研究課題
研究活動スタート支援
Using total 667 saliva samples of COVID-19 confirmed cases in Hiroshima collected between September 2020 and April 2021, the applicant can clarify the following facts in this study.1) The molecular characters and the mutation pattern of SARS-CoV-2 in Hiroshima2) The mutation rate between third and fourth wave outbreak3) Identification of notable SARS-CoV-2 mutant variants4) Notification of other type of mutations apart from above mentioned mutant variants5) Validation of newly formulated screening method over NGS sequencing for mutation screening
本研究では、734の唾液検体を用いて、Sanger法による部分スパイクシーケンスによるSARS-CoV-2変異株分類の開発を行ったところ、99.6%の増幅と96.9%のゲノムデータの検出が可能であった。これは、Sanger法が大量の検体の変異株スクリーニングにについて、精度が高く有効であることを示した。このことから、Sanger法は、次世代シーケンサー（NGS）が容易に利用できない地域において、低コストで時間効率の高い、実用的で普遍的な適用可能となり得る。既存の変異体の同定だけでなく、希少な変異や新たな変異の検査も可能であり、パンデミックの予防と制御の取り組みにおいて非常に有用と考えられた。
This study introduced the possibility of SARS-CoV-2 variant screening by partial sequencing at spike region which has higher screening rate then next generation sequencing and applicable to the resource limited setting for molecular surveillance and pandemic control.
すべて 2022
すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件)
Scientific Reports
巻: 12 号: 1 ページ: 2419-2419
10.1038/s41598-022-04952-2
