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脂質二重膜中におけるlarge pore channelの新しい開閉モデルの探索

研究課題

研究課題/領域番号 21K19215
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関名古屋大学

研究代表者

大嶋 篤典  名古屋大学, 細胞生理学研究センター, 教授 (80456847)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2022年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードlarge pore channel / クライオ電子顕微鏡 / 開閉機構 / 構造解析 / ラージポアチャネル / 高分解能構造解析 / 脂質膜再構成 / 開閉メカニズム / 試料調製 / リポソーム / Large Pore Channel / ゲーティングモデル / ナノディスク再構成 / ギャップ結合関連タンパク質
研究開始時の研究の概要

本研究はlarge pore channelとして知られるヒトパネキシン1(Panx1)の脂質二重膜内における高分解能構造解析をクライオ電子顕微鏡単粒子解析法で行い、新しいチャネル開閉機構の提唱を目指す。具体的にはPanx1チャネルの開状態と閉状態の原子構造を得ることを目的とし、Panx1の野生型、変異体などの複数の高分解能構造を脂質ナノディスクに再構成した状態で解析する。本研究によって、large pore channelがどのように完全な閉状態を実現するのかという問題に対し、Panx1では脂質が関与するという新規開閉モデルの提示を目指す。

研究成果の概要

イオンやATPなどのセカンドメッセンジャー、アミノ酸やペプチドなどを非選択的に通す径の大きな通路を持つlarge pore channelの開閉機構を解明することを目的とした構造研究を行った。具体的にはヒトpannexin-1チャネルのナノディスク再構成を行い、クライオ電子顕微鏡単粒子解析法を用いて原子分解能の構造を得た。アポ状態、阻害剤添加条件、N末端あるいはC末端領域の欠失変異体の構造解析結果と、電気生理学実験による機能解析結果、共同研究によるMDシミュレーションによる動的構造変化の解析から、脂質がサブユニットの隙間から入り込んでチャネル通路を閉塞する開閉モデルを提示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究はATPや代謝産物などのイオンよりもはるかに大きい分子を通すlarge pore channelの開閉機構の理解につながるものである。本研究で構造解析したヒトpannexin-1が作るチャネルの開閉は、炎症やガンの増殖、てんかんといった症状との関連が示唆されており、pannexin-1を原因とする症状に対する治療法や医薬品の開発が期待される。

報告書

(5件)
  • 2024 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2025 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 4件、 招待講演 10件)

  • [雑誌論文] Structural insights into the engagement of lysophosphatidic acid receptor 1 with different G proteins2025

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shota、Tanaka Kotaro、Kamegawa Akiko、Nishikawa Kouki、Suzuki Hiroshi、Oshima Atsunori、Fujiyoshi Yoshinori
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 217 号: 1 ページ: 108164-108164

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2024.108164

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A hyperpolarizing neuron recruits undocked innexin hemichannels to transmit neural information in <i>Caenorhabditis elegans</i>2024

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Airi、Watanabe Masakatsu、Yamashiro Riku、Kuroyanagi Hiroo、Matsuyama Hironori J.、Oshima Atsunori、Mori Ikue、Nakano Shunji
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 121 号: 21 ページ: 121-121

    • DOI

      10.1073/pnas.2406565121

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of hydroxycarboxylic acid receptor signaling mechanisms through ligand binding2023

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, K. Tanaka, K. Nishikawa, H. Suzuki, A. Oshima, Y. Fujiyoshi
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 14 号: 1 ページ: 5899-5899

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41650-7

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insight into the activation mechanism of MrgD with heterotrimeric Gi-protein revealed by cryo-EM2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shota、Iida Momoko、Hiroaki Yoko、Tanaka Kotaro、Kawamoto Akihiro、Kato Takayuki、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 707-707

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03668-3

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cryptic phosphate-binding pocket on the SPFH domain of human stomatin that regulates a novel fibril-like self-assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Kataoka Koki、Suzuki Shota、Tenno Takeshi、Goda Natsuko、Hibino Emi、Oshima Atsunori、Hiroaki Hidekazu
    • 雑誌名

      Current Research in Structural Biology

      巻: 4 ページ: 158-166

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2022.05.002

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for Binding of Potassium-Competitive Acid Blockers to the Gastric Proton Pump2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Saki、Morita Mikio、Yamagishi Tatsuya、Madapally Hridya Valia、Hayashida Kenichi、Khandelia Himanshu、Gerle Christoph、Shigematsu Hideki、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Medicinal Chemistry

      巻: 65 号: 11 ページ: 7843-7853

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.2c00338

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Akil Caner、Ali Samson、Tran Linh T.、Gaillard J?r?mie、Li Wenfei、Hayashida Kenichi、Hirose Mika、Kato Takayuki、Oshima Atsunori、Fujishima Kosuke、Blanchoin Laurent、Narita Akihiro、Robinson Robert C.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 12

    • DOI

      10.1126/sciadv.abm2225

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids2022

    • 著者名/発表者名
      Kuzuya Maki、Hirano Hidemi、Hayashida Kenichi、Watanabe Masakatsu、Kobayashi Kazumi、Terada Tohru、Mahmood Md. Iqbal、Tama Florence、Tani Kazutoshi、Fujiyoshi Yoshinori、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Science Signaling

      巻: 15 号: 720

    • DOI

      10.1126/scisignal.abg6941

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM of the ATP11C flippase reconstituted in Nanodiscs shows a distended phospholipid bilayer inner membrane around transmembrane helix 22022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hanayo、Hayashida Kenichi、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 1 ページ: 101498-101498

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101498

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gastric proton pump with two occluded K+ engineered with sodium pump-mimetic mutations2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Kazuhiro、Yamamoto Kenta、Irie Katsumasa、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 5709-5709

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26024-1

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structure of human Pannexin-3 in lipid bilayer2024

    • 著者名/発表者名
      S. Kawaguchi, S. Suzuki, K. Nishikawa, Y. Fujiyoshi, A. Oshima
    • 学会等名
      東海機構量子拠点設立式典シンポジウム
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] Structural insight into the closure of large pore channels in phospholipids by cryo-EM2023

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      ION CHANNEL MODULATION SYMPOSIUM 2023-Japan
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structures and gating of gap junction family proteins in phospholipids2023

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      日本生理学学会第100回記念大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryogenic electron microscopy (Cryo-EM)2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      The 3rd Bioinformatics and Biodiversity Conference/ the 6th International Symposium on Bioinformatics (InSyB)/The 2nd Synthetic Biology and Biotechnology
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた細胞間結合の構造研究の最前線2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム学生企画『Graduate Student Session』
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 脂質ナノディスクを利用したギャップ結合ファミリータンパク質の構造と膜透過機構2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      生理研研究会「構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡とタンパク質構造生物学 糖鎖の可視化に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      香川県希少糖戦略会議 第15回複合糖質・糖鎖部会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Gating of gap junction family proteins involving phospholipids2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      ISDD & KSSB JOINT SYMPOSIUM
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structures of gap junction family proteins in nanodiscs,2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      2022 Life Sciences International Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Study of Actin-Aplyronine A-Tubulin Heterotrimeric Complex and Development of Actin-affinity Tags2022

    • 著者名/発表者名
      Didik H. Utomo, Akari Fujieda, Atsunori Oshima, Akihiro Narita, Momoko, Takahashi, Hideo Kigoshi, and Masaki Kita
    • 学会等名
      日本化学会102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural biology of gap junction proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      Symposium on Computer Simulations and Cryo-ET/EM of Complex Biomolecular Systems
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural insights into the unique activation mechanism of the MrgD2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木翔大、飯田桃子、廣明洋子、川本晃大、加藤貴之、大嶋篤典
    • 学会等名
      第44回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ギャップ結合タンパク質のナノディスクにおける構造2021

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡の試料調製と構造研究2021

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      量子構造生物学委員会の第3回研究会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノディスクに再構成したPanx1チャネルの構造変化2021

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典、葛谷麻希、平野秀美、林田研一、渡邉正勝、小林一美、谷一寿、藤吉好則
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第77回学術講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた細胞間結合チャネルの構造研究2021

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第77回学術講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2026-01-16  

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