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RNA高次構造による老化促進メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K14742
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関甲南大学

研究代表者

松本 咲  甲南大学, 先端生命工学研究所, 特任教員(助教) (50850822)

研究期間 (年度) 2021-02-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード老化 / 翻訳 / RNA高次構造 / 細胞老化 / 核酸非標準構造 / グアニン四重らせん / 分子クラウディング / RNA構造 / 核酸非二重らせん構造 / 遺伝子発現 / 定量的解析
研究開始時の研究の概要

本研究では、老化による細胞内の化学環境の変化が細胞機能に及ぼす影響を、核酸の構造及び熱的安定性から定量的に理解することを目指す。具体的には、外部刺激による影響をより受けやすいと考えられる細胞質の環境変化と、それに応じて変化するであろうRNAの構造および熱安定性の変化によって制御される翻訳反応の機構を定量的に解析する。
これにより、細胞の大きさの制御メカニズムや細胞老化メカニズムの解明が期待できる。また、周辺環境を変化させることにより核酸の構造を制御することができれば、従来の核酸を標的とした創薬とは異なる老化関連疾患の治療戦略の確立が期待できる。

研究実績の概要

細胞の大きさは細胞機能を維持するために厳密に制御されている。その一方で、がん細胞では小さく、老化細胞では大きくなる。近年、細胞を肥大化させると、細胞内遺伝子発現が変化し、老化細胞様の形質が発現することが報告された。また、老化による細胞の肥大化により、細胞質の濃度が低下することも示唆されている。細胞が自身の大きさを制御するメカニズムや細胞老化メカニズムの解明は、老化関連疾患治療戦略の確立に必須であるものの、細胞内環境の変化が遺伝子発現に及ぼす影響については未だ理解されていない。
本研究では、細胞サイズの変化による細胞質の分子環境の変化が遺伝子発現に及ぼす影響を、核酸の構造および熱安定性から定量的に理解することを目指す。そのため、下記の2ステップに分けて研究を行う。(1)In vitroにおける分子クラウディングが翻訳に及ぼす影響を明らかにする。(2)老化細胞における核酸構造による翻訳制御機構を明らかにする。
令和4年度までに(1)および(2)について検討した。(2)において、老化が進むにつれて導入したDNAから転写されるRNAが形成する高次構造に寄らず、翻訳効率の低下が観測され、安定な構造を形成するRNAほどその翻訳効率が低下することを明らかにした。そこで、令和5年度は細胞内の混み合い度合いや塩濃度などの化学環境の変化について詳細に調べ、翻訳効率の低下との関連について考察した。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Liquid-Liquid Phase Separation and Nucleic Acids2023

    • 著者名/発表者名
      Tateishi-Karimata Hisae、Matsumoto Saki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Book cover Book cover Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids

      巻: - ページ: 1-40

    • DOI

      10.1007/978-981-16-1313-5_90-1

    • ISBN
      9789811613135
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation is regulated by both the stability and topology of G-quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Saki、Tateishi-Karimata Hisae、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 58 号: 89 ページ: 12459-12462

    • DOI

      10.1039/d2cc04383a

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Volumetric Strategy for Quantitatively Elucidating a Local Hydration Network around a G-Quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Saki、Takahashi Shuntaro、Bhowmik Sudipta、Ohyama Tatsuya、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 号: 20 ページ: 7400-7407

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c01075

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dielectricity of a molecularly crowded solution accelerates NTP misincorporation during RNA-dependent RNA polymerization by T7 RNA polymerase2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Matsumoto, P. Chilka, S. Ghosh, H. Okura, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 12 号: 1 ページ: 1149-1149

    • DOI

      10.1038/s41598-022-05136-8

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of DNA modifications on the transition bet and non-canoncial DNA stransures in CpG islands during senescence2021

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      RSC Adv.

      巻: 11 号: 59 ページ: 37205-37217

    • DOI

      10.1039/d1ra07201c

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] New Insights into the Functions of Nucleic Acids Controlled by Cellular Microenvironments2021

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Saki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Topics in Current Chemistry

      巻: 379 号: 3 ページ: 17-17

    • DOI

      10.1007/s41061-021-00329-7

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] リピートRNAの細胞毒性凝集体の形成を抑制するリガンドの探索2023

    • 著者名/発表者名
      松本咲、建石寿枝、大山達也、杉本直己
    • 学会等名
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 環境に応答して変化する核酸構造による遺伝子発現制御2023

    • 著者名/発表者名
      松本咲、建石寿枝、杉本直己
    • 学会等名
      2023年度生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (87): 高圧力を用いたグアニン四重鎖の水和解析によるリガンド結合予測2023

    • 著者名/発表者名
      高橋 俊太郎, 松本咲, 大山達也, S. Bhowmik, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] The effect of stability and topology of G-quadruplex on DNA methylation2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA methylation depending on stability and topology of G-quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids 2022 “ANNA2022”
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ARS-CoV-2由来RNA依存性RNAポリメラーゼの複製反応におけるグアニン四重鎖の効果とその制御2022

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 松本咲, 建石寿枝, Byeang Hyean Kim, 杉本直己
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] グアニン四重らせん構造の安定性とトポロジーによるDNAメチル化制御2022

    • 著者名/発表者名
      松本咲, 建石寿枝, 杉本直己
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (68) : Topological control of DNA G-quadruplexes in CpG islands by changes of surrounding environments during senescence2022

    • 著者名/発表者名
      Saki Matsumoto;Hisae Tateishi-Karimata;Tatsuya Ohyama;Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Effect of DNA modifications on the changes of DNA structure in CpG islands2021

    • 著者名/発表者名
      Saki Matsumoto;Hisae Tateishi-Karimata;Tatsuya Ohyama;Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      International conference on chemical and environmental sciences (ICCAES 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 月刊「細胞」2021年 5月臨時増刊号 分子夾雑effect: 見えてきた疾患や創薬との繋がり2021

    • 著者名/発表者名
      松本咲、杉本直己
    • 総ページ数
      62
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] 進化を続ける核酸化学(14章 遺伝子発現における核酸の新機能 )2021

    • 著者名/発表者名
      松本咲、杉本直己
    • 総ページ数
      228
    • 出版者
      化学同人
    • ISBN
      9784759814019
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2024-12-25  

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