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細胞工学を指向した設計ペプチドによる人工分離構造の合理的構築

研究課題

研究課題/領域番号 21K14739
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関東京工業大学

研究代表者

三木 卓幸  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20823991)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2021年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードde novo peptide / protein assembly / in cell reconstitution / cell engineering / Nck1 / self-sorting / 液-液相分離 / 設計ペプチド / 蛋白質集積化 / 自己集合 / 蛋白質会合体 / 細胞
研究開始時の研究の概要

細胞内には蛋白質の液-液相分離によって形成されるメンブレンレスオルガネラが存在し、遺伝子発現制御、シグナル伝達など様々なイベントに関連する。この相分離現象を理解し工学的に利用するためには、相分離構造を人工的に且つbottom-up式に構築することが重要である。本研究では、自己集合性ペプチドを用いて細胞内での合理的な相分離構造の構築を目指す。従来、ヒドロゲル開発で用いられてきた自己集合性ペプチドを蛋白質に融合することで、細胞内環境で蛋白質集積体を合理的に構築できると考えた。細胞内での利用に適した自己集合性ペプチドの設計指針を確立し、実際に細胞内で機能化した人工相分離構造の構築を行う。

研究成果の概要

生体内では、タンパク質が自己組織化して集合体を形成する。特に、非膜オルガネラは生化学・細胞生物学において注目されている。我々は、このような細胞内集合体を模倣し人工的に構築するために、βシートペプチドタグを利用して人工的なタンパク質集合体を形成させる技術を開発した。本手法は、疎水性アミノ酸と親水性アミノ酸の繰り返し配列からなるde novoペプチドを、標的タンパク質に遺伝工学的に融合させる。細胞内で発現したタグ融合タンパク質は、自発的に集合してクラスターを形成することを明らかとした。さらに、タグの配列を変更することにより、分配係数や構造体の物理的特性を容易に調整することができることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本課題で開発したペプチドタグ技術は、細胞内でタンパク質集合体を自由自在に設計し、構築する普遍的な手法である。本手法によって、細胞内におけるタンパク質集合体の機能をbottom-upアプローチ研究で調べることが可能となった。実際に、Nck1タンパク質のクラスターを人工的作成でき、クラスター形成における機能発現を細胞内で直接的に評価することに成功した。更に、わずか10残基程度のペプチドをタンパク質に導入するだけのシンプルな手法であることから、容易に多成分の集合体を構築できる。以上のことから、本研究で開発した自己集合性ペプチドタグ技術は、細胞を工学的に改変する基盤的技術になりえる。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 5件、 招待講演 7件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Effects of Hydrophobic Residues on the Intracellular Self-Assembly of De Novo Designed Peptide Tags and Their Orthogonality2022

    • 著者名/発表者名
      Miki Takayuki、Kajiwara Keigo、Nakayama Sae、Hashimoto Masahiro、Mihara Hisakazu
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: ASAP 号: 6 ページ: 2144-2153

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00058

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intracellular artificial supramolecules based on de novo designed Y15 peptides2021

    • 著者名/発表者名
      Miki Takayuki、Nakai Taichi、Hashimoto Masahiro、Kajiwara Keigo、Tsutsumi Hiroshi、Mihara Hisakazu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 3412-3412

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23794-6

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A guide-tag system controlling client enrichment into Y15 peptide-based granules for an in-cell protein recruitment assay2021

    • 著者名/発表者名
      Miki Takayuki、Hashimoto Masahiro、Nakai Taichi、Mihara Hisakazu
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 86 ページ: 11338-11341

    • DOI

      10.1039/d1cc03450b

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] De novoペプチドによる相分離液滴の設計と細胞内構築2023

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸
    • 学会等名
      化生セミナー , 東京大学 (Faculty Host: 山東教授)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 両親媒性YKペプチドタグによる細胞内液滴の人工構築とクライアントタンパク質の濃縮2023

    • 著者名/発表者名
      橋本 匡浩・三木 卓幸・高橋 広樹・中山 彩恵・三原久和
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Development of self-assembling peptide tag for intracellular reconstitution of protein assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki
    • 学会等名
      2022 PSK Annual Spring Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞内で人工構造を建造2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸
    • 学会等名
      すずかけサイエンスディ2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自己集合性ペプチドタグによる超分子の細胞内構築2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸・橋本 匡浩・中井 太一・梶原 圭悟・高橋 広樹・中山 彩恵・三原久和
    • 学会等名
      第71回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] YKペプチドタグによる細胞内での人工相分離液滴モデルの形成2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸・橋本 匡浩・高橋 広樹・中山 彩恵・三原久和
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ペプチドを基軸とした細胞内蛋白質の検出・操作技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸
    • 学会等名
      新科学技術推進協会(JACI) ライフサイエンス技術部会 材料分科会 勉強会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Design of self-assembling peptide tags for protein-based supramolecular construction in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki・Masahiro Hashimoto・Hiroki Takahashi・Sae Nakayama・Hisakazu Mihara
    • 学会等名
      The 59th Japanese Peptide Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Construction of intracellular protein supramolecular structures using self-assembling peptide tags2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki
    • 学会等名
      Syracuse University, USA (Host: Prof. Ivan Korendovych)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of self-assembling peptide tags fabricating protein clusters in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki
    • 学会等名
      Special Seminar Lecture, UC Berkeley, USA (Faculty Host: Prof. Chris Chang)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] De novoペプチド間の自己集合と蛋白質間相互作用の協奏による細胞内での液滴形成2022

    • 著者名/発表者名
      中山 彩恵・三木 卓幸・橋本 匡浩・高橋 広樹・梶原 圭悟・三原久和
    • 学会等名
      第32回バイオ・高分子シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] INTRACELLULAR CONSTRUCTION OF PROTEIN CONDENSATES BY AMPHIPHILIC YK PEPTIDES AND EVALUATION OF MOLECULAR CHAPERONES INVOLVED IN MAINTAINING LIQUID DROPLETS2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Takahashi, Takayuki Miki, Masahiro Hashimoto and Hisakazu Mihara
    • 学会等名
      The 59th Japanese Peptide Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Development of de novo peptide tags to form polymeric protein assemblies in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Chemistry and Biology of Peptide
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞内で自己集合するペプチドタグ開発1:クラスター形成を伴う蛋白質間相互作用解析2022

    • 著者名/発表者名
      橋本 匡浩・三木 卓幸・中井 太一・丹羽 達也・三原久和
    • 学会等名
      日本化学会 第102回 春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞内で自己集合するペプチドタグ開発2:蛋白質高次構造体の設計と構築2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸・高橋 広樹・橋本 匡浩・梶原 圭悟・中山 彩恵・三原久和
    • 学会等名
      日本化学会 第102回 春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞内で液-液相分離を作る設計ペプチドの開発2022

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸
    • 学会等名
      ライフサイエンス部会材料分科会とLiHubの若手交流会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 両親媒性ペプチドによる細胞内での蛋白質高次構造体の形成2021

    • 著者名/発表者名
      三木 卓幸・橋本 匡浩・高橋 広樹・梶原 圭悟・中山 彩恵・中井 太一・三原 久和
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] INTRACELLULAR RECONSTITUTION AND ANALYSIS OF PROTEIN COMPLEXES BY YN SELF-ASSEMBLING PEPTIDE TAGS2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki, Masahiro Hashimoto, Taichi Nakai, Keigo Kajiwara, Hisakazu Mihara
    • 学会等名
      The 58th Japanese Peptide Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of β-sheet Y15 peptide for integrating protein in cells2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Miki, Taichi Nakai, Masahiro Hashimoto, Keigo Kajiwara, Hiroshi Tsutsumi, Hisakazu Mihara
    • 学会等名
      The international chemical congress of pacific basin societies 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 三原研究室HP

    • URL

      http://www.mihara.bio.titech.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-01-30  

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