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DNA屈曲因子の新たな分子動態解明から切り開く新たな細胞周期像の創出

研究課題

研究課題/領域番号 21K19233
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関九州大学

研究代表者

片山 勉  九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2023年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2022年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2021年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードDNA複製 / DnaA / DNA屈曲 / 複合体動態 / 細胞周期
研究開始時の研究の概要

大腸菌IHFタンパク質は配列特異的にDNAに結合し鋭く屈曲させる。IHFによるDNA屈曲は、染色体の複製開始複合体の形成、核様体の構造形成、多様な遺伝子の転写や部位特異的組換え反応の制御などに重要であり、IHFはグローバルな制御因子としての役割を持つ。しかしながら、これまでIHFは細胞周期の制御因子としては重要視されていなかった。本計画は、複製開始タンパク質DnaAの活性化にもIHFが重要であるという研究代表者の独自発見を基盤にして、IHFの細胞周期制御システムにおける分子機構を新たに解明する。

研究成果の概要

大腸菌IHFは配列特異的に結合するDNA屈曲因子である。IHF結合は染色体複製開始や遺伝子の転写制御に重要である。DARS2とdatAは複製開始因子DnaAの活性を制御する染色体DNA因子であり、IHF結合に依存して活性化される。複製開始前、DARS2が一時的にIHFと結合し活性化されDnaAを活性化する。複製開始後、datAが一時的にIHFと結合し活性化されDnaAを不活化する。本研究では、IHF結合の新規な制御因子候補が複数見出された。さらにdatA上流のtRNAオペロンからの転写流入がdatA-IHF複合体の解離に必要であること、またdatA領域内での複数の転写終結機構などが解明された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

datA-IHF複合体は複製開始因子DnaAの活性を抑制する。本研究では、datA-IHF複合体の解離はtRNAオペロンからの転写流入に依存することがわかった。tRNAの転写は細胞増殖が停止する増殖相やアミノ酸枯渇等によりタンパク質合成が阻害される環境(緊縮制御下)では阻害される。このような状況では、tRNAの転写阻害によりdatA-IHF複合体が構成的に形成され、DnaAの不活化を進める、と考えられる。つまり増殖相や環境応答、あるいは転写―翻訳系と連係した複製開始の新たな制御メカニズムが発見された。さらにDARS2-IHF複合体の新たな制御因子候補が見出されたことなども重要な進展と言える。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 8件、 招待講演 7件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Read-through transcription of tRNA underlies the cell cycle-dependent dissociation of IHF from the DnaA-inactivating sequence datA2024

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Sakai Ryuji、Ito Kosuke、Nakagaki Wataru、Satomura Rion、Jinnouchi Takafumi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 15 ページ: 1360108-1360108

    • DOI

      10.3389/fmicb.2024.1360108

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] IHF and Fis as Escherichia coli Cell Cycle Regulators: Activation of the Replication Origin oriC and the Regulatory Cycle of the DnaA Initiator2023

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 14 ページ: 11572-11572

    • DOI

      10.3390/ijms241411572

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-stranded DNA recruitment mechanism in replication origin unwinding by DnaA initiator protein and HU, an evolutionary ubiquitous nucleoid protein2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Ryusei、Ozaki Shogo、Kawakami Hironori、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 12 ページ: 6286-6306

    • DOI

      10.1093/nar/gkad389

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Thermotoga maritima oriC involves a DNA unwinding element with distinct modules and a DnaA-oligomerizing region with a novel directional binding mode2023

    • 著者名/発表者名
      Lu Chuyuan、Yoshida Ryusei、Katayama Tsutomu、Ozaki Shogo
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 7 ページ: 104888-104888

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104888

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 核様体タンパク質から複製開始メカニズムの共通原理を展望する2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、川上広宣、加生和寿、尾崎省吾
    • 雑誌名

      日本ゲノム微生物学会 ニュースレター

      巻: 28 ページ: 2-5

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Whole-Genome Analysis Reveals That the Nucleoid Protein IHF Predominantly Binds to the Replication Origin oriC Specifically at the Time of Initiation2021

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Oshima Taku、Chumsakul Onuma、Nakamura Kensuke、Fukamachi Kazuki、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 12

    • DOI

      10.3389/fmicb.2021.697712

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Negative feedback for DARS2-Fis complex by ATP-DnaA supports the cell cycle-coordinated regulation for chromosome replication2021

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi Kenya、Tatsumoto Yuka、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 22 ページ: 12820-12835

    • DOI

      10.1093/nar/gkab1171

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 大腸菌oriC-IHF-DnaA-DnaB-DnaC複合体の動態と新たな制御メカニズム2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、鶴田 匠、呉 沁霏、興梠和真、吉田竜星、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      第27 回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始を制御するDNA因子datA、DARS2への核様体因子IHFの適時的結合を支えるメカニズムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤 孝輔、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第27 回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌種に高度に保存されたHUタンパク質はDnaA複合体の形成に依存して複製起点に結合しDUE開裂を進める2023

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾﨑省吾、川上広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第27 回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始タイミング制御に必須の核様体因子 IHF を細胞周期に応じて制御する新規因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      令和5年度 日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌染色体の複製開始の分子機構:多様性に潜む普遍性2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、盧 楚元、鶴田 匠、若杉泰敬、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      日本遺伝学会第95回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始促進因子DARS2 とその活性化因子IHF との適時的相互作用を制御する因子の網羅的探索2023

    • 著者名/発表者名
      吉田瑞希、加生和寿、片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第95回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A common insight into mechanisms of duplex unwinding at the origin DNA during eubacterial chromosome replication2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      第96回 日本生化学会大会 シンポジウム「Novel Perspectives on Dynamic Mechanisms in Initiation Complexes and Initiation Regulation for Chromosome DNA Replication」(Organizer: Tsutomu Katayama)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始タイミングを統括的に制御するDNA屈曲因子IHFの結合・解離を細胞周期に応じて制御する新規因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第96回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Precise regulation of replication initiation by timely binding and dissociation of the nucleoid protein IHF in Escherichia coli2023

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、伊藤孝輔、里村龍音、吉田瑞希、中薗 奨、中垣 渉、片山 勉,
    • 学会等名
      第46回日本分子物学会年会 シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] バクテリア染色体の複製開始メカニズムの普遍性と多様性を支えるDnaAタンパク質の分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      2022年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞生物に見られる生体プロセスの恒常性維持システム」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic mechanisms constituting regulation for the replication initiator DnaA protein in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      Bacterial Physiology Meeting in Copenhagen 'Major Ideas in Quantitative Microbial Physiology: Past, Present and Future'
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始蛋白質DnaA の活性化を促す核様体蛋白質との相互作用における機能構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      三善賢弥、加生和寿、片山 勉
    • 学会等名
      令和4年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] バクテリア界における染色体複製起点の開裂反応の共通原理:核様体タンパク質HUとDnaAに依存した複製起点開裂の分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾﨑省吾、川上広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Dynamic nucleoprotein complexes sustaining regulation for the chromosomal replication initiation in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      NIG International Symposium 2022: Chromosome Replication in the New Era - Old and New Questions in Life Science
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Regulation of replication initiation timing by timely binding and dissociation of the nucleoid protein IHF in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Kazutoshi Kasho, Taku Oshima, Onuma Chumsakul, Kensuke Nakamura, Kazuki Fukamachi, Kazuyuki Fujimitsu, and Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      NIG International Symposium 2022: Chromosome Replication in the New Era - Old and New Questions in Life Science
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mechanisms for bacterial origin unwinding mediated by DnaA and HU, a ubiquitous nucleoid-associated protein2022

    • 著者名/発表者名
      Ryusei Yoshida, Shogo Ozaki, Hironori Kawakami, and Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      NIG International Symposium 2022: Chromosome Replication in the New Era - Old and New Questions in Life Science
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 複製開始因子DnaAを適時的に不活性化するdatA-IHF複合体の形成を制御する転写の分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤孝輔, 酒井隆至, 加生和寿, 尾崎省吾, 片山 勉
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会ワークショップ「微生物の分子生物学・再考」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 複製開始促進DNA因子DARS2を活性化する核様体蛋白質IHFの結合制御因子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      李 藍楊、三善賢弥、辰本優香、尾崎省吾、片山 勉
    • 学会等名
      令和3年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Regulatory systems underlying the replication cycle of the chromosome in eubacteria2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      The 6th JAPAN-TAIWAN Joint Symposium For Pharmaceutical Sciences
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌複製開始蛋白質DnaAの活性化因子DARS2はATP-DnaAを介する負のフィードバックにより機能制御される2021

    • 著者名/発表者名
      三善賢弥、辰本優香、尾崎省吾、片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始因子ATP-DnaA がもつフィードバック制御メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、三善賢弥、吉田竜星、辰本優香、盧 楚元、興梠和真、伊藤孝輔、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      第26回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌の核様体蛋白質IHFはゲノム複製開始時期において複製開始点oriCと特異的に結合する2021

    • 著者名/発表者名
      加生和寿、大島 拓、Onuma Chumsakul、中村健介、深町和貴、片山 勉
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製と細胞周期制御を支えるタンパク質高次複合体のダイナミクス2021

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、三善賢弥、盧 楚元、辰本優香、李 藍楊、伊藤孝輔、川上広宣、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会 シンポジウム「染色体の多様な機能を支えるタンパク質高次複合体」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic nucleoprotein complexes and DNA structural changes supporting regulated replication initiation of the Escherichia coli chromosome2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama, Kenya Miyoshi, Ryusei Yoshida, Chuyuan Lu, Lanyang Li, Kazuma Korogi, Yuka Tatsumoto, Kosuke Ito, Hironori Kawakami, Kazutoshi Kasho, Shogo Ozaki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会 シンポジウム「The common mechanism for regulation of genome maintenance by DNA structural dynamics」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 九州大学大学院薬学研究院_分子生物薬学分野

    • URL

      http://bunsei.phar.kyushu-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
  • [備考] 九州大学研究者情報_片山 勉

    • URL

      http://hyoka.ofc.kyushu-u.ac.jp/search/details/K001101/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
  • [備考] 九州大学薬学研究院_研究成果

    • URL

      https://www.phar.kyushu-u.ac.jp/topics/view.php?page=1&B_Code=586

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 九州大学_研究成果

    • URL

      https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/721

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2025-01-30  

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