HiFiリードの活用による効率的変異体選抜技術の開発

• 研究課題/領域番号: 21K19105
• 研究種目: 挑戦的研究(萌芽)
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 中区分39:生産環境農学およびその関連分野
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 有泉 亨 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (70575381)
• 研究期間 (年度): 2021-07-09 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2021年度)
• 配分額: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2022年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2021年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
• キーワード: トマト / 突然変異体 / TILLING / 第三世代シーケンサー / 第ニ世代シーケンサー

研究開始時の研究の概要

既存のTILLING技術の高コストかつ非効率な技術課題を解決するため、20kbの長鎖DNAを99.9%以上の精度のhigh-fidelity（HiFi）リードを生成するロングリードシークエンサーSequel IIをTILLINGに活用する。このHiFiリードを適応させることで既存技術の課題を解決できる可能性がある。そこで本研究はHiFiリードを活用して超効率的な変異体選抜技術の開発を目指す。