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蛍光局在+バーコード二重標識による新規lineage tracing法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21K19232
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関九州大学

研究代表者

川又 理樹  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (80602549)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードLineage tracing / DNA barcode / CRISPR-Cas9 / DNAバーコード
研究開始時の研究の概要

そこで本研究では、2つの標識法を融合させた「蛍光+DNAバーコード」二重標識法によって1細胞レベルでの解析が可能な新規lineage tracing法を開発する。蛍光に関しては2色の蛍光を細胞局在の違いで9つのパターンを分類できるCRISPR-Cas9の仕組みを利用し、DNAバーコードはCas9で誘導される膨大な種類のindel mutationで同時に付加することができる。これ系を用いてin vitroやin vivoにおける細胞追跡手法としての有用性を実証し、再生メカニズムやがん起源細胞の同定を目的とした解析を行う。

研究成果の概要

これまで細胞の標識法は、蛍光で4色程度しか識別することができず、解像度が低い問題があった。そこで、2本のアレルに対するCRISPR-Cas9によるindelの誘導を蛍光識別できるAIMSを構築し、2色から蛍光の局在変化を利用し、9パターンを蛍光で識別できるシステムを開発した。また、CRISPR-Cas9のindelを利用したDNA barcodeを同時に標識することで、同色でも異なるクローン解析が可能なシステムへと発展させた。実際に蛍光パターンやbarcodeは細胞集団の中で多様性に富んでおることを確認し、新規二重標識lineage tracing法の有用性を実証することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

これまでのlineage tracingシステムは、蛍光のみで見分けられる細胞数が4個程度で解像度が低い解析系となり、実験結果から誤った仮説を提唱する恐れがあった。今回の二重標識技術を利用することで、識別できる細胞数を格段に増やすことができた。解析精度が格段に高まることによって、今まで築くことができなかったような真の生命現象を解き明かすことに貢献できる点で、学術的意義は大きい。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Optimization of Cas9 activity through the addition of cytosine extensions to single-guide RNAs2023

    • 著者名/発表者名
      Kawamata Masaki、Suzuki Hiroshi I.、Kimura Ryota、Suzuki Atsushi
    • 雑誌名

      Nature Biomedical Engineering

      巻: オンライン 号: 5 ページ: 672-691

    • DOI

      10.1038/s41551-023-01011-7

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Rational optimization of versatile genome editing applicability by tuning CRISPR-Cas9 activity2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Kawamata, Hiroshi I Suzuki, Atsushi Suzuki
    • 学会等名
      The 31th Hot Spring Harbor Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] プロモーター編集による新規Lineage Tracing法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      川又 理樹
    • 学会等名
      第2回反分野的生物医療学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プロモーター編集による新規グラデーションRainbow多細胞追跡技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      川又 理樹、鈴木洋、鈴木淳史
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAバーコード+蛍光グラデーション同時標識による多細胞追跡技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      川又 理樹、鈴木洋、鈴木淳史
    • 学会等名
      新学術領域「細胞ダイバース」研究成果報告 公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA barcodeを介した勾配蛍光誘導による次世代型二重標識Lineage tracing技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      川又 理樹、鈴木洋、鈴木淳史
    • 学会等名
      日本ゲノム編集学会第7回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 蛍光(位置情報)+バーコード(1細胞情報)細胞同時標識システムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      川又理樹
    • 学会等名
      第四回若手ワークショップ(細胞ダイバース)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Development of CRISPR-Based Rainbow/Barcode Dual Labeling System2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Kawamata, Hiroshi I Suzuki, Atsushi Suzuki
    • 学会等名
      The 30th Hot Spring Harbor Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 活性調節型CRISPR-Cas9による安全で効率的な遺伝子治療技術の開発2021

    • 著者名/発表者名
      川又理樹、 鈴木洋、鈴木淳史
    • 学会等名
      日本ゲノム編集学会 第六回総会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] CRISPR-Cas9による新規Rainbow/バーコード二重標識システムの開発2021

    • 著者名/発表者名
      川又理樹、 鈴木洋、鈴木淳史
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of CRISPR-Based Rainbow/Barcode Dual Labeling System2021

    • 著者名/発表者名
      Masaki Kawamata, Hiroshi I Suzuki, Atsushi Suzuki
    • 学会等名
      Hot Spring Harbor Symposium 2022
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 蛍光(位置情報)+バーコード(1細胞情報)細胞同時標識システムの開発2021

    • 著者名/発表者名
      川又理樹
    • 学会等名
      第四回若手ワークショップ(細胞ダイバース)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] ゲノム編集の効率や安全性を100倍以上高める新技術を開発

    • URL

      https://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 研究業績を更新しました。

    • URL

      https://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/labo/orgreg/top.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] ゲノム編集の効率や安全性を 100 倍以上高める新技術を開発

    • URL

      https://www.kyushu-u.ac.jp/f/52306/23_0411_01.pdf

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-01-30  

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