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代謝物質コードによる細胞機能制御メカニズムの理解と制御

研究課題

研究課題/領域番号 21K19064
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分38:農芸化学およびその関連分野
研究機関筑波大学

研究代表者

宮本 崇史  筑波大学, 医学医療系, 助教 (50740346)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード代謝 / アミノ酸 / 時空間的活性ダイナミクス / 栄養学 / 合成生物学
研究開始時の研究の概要

本研究では細胞内の代謝物質が創り出す様々な情報を『代謝物質コード』として定義し、その代謝物質コードを感知・解読するメカニズムや、その結果として特定の表現型に至る背景機序を明らかにすると共に、それを自在にコントロールすることができる手法を開発することで、代謝物質コードの理解と制御を試みる。

研究成果の概要

本研究では、アミノ酸を起点とする代謝物質群の変動情報を『代謝物質コード』として定義し、代謝物質コードを感知するメカニズムや、その情報が解読されて、特定の表現型に至る背景機序を明らかにすることを目標に研究を行った。その結果、連動性を示すアミノ酸や、アミノ酸によって変動する遺伝子を同定することができた。またアミノ酸シグナルを可視化するため、AMPKおよびmTORC1のバイオセンサーを安定的に発現する細胞株の樹立を進めた。最終的にAMPKバイオセンサーを安定的に発現する細胞株は樹立したが、mTORC1バイオセンサーは、その感度を改良することを優先することとした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により、どのようなアミノ酸が連動して動いているのか、さらにその動きに伴ってどういった遺伝子の発現レベルが変動するのかを明らかにすることができた。ヒトの代謝物は20万種以上あるが、タンパク質の数は19,969 genes/86,245 transcriptsしかない (Nurk et al. Science. 2022)。そのため、細胞がどのようにして膨大な組み合わせからなる栄養素情報の変化を感知・処理しているのかは、未だ謎に包まれている(Efeyan et al. Nature. 2015)。本研究はこの謎を紐解くための基礎データを提供するものである。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書

研究成果

(17件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 7件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Morphological and functional adaptation of pancreatic islet blood vessels to insulin resistance is impaired in diabetic db/db mice2022

    • 著者名/発表者名
      Okajima Yuka、Matsuzaka Takashi、Miyazaki Shun、Motomura Kaori、Ohno Hiroshi、Sharma Rahul、Shimura Takuya、Istiqamah Nurani、Han Song-iee、Mizunoe Yuhei、Osaki Yoshinori、Iwasaki Hitoshi、Yatoh Shigeru、Suzuki Hiroaki、Sone Hirohito、Miyamoto Takafumi、Aita Yuichi、Takeuchi Yoshinori、Sekiya Motohiro、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease

      巻: 1868 号: 4 ページ: 166339-166339

    • DOI

      10.1016/j.bbadis.2022.166339

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] ELOVL5-mediated fatty acid elongation promotes cellular proliferation and invasion in renal cell carcinoma2022

    • 著者名/発表者名
      Nitta Satoshi、Kandori Shuya、Tanaka Ken、Sakka Shotaro、Siga Masanobu、Nagumo Yoshiyuki、Negoro Hiromitsu、Kojima Takahiro、Mathis Bryan J.、Shimazui Toru、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Shimano Hitoshi、Nishiyama Hiroyuki
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 113 号: 8 ページ: 2738-2752

    • DOI

      10.1111/cas.15454

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Heat shock‐induced heme oxygenase‐1 expression in a mouse hepatoma cell line is dependent on <scp>HSF1</scp> and modified by <scp>NRF2</scp> and <scp>BACH1</scp>2022

    • 著者名/発表者名
      Inouye Sachiye、Kubo Takanori、Miyamoto Takafumi、Iyoda Takuya、Okita Naoyuki、Akagi Reiko
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 27 号: 12 ページ: 719-730

    • DOI

      10.1111/gtc.12986

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hepatocyte- or macrophage-specific SREBP-1a deficiency in mice exacerbates methionine- and choline-deficient diet-induced nonalcoholic fatty liver disease.2022

    • 著者名/発表者名
      Araki M, Nakagawa Y, Saito H, Yamada Y, Han SI, Mizunoe Y, Ohno H, Miyamoto T, Sekiya M, Matsuzaka T, Sone H, Shimano H.
    • 雑誌名

      Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol

      巻: 323 号: 6 ページ: 627-639

    • DOI

      10.1152/ajpgi.00090.2022

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A case of NASH with genetic predisposition successfully treated with an SGLT2 inhibitor: a possible involvement of mitochondrial dysfunction.2022

    • 著者名/発表者名
      Nakajima R, Sekiya M, Furuta Y, Miyamoto T, Sato M, Fukuda K, et, al.
    • 雑誌名

      Endocrinol Diabetes Metab Case Rep.

      巻: 22 ページ: 0368-0368

    • DOI

      10.1530/edm-22-0368

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Starvation‐induced transcription factor CREBH negatively governs body growth by controlling GH signaling2021

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa Yoshimi、Kumagai Kae、Han Song‐iee、Mizunoe Yuhei、Araki Masaya、Mizuno Seiya、Ohno Hiroshi、Matsuo Kazuya、Yamada Yasunari、Kim Jun‐dal、Miyamoto Takafumi、Sekiya Motohiro、Konishi Morichika、Itoh Nobuyuki、Matsuzaka Takashi、Takahashi Satoru、Sone Hirohito、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      The FASEB Journal

      巻: 35 号: 6 ページ: 21663-21663

    • DOI

      10.1096/fj.202002784rr

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] CtBP2 confers protection against oxidative stress through interactions with NRF1 and NRF22021

    • 著者名/発表者名
      Kainoh Kenta、Takano Ryo、Sekiya Motohiro、Saito Kenji、Sugasawa Takehito、Ma Yang、Murayama Yuki、Sugano Yoko、Osaki Yoshinori、Iwasaki Hitoshi、Takeuchi Yoshinori、Yahagi Naoya、Suzuki Hiroaki、Miyamoto Takafumi、Nakagawa Yoshimi、Matsuzaka Takashi、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 562 ページ: 146-153

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.069

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heme oxygenase-1 induction by heat shock in rat hepatoma cell line is regulated by the coordinated function of HSF1, NRF2 and BACH12021

    • 著者名/発表者名
      Akagi Reiko、Kubo Takanori、Hatori Yuta、Miyamoto Takafumi、Inouye Sachiye
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 170 号: 4 ページ: 501-510

    • DOI

      10.1093/jb/mvab065

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Protocol for rapid manipulation of mitochondrial morphology in living cells using inducible counter mitochondrial morphology (iCMM)2021

    • 著者名/発表者名
      Miyamoto Takafumi、Han Song-Iee、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 2 号: 3 ページ: 100721-100721

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100721

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Rapid manipulation of mitochondrial morphology in a living cell with iCMM2021

    • 著者名/発表者名
      Miyamoto Takafumi、Uosaki Hideki、Mizunoe Yuhei、Han Song-Iee、Goto Satoi、Yamanaka Daisuke、Masuda Masato、Yoneyama Yosuke、Nakamura Hideki、Hattori Naoko、Takeuchi Yoshinori、Ohno Hiroshi、Sekiya Motohiro、Matsuzaka Takashi、Hakuno Fumihiko、Takahashi Shin-Ichiro、Yahagi Naoya、Ito Koichi、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      Cell Reports Methods

      巻: 1 号: 4 ページ: 100052-100052

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2021.100052

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] High protein diet-induced metabolic changes are transcriptionally regulated via KLF15-dependent and independent pathways2021

    • 著者名/発表者名
      Mehrazad Saber Zahra、Takeuchi Yoshinori、Sawada Yoshikazu、Aita Yuichi、Ho Man Hei、Karkoutly Samia、Tao Duhan、Katabami Kyoka、Ye Chen、Murayama Yuki、Shikama Akito、Masuda Yukari、Izumida Yoshihiko、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Sugasawa Takehito、Takekoshi Kazuhiro、Kawakami Yasushi、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 582 ページ: 35-42

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.10.027

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The transcriptional corepressor CtBP2 serves as a metabolite sensor orchestrating hepatic glucose and lipid homeostasis2021

    • 著者名/発表者名
      Sekiya Motohiro、Kainoh Kenta、Sugasawa Takehito、Yoshino Ryunosuke、Hirokawa Takatsugu、Tokiwa Hiroaki、Nakano Shogo、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Takeuchi Yoshinori、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-19

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26638-5

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ELOVL2 promotes cancer progression by inhibiting cell apoptosis in renal cell carcinoma2021

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Ken、Kandori Shuya、Sakka Shotaro、Nitta Satoshi、Tanuma Kozaburo、Shiga Masanobu、Nagumo Yoshiyuki、Negoro Hiromitsu、Kojima Takahiro、Mathis Bryan、Shimazui Toru、Watanabe Makoto、Sato Taka-Aki、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Shimano Hitoshi、Nishiyama Hiroyuki
    • 雑誌名

      Oncology Reports

      巻: 47 号: 2 ページ: 23-23

    • DOI

      10.3892/or.2021.8234

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] FoxO-KLF15 pathway switches the flow of macronutrients under the control of insulin2021

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi Yoshinori、Yahagi Naoya、Aita Yuichi、Mehrazad-Saber Zahra、Ho Man Hei、Huyan Yiren、Murayama Yuki、Shikama Akito、Masuda Yukari、Izumida Yoshihiko、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Kawakami Yasushi、Shimano Hitoshi
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 号: 12 ページ: 103446-103446

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.103446

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Rapid Manipulation of Mitochondrial Morphology in a Living Cell with iCMM2023

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Miyamoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] イメージングメタアナリシスの現状と課題2022

    • 著者名/発表者名
      宮本崇史
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 情報因子としてのオルガネラ形態に対する理解と制御2022

    • 著者名/発表者名
      宮本崇史
    • 学会等名
      第19回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-01-30  

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