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非定常環境下の細胞集団動態と世代時間ゆらぎの関係

研究課題

研究課題/領域番号 21K20672
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0703:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

野添 嵩  東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (30910533)

研究期間 (年度) 2021-08-30 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード1細胞計測 / 細胞系譜 / 表現型ゆらぎ / 個体群動態 / 変動環境 / 有限集団 / 集団動態 / 系譜解析
研究開始時の研究の概要

近年進展する顕微鏡タイムラプスによる1細胞計測技術は細胞の成長動態を1細胞レベルで定量し、何世代にも渡る細胞時系列を実験で取得することは標準的な技術になりつつある。定常環境下での世代時間ゆらぎと集団の増殖の関係は理論的に確立しており実験的にも検証可能であるが、生物学的、生態学的に興味深い時間変動する環境下での両者の関係性について、実験検証可能なレベルでの理解は不十分である。そこで本研究では、実験検証可能な細胞系譜解析理論の構築とともに、新規に取得する実験データを用いた理論検証を行う。

研究成果の概要

1細胞レベルの成長動態と多数の細胞集団の動態を接続する理論的な枠組みの構築を目指し、変動環境下における集団動態と1細胞レベルの世代時間ゆらぎの関係性を明らかにする研究を進めてきた。細胞の排除や死亡を含む個体群動態において世代時間を含む1細胞の表現型の多様性と集団増殖の関係を解析する理論的枠組みを提案し、本手法をシミュレーションと実験データへ適用その妥当性を検証した。さらに変動環境下での細胞系譜測定とその将来的発展を見据えた実験・理論の基盤整備を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

マイクロ流体デバイスを用いた1細胞計測技術は大きく進展している一方で、1細胞レベルの状態変化と細胞集団の増殖過程を直接結びつける方向の観察や解析は発展途上である。今後の応用可能性を考えると、一般性の高い細胞系譜解析手法を確立する必要がある。本研究で提案された手法は、細胞の表現型の統計に影響する増殖・生存が与えるバイアスを適切に評価しようとするものであり、系譜データの持つ生物学的意義を明らかにするという基礎科学的重要性を持つことに加え、発生過程の細胞系譜や進化系統樹といった、分岐構造をもつ他の生物データを含む広範な系譜様データへ応用が期待される。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ニューヨーク大学(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ESPCI Paris(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ニューヨーク大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ESPCI Paris(フランス)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Proteolytic stability and aggregation in a key metabolic enzyme of bacteria2024

    • 著者名/発表者名
      Pollack Dan、Nozoe Takashi、Kussell Edo
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 121 号: 19

    • DOI

      10.1073/pnas.2301458121

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cell Lineage Statistics with Incomplete Population Trees2023

    • 著者名/発表者名
      Genthon Arthur、Nozoe Takashi、Peliti Luca、Lacoste David
    • 雑誌名

      PRX Life

      巻: 1 号: 1 ページ: 013014-013014

    • DOI

      10.1103/prxlife.1.013014

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A unified framework for measuring selection on cellular lineages and traits2022

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi Shunpei、Nozoe Takashi、Okura Reiko、Kussell Edo、Wakamoto Yuichi
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.72299

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 遺伝子発現の量比保存性に基づく細胞ラマンスペクトルの次元性の解析2024

    • 著者名/発表者名
      野添 嵩
    • 学会等名
      定量生物学の会 第11回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細胞集団内の選択の強さを測る細胞系譜解析手法2024

    • 著者名/発表者名
      野添 嵩
    • 学会等名
      生物の基礎探究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A unified framework linking cumulants of growth heterogeneity and population growth rates2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nozoe, Shunpei Yamauchi, Reiko Okura, Edo Kussell, Yuichi Wakamoto
    • 学会等名
      Statphys28
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Maximizing the potential of cellular Raman spectra as a proxy of the stoichiometry conservation structure of gene expression2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nozoe, Ken-ichiro .F Kamei
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 【研究成果】細胞運命の不平等さを定量化する ―― 細胞系譜情報を利用した統計解析手法を構築 ――

    • URL

      https://www.c.u-tokyo.ac.jp/info/news/topics/20221206170000.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-10-22   更新日: 2025-01-30  

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