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微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析

研究課題

研究課題/領域番号 21K19825
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究機関大阪大学

研究代表者

清水 浩  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 教授 (00226250)

研究分担者 戸谷 吉博  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 准教授 (70582162)
二井手 哲平  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教 (20802705)
研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2022年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードシミュレーション / 代謝フラックス解析 / 変動光 / 光合成 / 代謝フラックス
研究開始時の研究の概要

シアノバクテリアSynechocystis PCC 6803は光エネルギーを利用してCO2から有用物質を生産できるため理想的な細胞工場として、その工学利用が期待されている。しかし、変動光下では、連続光下と異なり成育の大きさが変化することが知られている。光合成生物では変動光下において高速に変化する光エネルギー供給と低速で変化するエネルギー利用のシステムが連結して動作するシステムとしての仕組みが備わっていると考えられる。本研究では、異なる応答の速さが連結した光合成微生物の仕組みを明らかにすることで、様々な時間オーダーで動作するサブシステムを包含するシステムの動作原理を明らかにすることを目的とする。

研究成果の概要

シアノバクテリアは光エネルギーを利用してCO2から直接有用物質を生産できるため理想的な細胞工場として、その工学利用が期待されている。本研究では、光合成生物が変動光下においても光化学系や代謝系が安定に動作するメカニズムの解明を目指した。安定同位体標識を用いた13C代謝フラックス解析法を開発し、定常光、変動光条件下で代謝と光合成の状態を明らかにすることを目的とした。また、光化学系の活性を評価する実験も行った。さらにゲノムスケール代謝モデルや動的な代謝変動シミュレーションモデルを用いて代謝を解析し、代謝と光化学系の活性状態をフラックスとして議論した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生物は様々な応答速度で変化するサブシステムが連結するネットワークと考えることができる。シアノバクテリアは光化学系と代謝を連結している生物であり、速い速度で応答する光化学系と遅い速度で応答する代謝系がいかに安定に動作しているかを理解することは異なる時間スケールのシステムを連結する際に重要と考えられる。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Effects of <i>n</i>-butanol production on metabolism and the photosystem in <i>Synechococcus elongatus</i> PCC 7942 based on metabolic flux and target proteome analyses2023

    • 著者名/発表者名
      Wada Keisuke、Uebayashi Kiyoka、Toya Yoshihiro、Putri Sastia Prama、Matsuda Fumio、Fukusaki Eiichiro、C. Liao James、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 69 号: 4 ページ: 185-195

    • DOI

      10.2323/jgam.2023.03.002

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of light fluctuations on photosynthesis and metabolic flux in Synechocystis sp. PCC 68032023

    • 著者名/発表者名
      Imada Tatsumi、Yamamoto Chiaki、Toyoshima Masakazu、Toya Yoshihiro、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Biotechnology Progress

      巻: - 号: 3

    • DOI

      10.1002/btpr.3326

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] グリコールアルデヒドがシアノバクテリアの代謝に与える影響の解析2024

    • 著者名/発表者名
      今田 辰海,戸谷 吉博,清水 浩
    • 学会等名
      化学工学会第89年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 様々な光環境におけるシアノバクテリアの中枢代謝ロジスティクスの解析2023

    • 著者名/発表者名
      戸谷吉博
    • 学会等名
      日本植物学会第87回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Systems biology of Synechocystis sp. PCC 6803 and its applications in metabolic engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Toya
    • 学会等名
      Workshop: Metalloenzymes cofactor assembly, catalytic mechanism and redox partners
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Effect of fluctuating light condition on photosynthesis and central carbon metabolism in Synechosystis sp. PCC 68032022

    • 著者名/発表者名
      Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Yoshihiro Toya, and Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In silico and Experimental Metabolic Flux Analyses and their Applications to Fermentation Processes2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割2022

    • 著者名/発表者名
      今田辰海、戸谷吉博、清水浩
    • 学会等名
      第74回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] シアノバクテリアにおけるエントナードウドロフ経路の生理学的影響の解析2022

    • 著者名/発表者名
      今田辰海,戸谷吉博,清水浩
    • 学会等名
      第63回日本植物生理学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      田島 遼太郎,池原 万由, 戸谷 吉博, 清水 浩
    • 学会等名
      第73回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] シアノバクテリアの代謝工学2021

    • 著者名/発表者名
      清水 浩,戸谷 吉博,豊島 正和,山本 千晶
    • 学会等名
      化学工学会第52回秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] 光合成 第Ⅳ部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ2021

    • 著者名/発表者名
      清水浩、豊島正和
    • 総ページ数
      224
    • 出版者
      朝倉書店
    • ISBN
      9784254171761
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 清水浩研究室

    • URL

      https://metabolic-engineering.jp/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
  • [備考] 清水浩研究室

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2025-01-30  

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