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DNA-高分子複合体の高次構造変換と転写の調節

研究課題

研究課題/領域番号 21K19014
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分35:高分子、有機材料およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

長田 健介  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子医科学研究所 分子イメージング診断治療研究部, グループリーダー (10396947)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2022年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードDNA複合体 / 高次構造変換 / ポリイオンコンプレックス / ヌクレオソーム / 転写調節 / 非ウイルス性ベクター / DNA複合体 / 高分子
研究開始時の研究の概要

生物は、高分子の一次構造をもとに高次構造を組み上げ、その構造変換を通じて会合-解離の平衡を動かし、機能を創発、ついには生命の営みにつなげている。本研究では、生命活動の源とも言える遺伝子発現プロセスに着目し、その作動原理を高分子科学で再現することによって転写調節機構を物質科学的に理解することを目標とする。具体的には、DNAと高分子とから多様な高次構造のDNA/高分子複合体を構築、その高次構造を変換させることで転写調節を引き出すことに挑戦する。

研究実績の概要

生物は、高分子の一次構造をもとに高次構造を組み上げ、その構造転移を通じて会合-解離の平衡を動かし、機能を創発、ついには生命の営みにつなげている。一方、現在の物質科学は、高分子集合体の高次構造を意図して組み上げることまでできているものの、それを構造変換することに踏み込めていない。本研究では、正電荷性連鎖と中性連鎖からなる高分子を使って一本のDNAに多様な高次構造を作らせ、その高次構造を電荷密度の調節によって変換、その効果を転写活性の制御として結実させる事に挑戦する。具体的には、ゲノムに見られる超らせん構造を有するDNAとしてプラスミドDNA(pDNA)を選択し、合成高分子との相互作用により折りたたみ、高次構造を作らせる。これをヌクレオソームのモデル系として取り扱い、その高次構造の変換を試みる。合成高分子として、ヒストン-DNA間の相互作用に重要な役割を果たしているリジン残基を重合したポリ-L-リシン(PLL)に、PLL/pDNA複合体を二次会合させずに水和させるための親水性高分子ポリエチレングリコール(PEG)を結合させたブロック共重合体PEG-PLLを用いる。
初年度は、PEG-PLLブロック共重合体を合成する環境整備ならびにPLLおよびPEG連鎖の分子量の異なる種々ブロック共重合体の用意を完了した。2022年度は、PEG-PLL/pDNA複合体を調製、その高次構造を原子間力顕微鏡を用いて観察する手段を構築した。また、PLL鎖の電荷密度をその場で減少させる条件検討を進めた。2023年度は、PLL鎖のアミノ基を部分的にアセチル化することで電荷密度を調節、PEG-PLL/pDNA複合体の高次構造を変換させることに成功した。また、これによる転写活性の評価を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

初年度は、高分子合成の環境を整えるとともに、PLLおよびPEG連鎖の分子量が異なる一連のブロック共重合体を用意することができた。PEG-PLL/pDNA複合体の高次構造は、原子間力顕微鏡(AFM)を用いて観察した。当初計画では外部機関にある透過型電子顕微鏡(TEM)を用いる予定であったが、空間分解能という点でTEMに及ばないものの当研究室保有のAFMで十分に高次構造を判別することが可能であることを確認した。2022年度には、種々PLLおよびPEG連鎖の分子量の異なるブロック共重合体を用いて複合体の高次構造を観察し、PLL電荷数と複合体高次構造との関係を理解した。2023年度は、PEG-PLL水溶液に対し、無水酢酸によるPLLアミノ基のアセチル化を試み、pHを中性付近に保ったままPLL電荷を減らしていく条件検討を行い、実現可能な条件を確認し、第一目標を達成した。これを受け、PEG-PLL/pDNA複合体に対しPLLのアセチル化を試みた。電気泳動法およびpDNAの凝縮度の評価から、アセチル化度を調節することで複合体の高次構造が変えられる事を確認した。現在、転写活性評価法の検討を進めている。現時点で高次構造と転写活性との相関を明らかにするまでに至っていないが、本研究の第2目標である複合体の高次構造変換に成功していることから、概ね順調に進んでいると判断した。

今後の研究の推進方策

PEG-PLL/pDNA複合体の高次構造変換に成功したことを受け、具体的な高次構造を液中AFMを用いて評価することを行う。一方、高次構造変換前後での転写活性評価は、DNAから転写されたmRNAをキャピラリ電気泳動で検出する方法を進めている。系中には、複合体、複合体に関与していないPEG-PLL、転写されたmRNAならびにpDNAなど様々な物質が含まれている。電気泳動法で生成したmRNAを正確に定量できないときは、蛍光オキシヌクレオチドを用いる方法ならびにポリメラーゼ連鎖反応法を用いる方法に切り替える。
現在進めている試みは、DNA複合体の凝縮度を緩ませることで、転写活性をoffからonにすることである。これが成功した暁には、その逆反応、DNA複合体の凝縮度を高めることで転写活性をonからoffに調節することに挑戦する。これにより、生命活動の源とも言える遺伝子発現調節の作動原理を高分子科学的に再現するという本研究の最終目標の達成を目指す。

報告書

(3件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (55件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (7件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (34件) (うち国際学会 13件、 招待講演 21件) 図書 (3件) 産業財産権 (4件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] ミシガン大学/オハイオ州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マインツ大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ライデン大学(オランダ)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ミシガン大学/オハイオ州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マインツ大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ミシガン州立大学/オハイオ州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マインツ大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Block copolymer-stabilized MOF hybrids loading Pd nanoparticles enable tumor remission through near-infrared photothermal therapy2024

    • 著者名/発表者名
      Shang-Wei Li, Ming-Feng Hsieh, Taehun Hong, Pengwen Chen, Kensuke Osada, Xueying Liu, Ichio Aoki, Jiashing Yu, Kevin C.-W. Wu, Horacio Cabral
    • 雑誌名

      Advanced NanoBiomed Research

      巻: - 号: 1

    • DOI

      10.1002/anbr.202470011

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantification of poly(ethylene glycol) crowding on nanodiamonds toward quantum biosensor for improved prevention effects on protein adsorption and lung accumulation2024

    • 著者名/発表者名
      K. Rikiyama, N. Maehara, H. Abe, Y. Nishimura, H. Yukawa, K. Kaminaga, R. Igarashi, K. Osada
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: - 号: 18 ページ: 9471-9480

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.3c03988

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Self-Folding Macromolecular Drug Carrier for Cancer Imaging and Therapy2023

    • 著者名/発表者名
      S. Gao, Y. Miura, A. Sumiyoshi, S. Ohno, K. Ogata, T. Nomoto, M. Matsui, Y. Honda, M. Suzuki, M. Iiyama, K. Osada, I. Aoki, N. Nishiyama
    • 雑誌名

      Advanced Science

      巻: 11 号: 7 ページ: 2304171-2304171

    • DOI

      10.1002/advs.202304171

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Size-tunable PEG-grafted copolymers as a polymeric nanoruler for passive targeting muscle tissues.2022

    • 著者名/発表者名
      M. Naito, Y. Watanuki, K. Toh, J. Yum, B. S. Kim, K. Taniwaki, S. Ogura, H. Ishida, M. Cho, H. Chaya, K. Miyajima, K. Osada, K. Minegishi, Y. Aoki, Y. Yamasaki, K. Miyata,
    • 雑誌名

      Journal of Controlled Release

      巻: 347 ページ: 607-614

    • DOI

      10.1016/j.jconrel.2022.05.030

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Delivery of aPD-L1 antibody to i.p. tumors via direct penetration by i.p. route: beyond EPR effect.2022

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, T. Kurino, R. Matsuda, H. S. Jones, Y. Nakamura, T. Kanamori, A. B. Tsuji, A. Sugyo, R. Tsuda, Y. Matsumoto, Y. Sakurai, H. Suzuki, M. Sano, K. Osada, T. Uehara, Y. Ishii, H. Akita, Y. Arano, A. Hisaka, H. Hatakeyama,
    • 雑誌名

      Journal of Controlled Release

      巻: 352 ページ: 328-337

    • DOI

      10.1016/j.jconrel.2022.10.032

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Size-controlled bimodal in vivo nanoprobes as near-infrared phosphors and positive contrast agents for magnetic resonance imaging2021

    • 著者名/発表者名
      K. Okubo, R. Takeda, S. Murayama, M. Umezawa, M. Kamimura, K. Osada, I. Aoki, K. Soga,
    • 雑誌名

      Science and Technology of Advanced Materials

      巻: 22 号: 6 ページ: 160-172

    • DOI

      10.3390/pharmaceutics13060800

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Bridging mRNA and polycation using RNA oligonucleotide derivatives improves the robustness of polyplex micelle for efficient mRNA delivery.2021

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshinaga, S. Uchida, A. Dirisala, M. Naito, K. Koji, K. Osada, H. Cabral, K. Kataoka,
    • 雑誌名

      Advanced Healthcare Materials,

      巻: - 号: 9 ページ: 2102016-2102016

    • DOI

      10.1002/adhm.202102016

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Liver sinusoidal wall coating polymer to promote the efficacy of gene therapy drugs, The 40th International Conference of Photopolymer Science and Technology2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      The 40th International Conference of Photopolymer Science and Technology
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Polymeric Architectures to Perform Virus Functions and its Challenge to Pancreatic Cancer2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      International Conference on Precision Nanomedicine in Theranostics & The 2023 Annual Meeting of Taiwan Nanomedicine Society
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ナノダイヤモンドの定量的PEG化2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      量子生命科学先端フォーラム2023夏の研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体量子センシングのためのナノダイヤモンドの定量的PEG化2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介, 力山和晃
    • 学会等名
      第72回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 日本学術振興会特別研究員応募書類作成で気をつけたいこと2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      NITech PGCプログラム日本学術振興会特別研究員申請支援セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高分子で挑む膵臓がんの遺伝子/核酸治療2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      増殖制御遺伝子TOB研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantification of PEG crowding grafted onto nanodiamonds2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      The 11th Conference on Exploring Next-Generation Materials Science and Nanoscience (11thCENG-MSN) and Workshop on Soft and Nano Materials Orchestrated with Wisdom from Japan 2024 (SNOWJ2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Nano-Ruler MRI contrast agent to detect inflammatory vasculature2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada, N. Maehara, A. Sumiyoshi, M. Naito, K. Miyata, I. Aoki,
    • 学会等名
      The 11th Takeda Science Foundation Symposium on Pharmasciences, Congres Convention Center
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Nano-Ruler MRI contrast agent to detect inflammatory vasculature2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      MRI Symposium Osaka
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Transient stealth coating of liver sinusoidal wall by PEG for retargeting nanomedicines2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      1st Workshop on Soft and Nano Materials Orchestrated with Wisdom from Japan and Korea 2024
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 生体量子センシングのためのナノダイヤモンドの定量的PEG化2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      第13回ナノバイオ若手ネットワーキングシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Polymers for cancer therapy and diagnosis2023

    • 著者名/発表者名
      K. Osada
    • 学会等名
      Seminar in Division of BioTherapeutics, Leiden Univeristy
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Artificial viruses to target cancers by polymer nanoassembly technology2023

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      OIST Seminar
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 化学で生命に迫る ~高分子化学でがんに挑む2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      東進ハイスクール未来発見講座
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノダイヤモンドの定量的PEG化の試み2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      量子計測技術による細胞生物物理学の進展と生命のパラメトリク生理機能の解明への展開
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] がん微小環境を診る高分子造影剤の開発とPDXモデルへの適用2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介, 力山和晃, 綿貫裕介, 内藤瑞, 宮田完二郎, 住吉晃, 青木伊知男
    • 学会等名
      第38回日本DDS学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] がん微小環境を診る高分子造影剤の開発とPDXモデルへの適用2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      第71回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高分子化学を道具にがんに挑戦する試みとナノダイヤモンド量子計測への展開2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      大阪大学蛋白研セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高分子化学を道具にがんに挑戦する研究2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      茨城県立水戸第一高等学校大学模擬講義
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] がん微小環境を診る高分子造影剤の開発とPDXモデルへの適用2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介, 力山和晃, 綿貫裕介, 内藤瑞, 宮田完二郎, 住吉晃, 青木伊知男
    • 学会等名
      第44回バイオマテリアル学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] A safe liver sinusoidal wall coating agent to promote the efficacy of gene therapy drugs2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      International Symposium on Chemistry 2022 and the 2nd Kyutech-KKU International Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A safe liver sinusoidal wall coating agent to promote the efficacy of gene therapy drugs2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      The 5th International Conference on Nanospace Materials 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Through the stromal barrier to pancreatic cancer cell nests: Single-stranded DNA-packaged polyplex micelle as AAV-inspired compact gene vector2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      The 5th International Workshop by the 174th Committee on Coexistence of Biology and Nanodevices
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A safe liver sinusoidal wall coating agent to promote the efficacy of gene therapy drugs2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 化学で生命を作る挑戦2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      MRI Collaborator’s Workshop 2022
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノメディシンの送達効率を高める肝類洞内皮壁高分子コーティング剤2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介, Anjaneyulu Dirisala, 内田智士, 片岡一則
    • 学会等名
      第15回日本分子イメージング学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 膵臓がんの間質を超える一本鎖DNA内包ポリプレックスミセル2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介, Theofilus A. Tockary, 片岡一則
    • 学会等名
      第37回日本DDS学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分子で作る人工ウイルスと遺伝子治療への展開2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAをたたむ、遺伝子を発現させる、病気を治す2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      茨城県立水戸第一高等学校大学模擬講義
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非ウイルス性遺伝子治療 ~新しい遺伝子ベクターの設計と医療への応用~2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      BioJapan
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 核酸デリバリーシステムにおける核酸とポリアミノ酸との相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      BINDS NMR報告会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体計測を目指したナノダイヤモンド量子センサーの開発2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      スイゼンジノリ・サクラン研究会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノダイヤモンドを用いた生体ナノ量子センサーの開発2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      福岡工業大学総合研究機構エレクトロニクス研究所講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-stranded DNA-packaged Polyplex Micelle as AAV-inspired Compact Gene Vector to Systemically Target Stroma-rich Pancreatic Cancer2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 学会等名
      ICMARI2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Drug Delivery System2022

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      日本DDS学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] 高分子2021

    • 著者名/発表者名
      長田健介
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      高分子学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] Drug Delivery System2021

    • 著者名/発表者名
      青木伊知男, 長田健介, 住吉晃, Bakalova Rumiana
    • 総ページ数
      17
    • 出版者
      日本DDS学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 単一高分子からなる自己凝集型ミセル2023

    • 発明者名
      三浦裕,西山伸宏,ガ オシャン,青木伊知 男,長田健介,住吉晃
    • 権利者名
      東京工業大学、量子科学技術研究開発機構
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [産業財産権] 修飾済基材,修飾済基材の製造方法,及び,修飾済基材における重なり合い密度の評価方 法2023

    • 発明者名
      長田健介, 力山和晃
    • 権利者名
      量子科学技術研究開発機構
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [産業財産権] 単一高分子粒子、活性分子複合体、単一高分子粒子の製造方法、腫瘍サイズの計測方法、腫瘍内の微細構造の計測方法、生体組織のイメージング方法、ドラッグデリバリーシステム、造影剤キット2023

    • 発明者名
      長田健介, 力山和晃, 住吉晃, 青木伊知男, 内藤瑞, 等
    • 権利者名
      長田健介, 力山和晃, 住吉晃, 青木伊知男, 内藤瑞, 等
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 単一高分子粒子、活性分子複合体、単一高分子粒子の製造方法、腫瘍サイズの計測方法、腫瘍内の微細構造の計測方法、生体組織のイメージング方法、ドラッグデリバリーシステム、造影剤キット2022

    • 発明者名
      長田健介, 力山和晃, 住吉晃, 青木伊知男, 内藤瑞, 等
    • 権利者名
      長田健介, 力山和晃, 住吉晃, 青木伊知男, 内藤瑞, 等
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-12-25  

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