| 研究課題/領域番号 |
21K17858
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
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| 研究機関 | 長崎大学 |
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研究代表者 |
松本 拡高 長崎大学, 情報データ科学部, 准教授 (90782045)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2025年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2024年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2023年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
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| キーワード | グラフフーリエ変換 / ネットワーク解析 / 系統解析 / インフルエンザウイルス / バイオインフォマティクス / 進化解析 / 双曲幾何 / グラフ信号処理 / 機械学習 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
実験技術の進歩により多様なデータが計測可能になるに伴い、生物種の系統樹はじめとして、様々な生命現象が階層構造を持つことが明らかにされつつある。このような階層構造を持つデータを解析するアプローチとして、系統解析が重要な役割を果たしてきた。一方で、機械学習分野では階層構造を表現する手法として、曲がった空間である双曲空間を活用するアプローチが注目を集めている。本研究課題では、双曲空間を系統解析へ応用することで、がん進化やウイルス進化などの様々な階層構造を持つ生命現象の解析へつながる新規理論の開発を行う。
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| 研究実績の概要 |
昨年度に論文化を進めていた、配列情報などからサンプル感の類似性グラフを構築し、グラフフーリエ変換を用いて形質情報を解析する理論であるNeTaGFTを改良するとともに、公開のための手続きを進めた。本手法および本手法をもちいてインフルエンザウイルスなどを解析した結果は論文としてまとめ、査読者によるコメントなどを参考に修正するとともに、マニュアルなどの整備を行ったうえでGitHub上で公開した。また、本成果はMethods in Ecology and Evolution誌に受理され、オープンアクセスとして公開している。
また、今年度より新たに寄生虫のゲノム解析を始めた。特に、Plasmodium、Torypanosoma、Leishmania等のゲノム構造の進化を含めた特徴解析を、新たな理論によって紐解くことを目指し、手法の開発と解析を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
昨年度より論文化を進めた成果をMethods in Ecology and Evolution誌に受理されるとともに、手法自体もGitHub上で誰でも利用できるように整備し、手法及び結果を誰もが利用できる形で公開するなど、概ね順調に進展している。また、寄生虫の進化という新たな生命現象の解析へも発展させるなど、順調に進んでいる。
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| 今後の研究の推進方策 |
あらたに寄生虫のゲノム情報を対象に、その進化的な意義も含めた特徴解析を進めている。これら解析に求められる新たな手法を開発するとともに、寄生虫という新たな対象に貢献しうる新しいアプローチの提唱と発見を目指したい。
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