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腸内細菌による薬物代謝活性化の分子基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K18246
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金
審査区分 中区分47:薬学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

阿部 郁朗  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)

研究分担者 森 貴裕  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (60734564)
研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
26,000千円 (直接経費: 20,000千円、間接経費: 6,000千円)
2023年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2022年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2021年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
キーワード腸内細菌 / 薬物代謝活性化 / 立体構造基盤 / プロドラッグ / 酵素 / 薬物代謝酵素活性化
研究開始時の研究の概要

腸内細菌による薬物代謝活性化の分子基盤解明に挑戦する。ヒト腸内細菌メタゲノムライブラリーより、還元的C-C 結合開裂によりアンスロン二量体から単量体への代謝活性化を触媒する酵素を同定し、その性状と反応機構を明らかにする。一方、イソフラボンC-配糖体のC-C 結合開裂については、既に報告のあるヒト腸内嫌気性細菌の酵素複合体の結晶構造解析を進め、C-配糖体のC-C 結合開裂反応機構を明らかにする。こうした天然薬物プロドラッグの活性化機構を応用することで、ドラッグデリバリーの新たな方法論の開発など、これまでにない分子創薬・治療戦略の先鞭を付ける。

研究成果の概要

本研究では、ヒト腸内細菌による天然薬物プロドラッグの代謝活性化機構を取り上げた。生物活性の発現に重要な脱グリコシル化酵素の機能解析、構造解析を行い、立体構造、変異体に基づく反応機構の解明により、生体内においてイソフラボン類を吸収するための酵素的機構を明らかとした。エクオールをはじめとするイソフラボン類はその効果から特定保健用食品や健康食品にも利用されており、その吸収を促進する酵素の触媒反応メカニズムや生化学的特性を明らかとすることは、新たなプロドラッグ様化合物の創出や酵素の医薬品、食品添加などに対する利用へとつながり、薬学、食品化学の発展への貢献が期待される。

研究成果の学術的意義や社会的意義

これまで腸内細菌による天然薬物のプロドラッグ代謝活性化機構の解明は未解決な問題として残されてきた。本研究により、分子レベルでの薬物代謝活性化の詳細なメカニズムが解明され、ヒト腸内共生細菌と薬物代謝の関わりを明らかにすることができ、学術的に大きな意義がある。また、自然界のこうした天然薬物プロドラッグの代謝活性化機構を応用することにより、ドラッグデリバリーの新たな方法論の開発などにも道を拓く。マイクロバイオーム研究を取り入れた分子創薬を中心とした学術や基礎科学の革新的進歩を引き起こすとともに、これまでにない分子創薬・治療戦略の先鞭をつけた。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 審査結果の所見   実施状況報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (22件) (うち国際共著 19件、 査読あり 22件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 8件、 招待講演 8件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Univ Texas/North Carolina State Univ/Carnegie Mellon Univ(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] チェコ科学アカデミー(チェコ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Univ Auckland(ニュージーランド)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Jinan Univ/中国科学院(中国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Univ Bonn(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional and structural dissection of glycosyltransferases underlying the glycodiversity of wolfberry-derived bioactive ingredients lycibarbarspermidines2024

    • 著者名/発表者名
      Shao-Yang Li, Gao-Qian Wang, Liang Long, Jia-Ling Gao, Zheng-Qun Zhou, Yong-Heng Wang, Jian-Ming Lv, Guo-Dong Chen, Dan Hu, Ikuro Abe & Hao Gao
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular basis for carrier protein-dependent amide bond formation in the biosynthesis of lincosamide antibiotics2023

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Kadlcik Stanislav、Lyu Shuang、Kamenik Zdenek、Sakurada Kosuke、Mazumdar Aninda、Wang Huibin、Janata Jiri、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature Catalysis

      巻: 6 号: 6 ページ: 531-542

    • DOI

      10.1038/s41929-023-00971-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mechanistic Analysis of Stereodivergent Nitroalkane Cyclopropanation Catalyzed by Nonheme Iron Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Cha Lide、Shimo Shotaro、Li Xiaojun、Paris Jared C.、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Coffer Lindsay、Uchiyama Masanobu、Guo Yisong、Chang Wei-chen、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 44 ページ: 24210-24217

    • DOI

      10.1021/jacs.3c08413

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Mechanistic Insights into the C?C Bond-Forming Rearrangement Reaction Catalyzed by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Ding Yiling、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 40 ページ: 21966-21973

    • DOI

      10.1021/jacs.3c06762

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Multiple C-C Bond Cleavage Reactions Catalyzed by Tolyporphin Tetrapyrrole Biosynthetic Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru, Jiaqi Lyu, Meiqi Ling, Ikuro Abe
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 17 ページ: 9834-9839

    • DOI

      10.1021/jacs.3c01993

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure‐Function Analysis of the S‐Glycosylation Reaction in the Biosynthesis of Lincosamide Antibiotics2023

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Sun Xin、Kadlcik Stanislav、Janata Jiri、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 号: 29

    • DOI

      10.1002/anie.202304989

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Catalytic Mechanism of Nonglycosidic C-N Bond Formation by the Pseudoglycosyltransferase Enzyme VldE2023

    • 著者名/発表者名
      Tsunoda Takeshi、Abuelizz Hatem A.、Samadi Arash、Wong Chin Piow、Awakawa Takayoshi、Brumsted Corey J.、Abe Ikuro、Mahmud Taifo
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 13 号: 20 ページ: 13369-13382

    • DOI

      10.1021/acscatal.3c02404

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] C?N and C?S bond formation by cytochrome P450 enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Trends in Chemistry

      巻: 5 号: 7 ページ: 526-536

    • DOI

      10.1016/j.trechm.2023.04.008

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unusual Dioxygen-Dependent Reactions Catalyzed by Nonheme Iron Enzymes in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 13 号: 2 ページ: 1045-1076

    • DOI

      10.1021/acscatal.2c05247

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Noncanonical Functions of Enzyme Cofactors as Building Blocks in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 2 号: 9 ページ: 1950-1963

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00391

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discovery of non-squalene triterpenes2022

    • 著者名/発表者名
      Tao Hui、Lauterbach Lukas、Bian Guangkai、Chen Rong、Hou Anwei、Mori Takahiro、Cheng Shu、Hu Ben、Lu Li、Mu Xin、Li Min、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Moriya Toshio、Senda Toshiya、Wang Xinghuan、Deng Zixin、Abe Ikuro、Dickschat Jeroen S.、Liu Tiangang
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 606 号: 7913 ページ: 414-419

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04773-3

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Stereoselectivity and Substrate Specificity of the Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Oxygenase TqaL2022

    • 著者名/発表者名
      Tao Hui、Ushimaru Richiro、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 47 ページ: 21512-21520

    • DOI

      10.1021/jacs.2c08116

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF.2022

    • 著者名/発表者名
      Tao, H., # Mori, T., # Chen, H., Lyu, S., Nonoyama, A., Lee, S., Abe, I. (#equall contribution)
    • 雑誌名

      Nature Commun

      巻: 13 号: 1 ページ: 95-95

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27636-3

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood2022

    • 著者名/発表者名
      Wang Xiao-Hui、Gao Bo-Wen、Nakashima Yu、Mori Takahiro、Zhang Zhong-Xiu、Kodama Takeshi、Lee Yuan-E、Zhang Ze-Kun、Wong Chin-Piow、Liu Qian-Qian、Qi Bo-Wen、Wang Juan、Li Jun、Liu Xiao、Abe Ikuro、Morita Hiroyuki、Tu Peng-Fei、Shi She-Po
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 348-348

    • DOI

      10.1038/s41467-022-27971-z

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of Enzymes Catalyzing the Initial Steps of the β-Lactam Tabtoxin Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Lyu Jiaqi、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 24 号: 18 ページ: 3337-3341

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00878

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure-based redesign of Fe(<scp>ii</scp>)/2-oxoglutarate-dependent oxygenase AndA to catalyze spiro-ring formation2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Nakashima Yu、Chen Heping、Hoshino Shotaro、Mitsuhashi Takaaki、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 58 号: 36 ページ: 5510-5513

    • DOI

      10.1039/d2cc00736c

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Rational Engineering of the Nonheme Iron- and 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase SptF2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Yu Ziheng、Tao Hui、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 24 号: 8 ページ: 1737-1741

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00409

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for endoperoxide-forming oxygenases2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 18 ページ: 707-721

    • DOI

      10.3762/bjoc.18.71

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] C-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Kumano Takuto、He Haibing、Watanabe Satomi、Senda Miki、Moriya Toshio、Adachi Naruhiko、Hori Sanae、Terashita Yuzu、Kawasaki Masato、Hashimoto Yoshiteru、Awakawa Takayoshi、Senda Toshiya、Abe Ikuro、Kobayashi Michihiko
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 6294-6294

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26585-1

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] β-NAD as a building block in natural product biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Shirai Kohei、Hu Zhijuan、Bashiri Ghader、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 600 号: 7890 ページ: 754-758

    • DOI

      10.1038/s41586-021-04214-7

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Stereodivergent Nitrocyclopropane Formation during Biosynthesis of Belactosins and Hormaomycins2021

    • 著者名/発表者名
      Shimo Shotaro、Ushimaru Richiro、Engelbrecht Alicia、Harada Mei、Miyamoto Kazunori、Kulik Andreas、Uchiyama Masanobu、Kaysser Leonard、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 44 ページ: 18413-18418

    • DOI

      10.1021/jacs.1c10201

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Heterodimeric Non-heme Iron Enzymes in Fungal Meroterpenoid Biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Li Xinyang、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Ling Meiqi、Hu Dan、Wu Bin、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 50 ページ: 21425-21432

    • DOI

      10.1021/jacs.1c11548

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      4th International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, San Diego, USA
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      PSJ-PSK Joint Symposium: Natural Products in Drug Discovery, the 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan, Sapporo, Japan
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Enzymes, Coenzymes and Metabolic Pathways, Waterville Valley, NH, USA
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] b-NAD as a Building Block in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Enzyme Engineering XXVII, Singapore, Singapore
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      New Zealand Society for Biochemistry and Molecular Biology (NZSBMB) 50th Anniversary Conference, Canterbury, New Zealand
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Natural Products and Bioactive Compounds, Proctor Academy, NH, USA
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      4th Lijiang International Forum on Pharmaceutical Sciences, Guiling (Online), China
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Conference on Synthetic Biology Approaches and its Applications, Osaka (Online), Japan
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 東京大学大学院薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-07-13   更新日: 2025-01-30  

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