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シングルセルゲノミクスとイメージングによる遺伝子発現のタイミング制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K19249
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
研究機関大阪大学 (2022)
筑波大学 (2021)

研究代表者

堀江 健生  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (10455925)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2021年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワードホヤ / 遺伝子発現 / 転写 / エンハンサー / 遺伝子発現調節 / ライブイメージング / ゲノミクス
研究開始時の研究の概要

エンハンサーによる遺伝子発現制御については、組織特異的な制御に比べ、発現のタイミング制御については不明な点が多い。申請者はドーパミンニューロンで発現する遺伝子群のうち、『ドーパミン関連遺伝子』と『神経ペプチド関連遺伝子』の発現は、どちらも同じ2つの転写因子によって制御されているが、発現のタイミングが異なることを突き止めた。さらに、両者のエンハンサーでは、転写因子の結合配列間の距離に違いがあり、この違いが、遺伝子発現のタイミングを制御している可能性を見出した。本研究では、遺伝子発現のタイミングを制御する仕組みについて、エンハンサーにおける転写因子の結合配列間の距離の違いから解明することを目指す。

研究成果の概要

遺伝子発現の制御には、エンハンサーによる遺伝子発現の活性化が重要な役割を担っている。エンハンサーによる遺伝子発現調節については、組織特異的な発現調節機構については解析が進んでいるが、遺伝子発現のタイミングをコントロールする仕組みについては不明な点が多い。、本研究では、ホヤ胚をモデルとして、遺伝子発現のタイミングをコントロールする仕組みについて、ゲノミクス的な手法と転写のライブイメージングの手法を用いて解明することを目指して研究を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

遺伝子発現の制御は、個体発生だけでなく、癌などの疾患とも関係しており、正確な遺伝発現制御機構を解明することは生物学的にも医学的にも重要な研究課題である。本研究では、コンパクトなゲノムを持つホヤを用いて遺伝子発現の時間的なタイミング制御機構に関する研究を行い、転写因子間の結合距離の違いが遺伝子発現のタイミングを制御することを明らかにすることに成功した。今後はヒトをはじめとした脊椎動物においても同じメカニズムが存在するかどうか検証する実験を行っていきたい。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 4件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] プリンストン大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Improved Genome Editing in the Ascidian Ciona with CRISPR/Cas9 and TALEN2023

    • 著者名/発表者名
      Sasakura Yasunori、Horie Takeo
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2637 ページ: 375-388

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3016-7_28

    • ISBN
      9781071630150, 9781071630167
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The TRP channel PKD2 is involved in sensing the mechanical stimulus of adhesion for initiating metamorphosis in the chordate Ciona2022

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Aya、Hozumi Akiko、Shiraishi Akira、Satake Honoo、Horie Takeo、Sasakura Yasunori
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 64 号: 7 ページ: 395-408

    • DOI

      10.1111/dgd.12801

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 非コード領域による転写制御―遺伝子発現のタイミングをつくり出す新たなメカニズム2022

    • 著者名/発表者名
      堀江良子、一寸木明日香、堀江健生
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 113 ページ: 1931-1936

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] d-Serine controls epidermal vesicle release via NMDA receptor, allowing tissue migration during the metamorphosis of the chordate <i>Ciona</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Krasovec Gabriel、Hozumi Akiko、Yoshida Tomoyuki、Obita Takayuki、Hamada Mayuko、Shiraishi Akira、Satake Honoo、Horie Takeo、Mori Hisashi、Sasakura Yasunori
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 10 ページ: 1-22

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn3264

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Neuronal identities derived by misexpression of the POU IV sensory determinant in a protovertebrate2022

    • 著者名/発表者名
      Prakriti Paul Chacha, Ryoko Horie, Takehiro G. Kusakabe, Yasunori Sasakura, Mona Singh, Takeo Horie, and Michael Levine
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 4

    • DOI

      10.1073/pnas.2118817119

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A single motor neuron determines the rhythm of early motor behavior in Ciona2021

    • 著者名/発表者名
      Taichi Akahoshi, Madoka K. Utsumi, Kouhei Oonuma, Makoto Murakami, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe, Kotaro Oka, Kohji Hotta
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 50 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1126/sciadv.abl6053

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of Developmental Programs for the Midline Structures in Chordates: Insights From Gene Regulation in the Floor Plate and Hypochord Homologues of Ciona Embryos2021

    • 著者名/発表者名
      Kouhei Oonuma, Maho Yamamoto, Naho Moritsugu, Nanako Okawa, Megumi Mukai, Miku Sotani, Shuto Tsunemi, Haruka Sugimoto, Eri Nakagome, Yuichi Hasegawa, Kotaro Shimai, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 9 ページ: 1-12

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.704367

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Vasopressin Promoter Transgenic and Vasopressin Gene-Edited Ascidian, Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta): Innervation, Gene Expression Profiles, and Phenotypes2021

    • 著者名/発表者名
      Kawada Tsuyoshi、Shiraishi Akira、Matsubara Shin、Hozumi Akiko、Horie Takeo、Sasakura Yasunori、Satake Honoo
    • 雑誌名

      Frontiers in Endocrinology

      巻: 12 ページ: 668564-668564

    • DOI

      10.3389/fendo.2021.668564

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ホヤにおける遺伝子発現調節メカニズムに関する研究2023

    • 著者名/発表者名
      堀江健生
    • 学会等名
      第6回幹細胞・細胞分化に関する合同リトリート
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ホヤ胚における転写のライブイメージングの構築2023

    • 著者名/発表者名
      冨山新、堀江健生
    • 学会等名
      第6回幹細胞・細胞分化に関する合同リトリート
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in ascidians identified by single cell transcriptomics2023

    • 著者名/発表者名
      Takeo Horie
    • 学会等名
      Adaptive Circuit Census International Symposium 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ホヤ幼生の重力を感知する神経回路の解析2022

    • 著者名/発表者名
      一寸木明日香、堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • 学会等名
      日本動物学会 近畿支部 研究発表会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生の尾部に存在する双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • 学会等名
      日本動物学会 近畿支部 研究発表会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Gravitaxis neural circuit in the ascidian larva2022

    • 著者名/発表者名
      Asuka Chokki, Ryoko Horie, Yasunori Sasakura, and Takeo Horie
    • 学会等名
      11th International Tunicate Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in ascidian identified by single cell transcriptomics2022

    • 著者名/発表者名
      Takeo Horie
    • 学会等名
      11th International Tunicate Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シングルセルトランスクリプトーム解析を応用した 神経細胞の分化を制御する転写因子カクテルの同定2022

    • 著者名/発表者名
      堀江健生
    • 学会等名
      シングルセルゲノミクス研究会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シングルセル解析を応用したホヤ胚における 神経細胞の分化を制御する転写因子カクテルの同定2022

    • 著者名/発表者名
      堀江健生
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シングルセルトランスクリプトーム解析から切り込む視床下部相同器官の分化機構2021

    • 著者名/発表者名
      堀江健生
    • 学会等名
      第41回日本比較内分泌学会大会及びシンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ホヤ幼生の重力を感知する神経回路の構造と機能2021

    • 著者名/発表者名
      一寸木明日香、堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生の尾部に存在する双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      堀江良子、日下部岳広、笹倉靖徳、堀江健生
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] カタユウレイボヤにおけるNK6遺伝子の転写調節領域の解析2021

    • 著者名/発表者名
      長谷川達也,堀江良子,笹倉靖徳,堀江健生
    • 学会等名
      日本動物学会第92回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生尾部の双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      堀江良子、日下部岳広、笹倉靖徳、堀江健生
    • 学会等名
      日本動物学会第92回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 堀江研究室ホームページ

    • URL

      https://cionaneuron.wixsite.com/labhomepage

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-01-30  

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