研究課題/領域番号 |
21K15708
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研究種目 |
若手研究
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配分区分 | 基金 |
審査区分 |
小区分52030:精神神経科学関連
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研究機関 | 東京大学 |
研究代表者 |
池亀 天平 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (00836736)
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研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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キーワード | epigenetics / 思春期コホート / polygenic risk score / GWAS / エピジェネティクス / ポリジェニックリスクスコア / 思春期 |
研究開始時の研究の概要 |
近年、ゲノム・エピゲノム情報に基づき様々な疾患の発症リスク評価が行われているが、精神疾患発症リスクが最も高い思春期における体系的な評価は行われていない。本研究では大規模思春期コホートで取得された多様な思春期発達情報を評価するため、網羅的ゲノム・エピゲノム解析から得られたゲノム情報を用い新規ゲノム指標の開発を行う。これにより、思春期の健全な心身の発達評価に加え精神疾患リスク評価も可能となり、将来の疾患発症予防、予後予測、ライフスタイルの改善に繋がる医療的介入の実現が本研究の最終目標である。
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研究実績の概要 |
TTCサンプル1000検体を超えるサンプルをジャポニカアレイNEOによるSNP解析を行い、更に東北大学メディカル・メガバンクで全ゲノムインピュテーションを行った。PRS予測モデルの構築については、PLINK 及びPRSiseの2種類の解析ツールを用い、PRSの算出にも既に成功している。2年目以降のDNAメチル化解析については、pnTTC第1期から第3期まで縦断検体として存在するものを対象とし、最終的に各150検体の合計450検体に対してゲノ ム網羅的DNAメチル化解析を行うこととし、対象となる検体の唾液サンプルよりDNA抽出を実行し、第1期から第3期までの450検体の唾液DNAについて精製終了しており、Infinium Methylation EPIC Kitを用いたメチル化解析を熊本大学大学院分子脳科学教室との共同研究により進める予定である。DNAメチル化解析対象領域として、1)精神疾患感受性CpG部位、および、 2)epigenetic ageなどのバイオマーカー候補CpG部位の解析を行う。精神疾患感受性CpG部位として、申請者らがこれまで同定してきた精神疾患で頑健な変動を認めたCpG部位(約10ヶ所)、および国外の網羅的メチル化解析で同定されたCpG部位のうち、論文内で独立した手法によるvalidationが行われているか、他グループ による再現報告があるCpG部位(約20ヶ所)を対象とする。また、バイオマーカー候補部位として、年齢、死亡率、テロメア長、生活習慣を 評価するCpGの計測を 行う。年齢についてはHorvathの原法では353ヶ所の測定が必要であるが、後継研究により10カ所での利用が最も予測が精密になることが示されており、本計画で は後継研究で報告されたCpG部位を利用する。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
TTCサンプルにおけるPRS解析に向けて、当初の予定通り1000検体を超えるサンプルをジャポニカアレイNEOによるSNP解析を行った。更にSNP解析データは東北大学メディカル・メガバンクで全ゲノムインピュテーションを行い、約1000検体については解析が完了している。pn TTCサンプル300検体のWGSを用いたPRS解析も終了している。DNAメチル化測定についても予定通り進行中である。
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今後の研究の推進方策 |
TTCのサブセットであるpn-TTC(Population Neuroscience TTC:pn-TTC)では、300検体を対象とし、第1期:11歳、第2期:13歳、第3期:15歳と縦断的に生体情報が取得されている。 DNAメチル化解析は、その中で3時点データが得られる150検体について合計450検体で行う。DNAメチル化解析対象領域として、1)精神疾患感受性CpG部位、および、 2)epigenetic ageなどのバイオマーカー候補CpG部位の解析を行う。精神疾患感受性CpG部位として、申請者らがこれまで同定してきた精神疾患で頑健な変動を認 めたCpG部位(約10ヶ所)、および国外の網羅的メチル化解析で同定されたCpG部位のうち、論文内で独立した手法によるvalidationが行われているか、他グループ による再現報告があるCpG部位(約20ヶ所)を対象とする。また、バイオマーカー候補部位として、年齢、死亡率、テロメア長、生活習慣を 評価するCpGの計測を 行う。年齢についてはHorvathの原法では353ヶ所の測定が必要であるが、後継研究により10カ所での利用が最も予測が精密になることが示されており、本計画で は後継研究で報告されたCpG部位を利用する。1)および2)で合計して40ヶ所を目途にDNAメ チル化測定を行う。
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