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活性中心を失ったヒドロゲナーゼ様酵素複合体がつなぐ呼吸のミッシングリンク

研究課題

研究課題/領域番号 21K20578
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0601:農芸化学およびその関連分野
研究機関立命館大学

研究代表者

井上 真男  立命館大学, 立命館グローバル・イノベーション研究機構, 助教 (90906976)

研究期間 (年度) 2021-08-30 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード呼吸鎖複合体 / ヒドロゲナーゼ / 分子進化 / 微生物ゲノム
研究開始時の研究の概要

始原的呼吸酵素複合体である呼吸型 [NiFe] ヒドロゲナーゼとミトコンドリアの呼吸鎖複合体 I は共通祖先から進化したと考えられている。しかし、始原的 [NiFe] ヒドロゲナーゼの登場以降、どのような進化プロセスを経て呼吸鎖複合体 I に至ったのかは謎である。本研究では、始原生物からヒトに至るまで呼吸の根幹を担う [NiFe] ヒドロゲナーゼ/呼吸鎖複合体 I 酵素群のタンパク質進化における「ミッシングリンク」を解明することを目指し、NiFe 活性中心を失った呼吸型ヒドロゲナーゼ様酵素複合体 Ehr の呼吸機能を明らかにする。

研究成果の概要

本研究の目的は、始原生物からヒトに至るまで呼吸の根幹を担う [NiFe] ヒドロゲナーゼ/呼吸鎖複合体 I 酵素群のタンパク質進化における「ミッシングリンク」を解明することを目指し、NiFe 活性中心を失った呼吸型ヒドロゲナーゼ様酵素複合体 Ehr の呼吸機能を明らかにすることである。全原核生物ゲノムのバイオインフォマティクス解析により、Ehr が第 3 の呼吸鎖複合体 I 型酵素サブファミリーであり、環境微生物に広く保存され、電子伝達やプロトン輸送に関与する可能性を示した。さらに、Ehr を有する培養株の培養条件の最適化や遺伝子欠損株の作製など生理機能解明に向けた基盤構築に成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

始原生物が有していた [NiFe] ヒドロゲナーゼが、いかにしてその活性に必須である金属活性中心を失い、NAD を補酵素とする呼吸鎖複合体 I に進化したのかは生物進化における大きな謎の 1 つであった。本研究では、呼吸鎖複合体 I とは異なる進化を遂げた第 3 の呼吸鎖複合体 I 型酵素サブファミリーの存在を世界に先駆けて明らかにすることに成功した。得られた生物情報資源は新たな研究シーズとなることが予想され、応用微生物学や進化生物学の発展に大きく貢献する。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (50件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (43件) (うち国際学会 8件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 必須微量元素セレンの微生物による多彩な代謝2023

    • 著者名/発表者名
      青野陸、井上真男、三原久明
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 59 号: 3 ページ: 185-189

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.59.3_185

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 琵琶湖集水域の環境メタロミクス(16)生態系においてセレン循環を駆動する微生物2023

    • 著者名/発表者名
      越智杏奈, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • 雑誌名

      金属

      巻: 93 ページ: 162-168

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural and functional insights into the mechanism by which MutS2 recognizes a DNA junction2022

    • 著者名/発表者名
      Kenji Fukui, Masao Inoue, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Takato Yano
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 30 号: 7 ページ: 973-982.e4

    • DOI

      10.1016/j.str.2022.03.014

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biome-specific distribution of Ni-containing carbon monoxide dehydrogenases2022

    • 著者名/発表者名
      Inoue Masao、Omae Kimiho、Nakamoto Issei、Kamikawa Ryoma、Yoshida Takashi、Sako Yoshihiko
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: 26 号: 1 ページ: 9-9

    • DOI

      10.1007/s00792-022-01259-y

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Initial Step of Selenite Reduction via Thioredoxin for Bacterial Selenoprotein Biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Atsuki、Tobe Ryuta、Aono Riku、Inoue Masao、Hagita Satoru、Kiriyama Kaito、Toyotake Yosuke、Ogawa Takuya、Kurihara Tatsuo、Goto Kei、Prakash N. Tejo、Mihara Hisaaki
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 20 ページ: 10965-10965

    • DOI

      10.3390/ijms222010965

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Pseudomonas stutzeri Strain F2a, Isolated from Seleniferous Soil2021

    • 著者名/発表者名
      Inoue Masao、Hirose Yuu、Tobe Ryuta、Saito Shigeki、Aono Riku、Prakash N. Tejo、Mihara Hisaaki
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 10 号: 33

    • DOI

      10.1128/mra.00631-21

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Geobacter sulfurreducens 由来 LysR 型転写因子 ExtR の DNA 結合は多硫化物イオンによって抑制される2023

    • 著者名/発表者名
      井上真男, 澤すずな, 青野陸, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度広島大会オンライン開催
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Escherichia coliによる細胞外セレンナノ粒子形成には膜構造の完全性と正常な膜小胞形成が必要とされる2023

    • 著者名/発表者名
      越智杏奈, 芝本佳永, 豊竹洋佑, 藤岡大毅, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度広島大会オンライン開催
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌が有する2つのセレン酸/テルル酸還元酵素活性サブユニットは異なる基質特異性を示す2023

    • 著者名/発表者名
      青野陸, 日下部恭平, 井上真男, 戸部隆太, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度広島大会オンライン開催
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ヒドロゲナーゼ様呼吸酵素複合体Ehrの全ゲノム探索と遺伝子欠損株の解析2022

    • 著者名/発表者名
      高野将光, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Methanothermococcus okinawensis由来SelBと相互作用するタンパク質の探索2022

    • 著者名/発表者名
      小野田幹久, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 硫黄還元細菌Geobacter sulfurreducens由来転写因子ExtRの認識DNA領域およびエフェクター分子の同定2022

    • 著者名/発表者名
      澤すずな, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] メチオニンスルホキシド還元活性を示す新奇モリブデン酵素の基質立体特異性と遺伝子欠損株の解析2022

    • 著者名/発表者名
      小島響平, 葛野侑香, 越智杏奈, 青野陸, 井上真男, 戸部隆太, 武田陽一, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Geobacter sulfurreducensの硫黄還元に関わる外膜ポリン-硫黄転移酵素複合体2022

    • 著者名/発表者名
      藤田大樹, Mst. Ishrat Jahan, 石戸雄大, 伊豆由記子, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis of dual cofactor specificity of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti JCM202762022

    • 著者名/発表者名
      Toma Rani Majumder, Takuya Yoshizawa, Riku Aono, Masao Inoue, Hiroyoshi Matsumura, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 水圏環境中に潜在する水素生成型一酸化炭素酸化菌の探索とゲノム特性の解明2022

    • 著者名/発表者名
      西田志穂, 大前公保, 井上真男, 左子芳彦, 今髙里莉, 神川龍馬, 吉田天士
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第35回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] トリメチルセレノニウム資化に関与する遺伝子クラスターの転写制御機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      萱場亮太, 越智杏奈, 井上真男, 青野陸, 寺部千夏, 田中麻衣, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • 学会等名
      メタルバイオサイエンス研究会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 土壌微生物由来トリメチルセレノニウム脱メチル化酵素の発見と機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      内田透梧, 越智杏奈, 高野将光, 井上真男, 青野陸, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • 学会等名
      メタルバイオサイエンス研究会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌における細胞外セレンナノ粒子の形成には細胞膜の完全性が必要である2022

    • 著者名/発表者名
      芝本佳永, 越智杏奈, 豊竹洋佑, 藤岡大毅, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • 学会等名
      第33回日本微量元素学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] セレン蓄積土壌由来 Cellulomonas 属細菌による嫌気的亜セレン酸還元2022

    • 著者名/発表者名
      植田響輝, 坂本暁紀, 牧村康平, 井上真男, 青野陸, 戸部隆太, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      第33回日本微量元素学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Novel pathway for assimilation of trimethylselenonium in soil microorganisms2022

    • 著者名/発表者名
      Masao Inoue, Anna Ochi, Chinatsu Terabe, Mai Tanaka, Riku Aono, Soichi Sato, Yasumitsu Ogra, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of pentaheme cytochrome c selenoprotein, a novel polysulfide/selenite reductase, from Geobacter sulfurreducens2022

    • 著者名/発表者名
      Hisaaki Mihara, Takuya Yoshizawa, Yukiko Izu, Miki Jinno, Masao Inoue, Riku Aono, Ryuta Tobe, Hiroyoshi Matsumura
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biogenic extracellular selenium particles are wrapped within membrane vesicles in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Kano Shibamoto, Anna Ochi, Yosuke Toyotake, Riku Aono, Masao Inoue, Tomoya Imai, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional analysis of a novel molybdenum-dependent methionine sulfoxide reductase from Bacillus species2022

    • 著者名/発表者名
      Kyohei Kojima, Yuka Kuzuno, Anna Ochi, Riku Aono, Masao Inoue, Ryuta Tobe, Yoichi Takeda, N. Tejo, Prakash, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Selenite respiration in a Cellulomonas strain isolated from a seleniferous soil2022

    • 著者名/発表者名
      Hibiki Ueda, Akinori Sakamoto, Kohei Makimura, Masao Inoue, Riku Aono, Ryuta Tobe, Yu Hirose, N. Tejo Prakash, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Roles of RecA in growth and round-body formation of Bacillus subtilis exposed to selenite2022

    • 著者名/発表者名
      Anna Ochi, Masao Inoue, Riku Aono, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Different substrate specificities of two catalytic subunits of selenate/tellurate reductase in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Kyohei Kusakabe, Riku Aono, Masao Inoue, Ryuta Tobe, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Polysulfide transport across outer membrane in the sulfur-reducing bacterium Geobacter sulfurreducens2022

    • 著者名/発表者名
      Daiki Fujita, Mst. Ishrat Jahan, Yudai Ishido, Yukiko Izu, Masao Inoue, Riku Aono, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Aminobacter属細菌に新たに見つかったトリメチルセレノニウム・トリメチルスルフォニウム資化遺伝子群2022

    • 著者名/発表者名
      越智杏奈, 寺部千夏, 井上真男, 田中麻衣, 青野陸, 北山香織, 栗原達夫, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • 学会等名
      日本ビタミン学会第74回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Mutational and structural insights into dual cofactor specificity of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti JCM202762022

    • 著者名/発表者名
      Toma Rani Majumder, Takuya Yoshizawa, Riku Aono, Masao Inoue, Hiroyoshi Matsumura, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      第39回日本微量栄養素学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 一酸化炭素デヒドロゲナーゼを鍵とする微生物触媒の探索と応用基盤の構築2022

    • 著者名/発表者名
      井上真男
    • 学会等名
      第23回酵素応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高度好熱菌 DNA 結合タンパク質 TkaP の機能と活性調節機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      井上葵, 高尾和也, 井上真男, 増井良治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム情報を利用したヒドロゲナーゼ様呼吸酵素複合体 Ehr の探索と機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      高野将光, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • 学会等名
      第68回日本生化学会近畿支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アーキアにおけるセレンタンパク質生合成に関与する未知因子の探索2022

    • 著者名/発表者名
      小野田幹久, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • 学会等名
      第68回日本生化学会近畿支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Bacillus 属細菌由来新奇メチオニンスルホキシド還元酵素の機能解明2022

    • 著者名/発表者名
      小島響平, 葛野侑香, 越智杏奈, 青野陸, 井上真男, 戸部隆太, 武田陽一, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会関西支部 第520回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Geobacter sulfurreducens におけるポリスルフィド取り込みへの extHIJ 遺伝子の関与2022

    • 著者名/発表者名
      藤田大樹, Jahan Mst. Ishrat, 伊豆由記子, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2022 年度京都大会 オンライン開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Bacillus subtilis におけるプロファージ PBSX を介した round-body 形成の亜セレン酸耐性への関与2022

    • 著者名/発表者名
      越智杏奈, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2022 年度京都大会 オンライン開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌が生成するセレンナノ粒子は細胞膜で包まれている2022

    • 著者名/発表者名
      芝本佳永, 越智杏奈, 豊竹洋佑, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2022 年度京都大会 オンライン開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] インド高濃度セレン蓄積地帯由来 Cellulomonas 属細菌における亜セレン酸還元の呼吸鎖への関与およびセルロース分解能2022

    • 著者名/発表者名
      坂本曉紀, 井上真男, 青野陸, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2022 年度京都大会 オンライン開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 新奇 Aminobacter 属細菌におけるトリメチルセレノニウム資化経路の同定2022

    • 著者名/発表者名
      寺部千夏, 越智杏奈, 井上真男, 田中麻衣, 青野陸, 北山香織, 栗原達夫, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2022 年度京都大会 オンライン開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] セレン蓄積土壌由来 Cellulomonas 属細菌の高濃度亜セレン酸耐性2021

    • 著者名/発表者名
      植田響輝, 坂本曉紀, 牧村康平, 井上真男, 青野陸, 戸部隆太, 広瀬侑, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      日本生物高分子学会 2021 年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 常温湖底堆積物より分離された好熱性 Parageobacillus 属細菌の一酸化炭素利用能分析2021

    • 著者名/発表者名
      今浦由就, 足立夕花, 岡元俊輔, 日野太貴, 井上真男, 神川龍馬, 左子芳彦, 吉田天士
    • 学会等名
      令和 3 年度日本水産学会近畿支部例会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] CO デヒドロゲナーゼは生物圏によって異なる系統分布を示す2021

    • 著者名/発表者名
      井上真男, 大前公保, 神川龍馬, 吉田天士, 左子芳彦
    • 学会等名
      第 22 回極限環境生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Geobacter sulfurreducens におけるポリスルフィド還元へのマルチヘム含有セレンタンパク質の関与2021

    • 著者名/発表者名
      浅岡伸太郎, 伊豆由記子, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • 学会等名
      第 94 回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] インド高濃度セレン蓄積地帯由来 Cellulomonas 属細菌の亜セレン酸耐性と還元能2021

    • 著者名/発表者名
      坂本曉紀, 植田響輝, 牧村康平, 井上真男, 青野陸, 戸部隆太, 広瀬侑, N. Tejo Prakash, 三原久明
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第 34 回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 一酸化炭素利用能を持つ新規 Parageobacillus 属細菌分離株の生理・ゲノム性状解析2021

    • 著者名/発表者名
      今浦由就, 足立夕花, 岡元俊輔, 日野太貴, 井上真男, 神川龍馬, 左子芳彦, 吉田天士
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第 34 回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 集積培養系に出現した多様な一酸化炭素酸化菌の網羅的ゲノム解析2021

    • 著者名/発表者名
      西田志穂, 大前公保, 井上真男, 左子芳彦, 神川龍馬, 吉田天士
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第 34 回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌が生成・排出するセレンナノ粒子の透過型電子顕微鏡解析2021

    • 著者名/発表者名
      芝本佳永, 越智杏奈, 豊竹洋佑, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • 学会等名
      第 32 回日本微量元素学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 土壌微生物によるトリメチルセレノニウム資化経路の同定2021

    • 著者名/発表者名
      寺部千夏, 越智杏奈, 田中麻衣, 井上真男, 青野陸, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • 学会等名
      第 32 回日本微量元素学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 立命館大学 生命科学部 生物工学科 応用分子微生物学研究室

    • URL

      https://www.mihalab.org

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2024-01-30  

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