| 研究課題/領域番号 |
21K16985
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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小区分57030:保存治療系歯学関連
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
須藤 毅顕 東京医科歯科大学, 統合教育機構, 特任講師 (10821168)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
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| キーワード | シングルセルゲノム解析 / メタゲノム解析 / 歯周炎 / 次世代シークエンサー / シングルセル / マイクロバイオーム解析 / 侵襲性歯周炎 / エクソーム解析 / シングルセル解析 / シングルセル、エクソーム解析、侵襲性歯周炎 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究では、シングルセルによる個別の全ゲノム解読から、歯周炎と健常者の同一菌種での遺伝子の違いを比較解析する。de novo アセンブリでゲノム再構築し、データベースより構造および機能のアノテーション、オーソログ分類を行う。歯周炎の患者と健常者での共通の細菌のアノテーションされたゲノム情報を比較することで歯周炎特異的な株レベルの細菌同定を行うことにより、歯周疾患発病に影響する細菌を解明する。そして、エクソーム解析で同定したヒトの遺伝子変異有無による口腔内細菌の株レベルでの遺伝子組成の相違を評価する。
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| 研究成果の概要 |
本研究は、微生物シングルセルゲノム解析で歯周炎患者と健常者の遺伝子の違いを比較し、歯周炎特異的な細菌を特定することを目的とした。16S rRNA解析で、歯周炎患者からred complexが高頻度で検出された。次世代シークエンサーで取得した384 SAGsのうち、健常者サンプルは低品質なデータが多く、歯周炎患者に絞った追加解析で高品質なドラフトゲノムを得た。同一株由来のSAGsを統合したccSAG解析も実施し、結果を論文として報告予定である。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究は、シングルセルゲノム解析を用いて歯周病特異的な細菌を特定するものであり、口腔内細菌、特に歯周病原細菌に対するシングルセル解析が少ない中で貴重なデータを提供する。健常者と比較して歯周炎患者のサンプルから高品質なドラフトゲノムを得ることで、歯周病の理解と治療に新たな知見をもたらした。特に、red complexの検出頻度の差や高品質なSAGsの取得は、今後の研究や治療法開発に重要な基盤を築いた。本研究は、歯周病の早期診断や治療法開発における基盤を築き、個別化医療の推進に寄与する。これにより、歯周病の発症メカニズムの解明や新しい治療戦略の開発が期待される。
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