| 研究課題/領域番号 |
21K15066
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
CHEN Xun 京都大学, 高等研究院, 特定助教 (30885158)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2023年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円)
2022年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2021年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
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| キーワード | Transposable element / Classification / Annotation / Epigenetics / Infection / Immunity / pathogen-specific / transposable elements / immune cells / transcriptome / evolution / Immune cells / Evolution / Macrophages / Immunology / Comparative epigenomics |
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| 研究開始時の研究の概要 |
In this project, I propose to perform the comparative epigenomic analysis to understand how do TE-derived regulatory elements shape the evolution of immune transcriptional network against different pathogens. The results will expand the understanding of the evolution of immunity.
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| 研究成果の概要 |
我々は、異なる病原体の感染に伴って発現が上昇する転移因子について検証した。これらの病原性特異的サブファミリーは、多くが霊長類進化の前段階でゲノムに挿入さた転移因子であることがわかった。さらに、若いLTR配列の多くが誤ってアノテーションされていたため、系統解析を行うことで、より高精度のアノテーションを得た。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
We revealled many pathogen specific TE subfamilies indicating their potential important functions during infection. We also found many young subfamilies were misannotated. We then proposed a new classification and annotation approach, which is key to resolve the role of TEs played during infection.
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