko、Nagai Yukiko、Toyofuku Takashi
    • 雑誌名

      Paleontological Research

      巻: 28 号: 2 ページ: 1-23

    • DOI

      10.2517/pr220024

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of calcite spines of planktonic foraminifers (Globigerinidae)2022

    • 著者名/発表者名
      Izumida Kenta、Takasaki Mihiro、Fujimaki Rina、Nagai Yukiko、Oaki Yuya、Naito Kimiyoshi、Tanaka Yoshihisa、Shimode Shinji、Toyofuku Takashi、Imai Hiroaki
    • 雑誌名

      CrystEngComm

      巻: 24 号: 13 ページ: 2446-2450

    • DOI

      10.1039/d2ce00110a

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The coral reef-dwelling Peneroplis spp. shows calcification recovery to ocean acidification conditions2022

    • 著者名/発表者名
      Charrieau Laurie M.、Nagai Yukiko、Kimoto Katsunori、Dissard Delphine、Below Beatrice、Fujita Kazuhiko、Toyofuku Takashi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41598-022-10375-w

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] High precipitation rates characterize biomineralization in the benthic foraminifer Ammonia beccarii2022

    • 著者名/発表者名
      Geerken Esmee、de Nooijer Lennart、Toyofuku Takashi、Roepert Anne、Middelburg Jack J.、Kienhuis Michiel V.M.、Nagai Yukiko、Polerecky Lubos、Reichart Gert-Jan
    • 雑誌名

      Geochimica et Cosmochimica Acta

      巻: 318 ページ: 70-82

    • DOI

      10.1016/j.gca.2021.11.026

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Micro- and nanometric characterization of the celestite skeleton of acantharian species (Radiolaria, Rhizaria)2022

    • 著者名/発表者名
      Fujimaki Rina、Suzuki Noritoshi、Kimoto Katsunori、Nagai Yukiko、Oaki Yuya、Shimode Shinji、Toyofuku Takashi、Imai Hiroaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1038/s41598-022-06974-2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chloroplast acquisition without the gene transfer in kleptoplastic sea slugs, Plakobranchus ocellatus2021

    • 著者名/発表者名
      Maeda Taro、Takahashi Shunichi、Yoshida Takao、Shimamura Shigeru、Takaki Yoshihiro、Nagai Yukiko、Toyoda Atsushi、Suzuki Yutaka、Arimoto Asuka、Ishii Hisaki、Satoh Nori、Nishiyama Tomoaki、Hasebe Mitsuyasu、Maruyama Tadashi、Minagawa Jun、Obokata Junichi、Shigenobu Shuji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: 1-32

    • DOI

      10.7554/elife.60176

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 殻形成中の有孔虫細胞内元素その場観察の試み2024

    • 著者名/発表者名
      豊福高志, 長井裕季子
    • 学会等名
      MRC研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 殻形成中の超微細構造と細胞内 pH イメージングから解き明かす 磁器質石灰質殻有孔虫 Sorites orbiculus の殻形成機序2024

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 椿玲未, 川野潤, 藤田和彦, 豊福高志
    • 学会等名
      MRC研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] “重油”存在下での浅海性底生有孔虫生存率及び応答の実験的評価と潮間帯におけるベースライン調査の試み2024

    • 著者名/発表者名
      小島初花, 長井裕季子, 山中寿朗, 豊福高志
    • 学会等名
      MRC研究集会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Estimation of calcification rate of Spirillina vivipara2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Toyofuku, Yukiko Nagai
    • 学会等名
      EGU23
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] pH imaging of the miliolid foraminifera Sorites sp. during calcification2023

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Nagai, Remi Tsubaki, Kazuhiko Fujita, Takashi Toyofuku
    • 学会等名
      JpGU 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The importance of diverse laboratory observations in understanding the biomineralization of calcareous biominerals2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Toyofuku, Yukiko Nagai, Jun Kawano, Michio Suzuki
    • 学会等名
      JpGU 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Carbonic anhydrase in Foraminifera: Perspective on one of major role of ‘vital effect’2023

    • 著者名/発表者名
      Yurika Ujiie, Yoshiyuki Ishitani, Yukiko Nagai, Yoshihiro Takagi, Takashi Toyofuku, Shunichi Ishii
    • 学会等名
      JpGU 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ultrafine structure observation and pH imaging of site of calcification in Sorites orbiculus2023

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Nagai, Remi Tsubaki, Kazuhiko Fujita, Takashi Toyofuku
    • 学会等名
      FORAMS 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The effect of [Mg2+]sw, [SO42-]sw, and temperature on Mg incorporation in cultured benthic foraminifera2023

    • 著者名/発表者名
      Pacho Laura, de Nooijer Lennart, Nagai Yukiko, Toyofuku Takashi and Reichart Gert- Jan
    • 学会等名
      FORAMS 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ectoplasmic control of calcium ion transport during chamber biomineralization in rotaliid Foraminifera: novel results from live fluorescent labelling of frothy pseudopodia2023

    • 著者名/発表者名
      Golen Jan, Tyszka Jaroslaw, Bickmeyer Ulf, Bijma Jelle, Godos Karolina, Nagai Yukiko and Toyofuku Takashi
    • 学会等名
      FORAMS 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Chamber of Secrets: Decoding the Formation Process of Foraminiferal tests2023

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku Takashi and Nagai Yukiko
    • 学会等名
      FORAMS 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Direct observation of pH distribution during the formation of calcium carbonate polymorphs in gel media2023

    • 著者名/発表者名
      Jun Kawano, Shinji Matsumoto, Kosei Miki, Takashi Toyofuku, Yukiko Nagai, Takaya Nagai
    • 学会等名
      Goldschmidt Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] pH可視化によるゲルマトリックス中での炭酸カルシウム形成過程の解析2023

    • 著者名/発表者名
      松本 信二, 川野 潤, 三木 康誠, 豊福 高志, 長井 裕季子, 永井 隆哉
    • 学会等名
      JpGU 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 磁器質有孔虫Sorites orbiculusの殻形成部位における微細構造観察とpHイメージング2023

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子
    • 学会等名
      バイオミネラリゼーションセミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲル中で形成する炭酸カルシウム多形の形成過程:形成場のpH可視化による解析2023

    • 著者名/発表者名
      松本信二・川野 潤・三木康誠・豊福高志・長井裕季子・永井隆哉
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2023年年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 生態的特徴から考える有孔虫Sprillina viviparaの石灰化速度2023

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 豊福高志
    • 学会等名
      第19回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] アコヤガイPinctada fucata稚貝における殻形成in-situ環境の把握に向けたpH可視化法適用の試み2023

    • 著者名/発表者名
      豊福高志, 長井裕季子, 鈴木道生, 渥美貴史
    • 学会等名
      第19回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 有孔虫Spirillina viviparaの殻形成速度とその生態2023

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 豊福高志
    • 学会等名
      日本古生物学会 第173回例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Cryo-FIB-SEM による殻形成中の有孔虫細胞内元素分布その場観察2023

    • 著者名/発表者名
      豊福高志, 長井裕季子
    • 学会等名
      日本古生物学会 第173回例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Observation of shell ultrastructure during calcification in the miliolid foraminifera Sorites sp.2022

    • 著者名/発表者名
      Nagai Y., Tsubaki R., Fujita K., Toyofuku T.
    • 学会等名
      JpGU 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inhibitors of calcification related enzyme affect calcification in foraminifera.2022

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku T., Nagai Y.
    • 学会等名
      EGU22
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Calcification recovery after exposure to ocean acidification conditions-results from culture experiments and geochemical signature.2022

    • 著者名/発表者名
      Charrieau L., Nagai Y., Kimoto K., Dissard D., Below B., Fujita K., Toyofuku T.
    • 学会等名
      EGU22
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of inhibitors (acetazolamide and bafilomycin) on the calcification process of foraminifera.2022

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku T., Nagai Y.
    • 学会等名
      JpGU 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unique Evolution of Foraminiferal Calcification to Survive Global Changes2022

    • 著者名/発表者名
      Ujiie Y., Ishitani Y., Nagai Y., Takaki Y., Toyofuku T., Ishii S.
    • 学会等名
      AGU 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 有孔虫 Sorites sp.の形成途上の磁器状石灰質殻の微細構造観察2022

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 椿 玲未, 藤田和彦, 豊福高志
    • 学会等名
      日本古生物学会 2022年年会・総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] pH等可視化と電子顕 微鏡観察から迫る底生有孔虫の殻形成過程2022

    • 著者名/発表者名
      豊福高志, 長井裕季子
    • 学会等名
      日本古生物学会 2022年年会・総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲル内でのCaCO3形成過程におけるpH変化の観察2022

    • 著者名/発表者名
      松本信二, 川野 潤, 豊福 高志, 長井 裕季子, 永井 隆哉
    • 学会等名
      日本鉱物科学会2022年年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 磁器状石灰質有孔虫 Sorites sp.の殻形成部位の元素分析2022

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 椿玲未, 藤田和彦, 豊福高志
    • 学会等名
      第18回バイオミネラリゼーションワークショップ オンライン
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Ultra-microstructure observation of miliolid foraminifera (Sorites sp.) during shell formation process2021

    • 著者名/発表者名
      Nagai Y., Tsubaki R., Fujita K., Toyofuku T.
    • 学会等名
      JpGU 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Pseudopodia woven sheet structure is the secret of shell formation of calcareous foraminifer2021

    • 著者名/発表者名
      Nagai Y., Toyofuku T.
    • 学会等名
      Foraminifera Festival -The Micropalaeontological Society
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Can Irregular Observations Provide the Next Clue for the Ecology of Foraminifera?2021

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku T., Nagai Y.
    • 学会等名
      JpGU 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Little by little foraminifera laboratory culture goes far2021

    • 著者名/発表者名
      Toyofuku T., Nagai Y.
    • 学会等名
      Foraminifera Festival -The Micropalaeontological Society
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The coral reef-dwelling Peneroplis spp. shows calcification resilience to ocean acidification conditions - results from culture experiments2021

    • 著者名/発表者名
      Charrieau L., Kimoto K., Dissard D., Below B., Fujita K., Nagai Y., Toyofuku T.
    • 学会等名
      JpGU 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 磁器状石灰質殻有孔虫Sorites sp.における形成途中の殻の微細構造観察2021

    • 著者名/発表者名
      長井裕季子, 豊福高志, 藤田和彦
    • 学会等名
      第17回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] pHイメージングから迫る海洋性原生生物(有孔虫)の炭酸カルシウム殻形成過程2021

    • 著者名/発表者名
      豊福高志, 長井裕季子
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水溶液中における鉱物溶解/形成過程の理解に向けたpHおよびイオン濃度分布のイメージング2021

    • 著者名/発表者名
      川野潤, 矢崎誠, 松本信二, 豊福高志, 長井裕季子, 大野和也, 永井隆哉
    • 学会等名
      JpGU 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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