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統合的構造解析法による繊毛中心対複合体の構造解明

研究課題

研究課題/領域番号 21KK0125
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

塚崎 智也  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80436716)

研究分担者 八木 俊樹  県立広島大学, 生命環境学部, 教授 (40292833)
市川 宗厳  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 博士研究員 (80844662)
甲賀 栄貴  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (90909376)
研究期間 (年度) 2021-10-07 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
19,110千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 4,410千円)
2023年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2022年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
2021年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワード繊毛 / 鞭毛 / 中心対複合体 / クライオ電子顕微鏡法
研究開始時の研究の概要

繊毛は下等真核生物の運動を駆動するだけでなく、ヒトにおいても気管内からウイルスなどの異物を除去するなど極めて重要な機能を担っている細胞小器官である。その中心部を構成する中心対複合体は多くのタンパク質から構成されているが、未だその構成タンパク質の同定は不十分で、かつ、中心対複合体の立体構造も高分解能では得られていない。そこで、国際共同研究として、クライオ電子顕微鏡法及びX線結晶構造解析を用いて中心対複合体の構造を高分解能で明らかにし、その繊毛の運動制御機構についても理解することを目指す。

研究実績の概要

真核生物の運動駆動装置である繊毛・鞭毛の中心には、屈曲運動を制御する中心対複合体が存在している。中心対複合体は、2本の微小管を軸としてその周囲に多数のタンパク質が結合することで構成される。中心対複合体は繊毛の運動制御に重要な役割を担っているが、構成タンパク質の同定が未だ不十分であるとともに、その高分解能の構造は得られていない。そこで、本研究では中心対複合体の構築や、その機能の詳細について明らかにすることを目指した。中国復旦大学との国際共同研究として、クライオ電子顕微鏡での生体分子の構造解析にむけたサンプル調製、測定、ならびに画像解析を進めた。クライオ電子顕微鏡にてさらに良質な画像を得るためには、サンプルの濃度やバッファー条件などを調製する必要があったため、様々な条件にてサンプル調製を行った。また、中心対複合体を構成する因子のうち、いくつかのタンパク質は結晶構造解析により、より高分解能の構造を得ることで、機能の詳細に迫ろうとした。機能解析では、主に研究分担者の八木教授を中心に、緑藻クラミドモナスの変異株を用いて、中心対複合体に存在する2種類のキネシン様タンパク質(KLP1, FAP125)について調べた。変異体を用いた機能相補実験などから、どちらのタンパク質もモーターの活性を失活させても中心対複合体の最低限の機能は維持されていることが判明した。この2つのタンパク質については、モーターの機能の有無ではなく、タンパク質の存在そのものが中心対複合体の機能に重要であることが示唆された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

実験の進行状況から、渡航を24年度に行うこととし、研究期間の延長を行なったため。

今後の研究の推進方策

サンプルの準備し、国際的な状況を判断し、国際共同研究先へ渡航する。共同研究先では、最新のクライオ電子顕微鏡のサンプル調製技術を学び、クライオ電子顕微鏡によるデータ収集を行う予定である。エックス線結晶構造解析、機能解析は、前年度から引き続き研究を進める。

報告書

(3件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 5件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 6件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] 復旦大学(中国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 復旦大学(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] McGill University(カナダ)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Fudan University(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition2024

    • 著者名/発表者名
      Ikei Mai、Miyazaki Ryoji、Monden Keigo、Naito Yusuke、Takeuchi Azusa、Takahashi Yutaro S.、Tanaka Yoshiki、Murata Keina、Mori Takaharu、Ichikawa Muneyoshi、Tsukazaki Tomoya
    • 雑誌名

      PLOS Biology

      巻: 22 号: 4 ページ: e3002601-e3002601

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3002601

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] IC2 participates in the cooperative activation of outer arm dynein densely attached to microtubules2023

    • 著者名/発表者名
      Kondo Yusuke、Ogawa Tomoka、Kanno Emiri、Hirono Masafumi、Kato-Minoura Takako、Kamiya Ritsu、Yagi Toshiki
    • 雑誌名

      Cell Structure and Function

      巻: 48 号: 2 ページ: 175-185

    • DOI

      10.1247/csf.23044

    • ISSN
      0386-7196, 1347-3700
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of motor activity of ciliary outer-arm dynein by the light chain 1; Implications from the structure of the light chain bound to the microtubule-binding domain of the heavy chain2023

    • 著者名/発表者名
      Yagi Toshiki、Toda Akiyuki、Ichikawa Muneyoshi、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0008

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a “squeezed” form distinct from its inward- and outward-facing forms2022

    • 著者名/発表者名
      Kohga Hidetaka、Mori Takaharu、Tanaka Yoshiki、Yoshikaie Kunihito、Taniguchi Katsuhide、Fujimoto Kei、Fritz Lisa、Schneider Tanja、Tsukazaki Tomoya
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 30 号: 8 ページ: 1088-1097

    • DOI

      10.1016/j.str.2022.05.008

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Generation of stable microtubule superstructures by binding of peptide-fused tetrameric proteins to inside and outside2022

    • 著者名/発表者名
      Inaba Hiroshi、Sueki Yurina、Ichikawa Muneyoshi、Kabir Arif Md. Rashedul、Iwasaki Takashi、Shigematsu Hideki、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Tsukazaki Tomoya、Matsuura Kazunori
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 36

    • DOI

      10.1126/sciadv.abq3817

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Inner membrane YfgM-PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation2022

    • 著者名/発表者名
      Miyazaki Ryoji、Ai Mengting、Tanaka Natsuko、Suzuki Takehiro、Dhomae Naoshi、Tsukazaki Tomoya、Akiyama Yoshinori、Mori Hiroyuki
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 11 ページ: 102572-102572

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102572

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Generation of stable microtubule superstructures by binding of peptide-fused tetrameric proteins to inside and outside2022

    • 著者名/発表者名
      Inaba Hiroshi、Sueki Yurina、Ichikawa Muneyoshi、Kabir Arif Md. Rashedul、Iwasaki Takashi、Shigematsu Hideki、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Matsuura Kazunori
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2022.01.27.476107

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 温度変化によって生じる鞭毛軸糸の構造変化2021

    • 著者名/発表者名
      八木俊樹, 藤田洋介, 上村慎治, 岩本裕之
    • 雑誌名

      SPring-8/SACLA利用研究成果集

      巻: 9 号: 6 ページ: 375-379

    • DOI

      10.18957/rr.9.6.375

    • NAID

      130008112298

    • ISSN
      2187-6886
    • 年月日
      2021-10-29
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 大腸菌の細胞壁合成に必須な脂質フリッパーゼ MurJ を阻害する抗菌ペプチド LysM の生化学的解析2024

    • 著者名/発表者名
      甲賀栄貴、Napathip LERTPREEDAKORN、田中宏幸、宮﨑亮次、塚﨑智也
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] A point mutation in intermediate chain 2 disturbs motor activity of outer arm dynein.2023

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kondo, Tomoka Ogawa, Emiri Kanno, Masafumi Hirono, Takako Kato-Minoura, Ritsu Kamiya, Toshiki Yagi
    • 学会等名
      Chlamy 2023 international meeting
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Critical residues of an antibiotic peptide, LysM, inhibiting lipid II flip2023

    • 著者名/発表者名
      Napathip Lertpreedakorn, Hidetaka Kohga Hidetaka, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki
    • 学会等名
      2023 International Student Workshop University of California
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Generation of microtubule superstructures by mimicking ciliary microtubule structures2022

    • 著者名/発表者名
      Muneyoshi Ichikawa, Hiroshi Inaba, Yurina Sueki, Arif Md. Rashedul Kabir, Takashi Iwasaki, Hideki Shigematsu, Akira Kakugo, Kazuki Sada, Tomoya Tsukazaki, Kazunori Matsuura
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cooperative interactions among axonemal dyneins are regulated by the outer-arm dynein intermediate chain2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kondo, Tomoka Ogawa, Emiri Kanno, Masafumi Hirono, Takako Minoura, Ritsu Kamiya, Toshiki Yagi
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Regulation of axonemal dynein motor activity in Chlamydomonas2021

    • 著者名/発表者名
      近藤裕祐, 八木俊樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第59回年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クライオ電顕で明らかになった外腕ダイニンの構造変化と活性化機構2021

    • 著者名/発表者名
      Shintaroh Kubo, Shun Kai Yang, Corbin S Black, Daniel Dai, Melissa Valente-Paterno, Jacek Gaertig, Muneyoshi Ichikawa, Khanh Huy Bui
    • 学会等名
      日本生物物理学会第59回年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] The Chlamydomonas Sourcebook: Volume 3: Cell Motility and Behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Susan Dutcher (編集)
    • 総ページ数
      346
    • 出版者
      Academic Press
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 奈良先端科学技術大学院大学構造生命科学研究室

    • URL

      https://bsw3.naist.jp/tsukazaki/

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] プレスリリース:ペプチド融合タンパク質を用いた微小管「超」構造体の構築に初めて成功

    • URL

      https://www.naist.jp/pressrelease/2022/09/009218.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 奈良先端大・構造生命科学(塚崎研)

    • URL

      https://bsw3.naist.jp/tsukazaki/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2024-12-25  

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