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DNAストレージに対する現代的な符号理論の展開

研究課題

研究課題/領域番号 21K14160
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分21020:通信工学関連
研究機関信州大学 (2023)
東京理科大学 (2021-2022)

研究代表者

柴田 凌  信州大学, 工学部, 助教 (60898401)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードLDPC符号 / 空間結合符号 / 挿入削除誤り / DNAストレージ / 次世代ストレージ / 連接符号 / 同期誤り訂正 / 確率推論 / DNA / 挿入/削除誤り / 確率伝搬法 / 次世代ストレージ技術
研究開始時の研究の概要

近年、DNAを使ってデジタルデータを記録しようという挑戦が世界中の研究機関や企業でなされている。DNAストレージは、数百年単位の記録寿命かつ1グラムあたり数百ペタバイトのデータ保存を実現できると期待されているが、データの重複・損失・置換による誤りが発生し、信頼性の低下が懸念される。本研究では、シャノン限界に近い性能を達成するLDPC符号と確率推論に基づく復号法に代表される現代的な符号理論の枠組みで、それらの誤りの訂正方法の提案、より高い効率性・信頼性・安定性の実現方法の提案、および訂正能力を評価しその有効性を示すことを目的とする。

研究成果の概要

本研究では,DNAストレージでも生じることが知られる挿入,削除,置換(IDS)誤りを訂正するために,低密度パリティ検査(LDPC)符号と確率推論に基づく新しい符号化および復号法を提案した.特に,ID+雑音誤りに対する不規則LDPC符号の設計法や,スライド窓ベースの誤り訂正手法,レーストラックメモリ(RM)の位置誤差を補正する多元LDPC符号化法を開発した.これらの手法により,IDS誤り訂正符号の信頼性・効率性が向上し,実用化への一歩を進めることができた.また,遅延符号化(DC)方式により,計算コストを削減しつつ高い性能の実現が可能となった.

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は,DNAストレージ技術の信頼性,効率性,安定性を向上させるための新しい基礎理論を提供するものである.学術的には,IDS誤りの数理モデルと通信路容量の計算を通じて理論的限界を明らかにし,LDPC符号と確率推論に基づく革新的な符号化および復号法を提案した.社会的には,次世代ストレージ技術 (DNAストレージ,レーストラックメモリ等) の発展とデータ保存の信頼性向上に貢献するものである.これにより,重要なデータの長期保存がより安全かつ確実に行えるようになる.

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Shift-Interleave Coding for DNA-Based Storage: Correction of IDS Errors and Sequence Losses2024

    • 著者名/発表者名
      R. Shibata and H. Kaneko
    • 雑誌名

      arXiv [cs.IT]

      巻: Jan. 26 ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Symbol-Level Detection With Matched Non-Binary LDPC Codes for Position Errors in Racetrack Memories2023

    • 著者名/発表者名
      Shibata Ryo、Yashima Hiroyuki
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Magnetics

      巻: 59 号: 2 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1109/tmag.2022.3214932

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Windowed-based synchronization error-correction for spatially coupled codes2022

    • 著者名/発表者名
      Shibata Ryo、Yashima Hiroyuki
    • 雑誌名

      IEICE Communications Express

      巻: 11 号: 11 ページ: 697-702

    • DOI

      10.1587/comex.2022XBL0121

    • ISSN
      2187-0136
    • 年月日
      2022-11-01
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Deep-learning-aided design of LDPC coding scheme for two-user Gaussian multiple access channels2022

    • 著者名/発表者名
      Usui Jumpei、Shibata Ryo、Yashima Hiroyuki
    • 雑誌名

      IEICE Communications Express

      巻: 11 号: 2 ページ: 111-116

    • DOI

      10.1587/comex.2021XBL0200

    • NAID

      130008150682

    • ISSN
      2187-0136
    • 年月日
      2022-02-01
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design and Performance of Low-Density Parity-Check Codes for Noisy Channels with Synchronization Errors2022

    • 著者名/発表者名
      SHIBATA Ryo、YASHIMA Hiroyuki
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      巻: E105.A 号: 1 ページ: 63-67

    • DOI

      10.1587/transfun.2021EAL2013

    • NAID

      130008138750

    • ISSN
      0916-8508, 1745-1337
    • 年月日
      2022-01-01
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] LDPC coded DBICM system for multiple access channels2024

    • 著者名/発表者名
      M. Kawasumi, H. Yashima, R. Shibata
    • 学会等名
      in Proc. International Workshop on Nonlinear Circuits, Communications and Signal Processing (NCSP)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A novel energy efficient clustering using a sleep awake algorithm for energy harvesting wireless sensor networks2023

    • 著者名/発表者名
      S. Takie, R. Shibata, and H. Yashima
    • 学会等名
      in Proc. International Workshop on Nonlinear Circuits, Communications and Signal Processing (NCSP)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] マルチアクセス通信路に対するLDPC符号化DBICMシステムの設計と解析2023

    • 著者名/発表者名
      川隅匡登,柴田 凌,八嶋弘幸
    • 学会等名
      第46回情報理論とその応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Improved HICR scheme for noisy insertion and deletion channels: dynamic scheduling and unequal error protection2023

    • 著者名/発表者名
      R. Shibata
    • 学会等名
      The 46th Symposium on Information Theory and its Applications
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] マルチアクセス通信路に対するLDPC符号化DBICMシステム2023

    • 著者名/発表者名
      川隅匡登,柴田 凌,八嶋弘幸
    • 学会等名
      電子情報通信学会情報理論研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Modern Channel Coding for Synchronization Errors2022

    • 著者名/発表者名
      Shibata Ryo
    • 学会等名
      2022 International Conference on Emerging Technologies for Communications
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Delayed Coding Scheme for Channels with Insertion, Deletion, and Substitution Errors2022

    • 著者名/発表者名
      Shibata Ryo, Yashima Hiroyuki
    • 学会等名
      2022 IEEE Global Communications Conference
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] FSK信号を入出力としたAND/OR切替可能な全光論理回路2022

    • 著者名/発表者名
      平川竜之, 柴田 凌, 八嶋 弘幸
    • 学会等名
      2022年電子情報通信学会総合大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 非正則Multi-Kernel Polar符号の提案と性能調査2021

    • 著者名/発表者名
      樋口 智大, 柴田 凌, 八嶋 弘幸
    • 学会等名
      第44回情報理論とその応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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