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酵素活性を合理的に向上させるための普遍的手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21K18841
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分27:化学工学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

新井 宗仁  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90302801)

研究分担者 林 勇樹  東京大学, 環境安全研究センター, 准教授 (90444059)
研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2022年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2021年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードタンパク質 / 酵素 / 活性 / タンパク質デザイン / 合理的設計
研究開始時の研究の概要

酵素活性の向上は、産業や医療への応用において重要である。しかし、従来は進化分子工学的手法による大量の実験が必要であった。そこで、この状況を打破するために、本研究では酵素活性を合理的に向上させるための普遍的手法を開発する。これは学術上の難問であるが、我々は最近、課題解決のブレイクスルーとなる方法を考案して予備的な研究を行い、モデル酵素の活性を大きく向上させることに成功した。この技術を確立させるために、本研究では、この手法の妥当性の検証と、様々な酵素への適用による普遍性の検証を行う。さらに、機械学習等により理論計算法を最適化する。以上により、多くの酵素に適用可能な普遍的技術の確立を目指す。

研究成果の概要

触媒反応を行うタンパク質(酵素)は、生命現象の維持に必要なだけでなく、有用物質の工業生産にも必要であり、産業や医療などの幅広い分野に応用されている。それゆえ、酵素活性を向上させる方法の開発は、産業や医療などにおいて極めて重要である。従来の酵素設計法では大量の実験が必要なため、酵素活性を合理的に向上できる普遍的な手法の開発が急務であった。しかし、これは学問上の難問であった。本研究では、「酵素反応サイクルの律速段階における自由エネルギー障壁を低下させるように変異体を理論的に設計する」という我々が提唱する酵素の合理的高活性化法を用いることにより、実際に酵素を高活性化させることに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来、酵素活性を向上させるための方法としては進化分子工学的実験が主流であり、大量の実験が必要なため、時間とコストがかかるという問題があった。一方、理論的なタンパク質設計法は近年、急速に進歩しており、タンパク質の構造安定化や結合能強化などを理論的に行った例が複数報告されている。しかし、酵素活性を理論的に向上させた例はほとんどなく、酵素活性を合理的に向上できる手法の開発は、学術上困難な課題として残されていた。本研究は、この課題解決への道を切り拓くことに成功した。また、酵素は産業や医療などで幅広く応用されていることから、本研究の社会的意義は大きいと期待される。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (48件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (34件) (うち国際学会 1件、 招待講演 8件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Crucial residue for tuning thermal relaxation kinetics in the biliverdin-binding cyanobacteriochrome photoreceptor revealed by site-saturation mutagenesis.2024

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T., Yoshimura, M., Arai, M., Narikawa, R.
    • 雑誌名

      J Mol Biol.

      巻: 436 号: 5 ページ: 168451-168451

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2024.168451

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamics and interactions of intrinsically disordered proteins.2024

    • 著者名/発表者名
      Arai, M., Suetaka, S., Ooka, K.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 84 ページ: 102734-102734

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2023.102734

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reentrant condensation of a multicomponent cola/milk system induced by polyphosphate.2024

    • 著者名/発表者名
      Furuki, T., Nobeyama, T., Suetaka, S., Matsui, R., Fukuoka, T., Arai, M., Shiraki, K.
    • 雑誌名

      Food Chemistry: X

      巻: 21 ページ: 101165-101165

    • DOI

      10.1016/j.fochx.2024.101165

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Accurate prediction of protein folding mechanisms by simple structure-based statistical mechanical models.2023

    • 著者名/発表者名
      Ooka, K., Arai, M.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6338-6338

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41664-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Introduction of reversible cysteine ligation ability to the biliverdin-binding cyanobacteriochrome photoreceptor.2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T., Yoshimura, M., Hoshino, H., Fushimi, K., Arai, M., & Narikawa, R.
    • 雑誌名

      FEBS J.

      巻: 290 号: 20 ページ: 4999-5015

    • DOI

      10.1111/febs.16911

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rational peptide design for inhibition of the KIX?MLL interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Sato Nao、Suetaka Shunji、Hayashi Yuuki、Arai Munehito
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 6330-6330

    • DOI

      10.1038/s41598-023-32848-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] インフルエンザとCOVID-19の治療薬開発2023

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 雑誌名

      総合診療

      巻: 33 ページ: 87-89

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] The Wako-Saito-Munoz-Eaton model for predicting protein folding and dynamics.2022

    • 著者名/発表者名
      Ooka, K., Liu, R., Arai, M.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 14 ページ: 4460-4460

    • DOI

      10.3390/molecules27144460

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Recent advances in the improvement of cyanobacterial enzymes for bioalkane production2022

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Yuuki、Arai Munehito
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories

      巻: 21 号: 1 ページ: 256-256

    • DOI

      10.1186/s12934-022-01981-4

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intron-encoded domain of herstatin, an autoinhibitor of human epidermal growth factor receptors, is intrinsically disordered.2022

    • 著者名/発表者名
      Tashiro, D., Suetaka, S., Sato, N., Ooka, K., Kunihara, T., Kudo, H., Inatomi, J., Hayashi, Y., Arai, M.
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9 ページ: 862910-862910

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.862910

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rational design of a helical peptide inhibitor targeting c-Myb-KIX interaction.2022

    • 著者名/発表者名
      Suetaka, S., Oka, Y., Kunihara, T., Hayashi, Y., Arai, M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 816-816

    • DOI

      10.1038/s41598-021-04497-w

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ラン藻が持つアルカン合成関連酵素の高活性化2021

    • 著者名/発表者名
      林勇樹、工藤恒、新井宗仁
    • 雑誌名

      生物工学

      巻: 99 ページ: 469-472

    • NAID

      130008091572

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] タンパク質の構造ダイナミクスを予測可能とする物理学理論の開発2024

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁、大岡紘治、劉潤晶、加藤沙愛、長井駿
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 有用タンパク質の合理的設計に向けて2024

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      高分子進化工学 第2回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質のフォールディングとデザイン2024

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      第12回デジタルバイオ研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質のフォールディングとデザイン2023

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      京都大学大学院理学研究科化学専攻 学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Accurate prediction of protein folding mechanisms by simple statistical mechanical models2023

    • 著者名/発表者名
      Arai, M.
    • 学会等名
      21st KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] タンパク質のフォールディングとデザイン研究の新展開2023

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      生物物理若手の会 夏の学校
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of statistical mechanical models that can predict folding mechanisms of any protein2023

    • 著者名/発表者名
      Ooka, K., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of nascent chain folding of large multidomain proteins by AlphaFold22023

    • 著者名/発表者名
      Suetaka, S., Yoshimura, M., Ooka, K., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical design of protein folding pathways by a statistical mechanical model2023

    • 著者名/発表者名
      Kato, S., Ooka, K., Liu, R., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Predicting mechanisms of mutual synergistic folding by a statistical mechanical model2023

    • 著者名/発表者名
      Nagai, S., Ooka, K., Liu, R., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical design of a small PD-1 antagonist with deep learning2023

    • 著者名/発表者名
      Inoue, S., Suetaka, S., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Predicting free energy landscapes of enzyme reactions by an extended statistical mechanical model2023

    • 著者名/発表者名
      Liu, R., Ooka, K., Arai, M.
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Nascent protein folding predicted by AlphaFold22023

    • 著者名/発表者名
      季高駿士、吉村匡隆、大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 改良型統計力学モデルによるall-β型タンパク質のフォールディング反応経路の予測2023

    • 著者名/発表者名
      劉潤晶、大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 酵素活性を合理的に向上させる理論的設計法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小谷果穂、大原和久、季高駿士、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大きさや形の異なる様々なタンパク質のフォールディング機構を予測可能な統計力学モデル2023

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] MDとフラグメント分子軌道(FMO)計算による細胞内光遺伝学ツールMagnetsの相互作用解析2023

    • 著者名/発表者名
      吉村匡隆、新井宗仁
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 機能性タンパク質の理論的設計2022

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質の立体構造予測ツールAlphaFold 2を使って何ができるのか2022

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      ラン藻ゲノム交流会2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Comparison and further improvement of the intracellular optogenetic tool Magnets variants2022

    • 著者名/発表者名
      吉村匡隆、青野侑基、林勇樹、河野風雲、佐藤守俊、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 variants by rational design2022

    • 著者名/発表者名
      青山莉奈、松本彩里、佐藤那音、季高駿士、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Folding mechanisms of apomyoglobin predicted by an extended statistical mechanical model2022

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Predicting protein folding pathways using the statistical mechanical model modified with accurate contact calculation2022

    • 著者名/発表者名
      劉潤晶、大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of PD-1 binding proteins to develop PD-1 agonists2022

    • 著者名/発表者名
      島村博太郎、季高駿士、佐藤那音、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 理論的設計法による細胞内光遺伝学ツールMagnetの改良2022

    • 著者名/発表者名
      吉村匡隆、青野侑基、林勇樹、佐藤守俊、新井宗仁
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 統計力学モデルの改良によるタンパク質のフォールディング反応経路の予測2022

    • 著者名/発表者名
      劉潤晶、大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Prediction of folding mechanisms of disulfide-containing proteins by the extended statistical mechanical model and the kinetic model2021

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Improving dimer affinity of Magnets photodimerizers by computational design2021

    • 著者名/発表者名
      吉村匡隆、青野侑基、林勇樹、佐藤守俊、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of neutralizing antibodies against the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 Spike protein2021

    • 著者名/発表者名
      松本彩里、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of immune checkpoint binding proteins targeting the PD-1 receptor2021

    • 著者名/発表者名
      島村博太郎、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Improving the statistical mechanical model of protein folding by accurate contact calculation2021

    • 著者名/発表者名
      劉潤晶、大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical design of neutralizing antibodies that are effective for SARS-CoV-2 variants2021

    • 著者名/発表者名
      青山莉奈、松本彩里、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of highly active mutants of an alkane-producing enzyme2021

    • 著者名/発表者名
      磯田正覚、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Prediction of folding mechanisms of lysozyme and α-lactalbumin by an extended statistical mechanical model2021

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] バイオ燃料生産に向けたラン藻由来アルカン生成酵素の高活性化(植田充美 監修「バイオエネルギー再燃」)2021

    • 著者名/発表者名
      林勇樹、工藤恒、新井宗仁
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781316215
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 新井研究室のホームページ

    • URL

      https://folding.c.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-07-13   更新日: 2025-01-30  

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