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植物性染色体の誕生と性決定システムの進化を解明する日英共同研究

研究課題

研究課題/領域番号 21KK0128
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
研究機関福井県立大学

研究代表者

風間 裕介  福井県立大学, 生物資源学部, 教授 (80442945)

研究分担者 西嶋 遼  福井県立大学, 生物資源学部, 助教 (00841561)
大谷 真広  新潟大学, 自然科学系, 助教 (30768841)
水多 陽子  名古屋大学, 高等研究院(WPI), 特任助教 (70645142)
研究期間 (年度) 2021-10-07 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2024年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2023年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2022年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード性染色体 / 雌雄異株植物 / ヒロハノマンテマ / 性決定 / 遺伝資源 / マンテマ属 / 性決定遺伝子
研究開始時の研究の概要

ナデシコ科雌雄異株植物ヒロハノマンテマ(Silene latifolia)のY染色体のほとんどはX染色体と組換えを起こさずに変異を蓄積し、X染色体の1.5倍(570 Mb)に巨大化している。これは、キウイフルーツなどのXY染色体が同じサイズである性染色体よりも分化が進んだ状態といえる。このY染色体上に存在する性決定遺伝子候補で、めしべの発達を抑制すると考えられる遺伝子(GSFY)と、X染色体上存在して機能喪失型と思われるGSFXについて、分子生物学的な遺伝子機能解析と進化遺伝学解析を行い、どのような突然変異が生じて性決定遺伝子が誕生したのかを明らかにする。

研究実績の概要

ナデシコ科雌雄異株植物ヒロハノマンテマ(Silene latifolia)のY染色体のほとんどはX染色体と組換えを起こさずに変異を蓄積し、X染色体の1.5倍(570 Mb)に巨大化している。これは、キウイフルーツなどのXY染色体が同じサイズである性染色体よりも分化が進んだ状態といえる。我々は、このY染色体上に存在する性決定遺伝子候補であり、めしべの発達を抑制すると考えられる遺伝子(GSFY)を同定し、そのパラログがX染色体上にも存在する(GSFXがある)ことを明らかにした。本研究では、両遺伝子について、分子生物学的な遺伝子機能解析と進化遺伝学解析を行い、どのような突然変異が生じて性決定遺伝子が誕生したのかを明らかにする。
本年度は、ヒロハノマンテマのメスゲノムの解読を行い、X染色体についても全長配列を決定、遺伝学的マッピングと物理的マップとの比較を行った。その結果、ヒロハノマンテマの染色体では巨大ゲノムを持つ植物で見られるように、サブテロメリック付近のみで組換えが生じており、その他ほとんどの領域では組換え率が非常に低かった。近縁種であるS.vulgarisの遺伝学的マップと比較したところ、X染色体の元々組換えが頻繁に起きていた末端領域に逆位が生じることによって組換え抑制領域が誕生したことがわかった。昨年度特定したGSFX遺伝子もこの領域に座乗していたことからも性決定遺伝子の誕生はこの逆位によるものであることが裏付けられた。従来、XY間の組換え抑制領域は、誕生したあと、オス/メスにそれぞれ有利な変異との連鎖によって拡大すると言われてきたが、ヒロハノマンテマの組換え抑制領域の拡大は、もともとの染色体が持つ組換え率の低さが原因であることがわかった。今年度は、Filatov教授を日本に招聘し、日本遺伝学会第95回で開催したワークショップで講演していただいた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

オックスフォード大学のDmitry A. Filatov氏との共同研究の結果、上述のとおりヒロハノマンテマのメスゲノムの解読に成功し、組換え抑制領域の進化についての新たな知見を得ることができた。本成果はCurrent Biology誌にて発表した。

日本遺伝学会第95回大会において国際ワークショップを主催し、Filatov氏を日本に招聘して本成果の発表を行った。昨年度発表した論文と本成果の論文との成果を合わせて新たにミニレビュー2報を出版した。

今後の研究の推進方策

今後は、Y染色体上の性決定遺伝子GSFYがどのように進化して性決定遺伝子になり得たのかについて、常染色体上のパラログSlCLV3遺伝子との機能比較を行い明らかにしていきたい。

引き続き、ヒロハノマンテマの組織培養系および形質転換系の開発について条件検討を進めていきたい。

報告書

(3件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 4件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件)

  • [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ソルボンヌ大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 福建農林大学(中国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Oxford大学(英国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Sorbonne大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Oxford大学(英国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Developmental differences between hermaphrodite and female-like flowers in a non-model horticultural plant <i>Dianthus hybrida</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Sanjaya Alvin、Kobayashi Taiki、Nishijima Ryo、Shinoyama Harue、Kazama Yusuke
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA

      巻: 88 号: 3 ページ: 265-272

    • DOI

      10.1508/cytologia.88.265

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • 年月日
      2023-09-25
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Treatment of <i>Silene latifolia</i> Flower Buds with Peptides Containing Gynoecium-Suppressing Functions2023

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi T, Kitoh M, Kawano S, Kazama Y
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA

      巻: 88 号: 2 ページ: 89-89

    • DOI

      10.1508/cytologia.88.89

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • 年月日
      2023-06-25
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of Sex Chromosomes and Gynoecium Suppression in Plants2023

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi T, Kitoh M, Filatov DA, Kazama Y
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA

      巻: 88 号: 2 ページ: 91-94

    • DOI

      10.1508/cytologia.88.91

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • 年月日
      2023-06-25
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The origin and evolution of sex chromosomes, revealed by sequencing of the Silene latifolia female genome.2023

    • 著者名/発表者名
      Yue J, Krasovec M, Kazama Y, Zhang X, Xie W, Zhang S, Xu X, Kan B, Ming R, Filatov DA
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 33 号: 12 ページ: 2504-2514

    • DOI

      10.1016/j.cub.2023.05.046

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Evolution of sex‐determination in dioecious plants: From active Y to X/A balance?2023

    • 著者名/発表者名
      Kazama Y, Kobayashi T, Filatov DA
    • 雑誌名

      BioEssays

      巻: 45 号: 11 ページ: 2300111-2300111

    • DOI

      10.1002/bies.202300111

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A <i>CLAVATA3</i>-like Gene Acts as a Gynoecium Suppression Function in White Campion2022

    • 著者名/発表者名
      Kazama Yusuke、Kitoh Moe、Kobayashi Taiki、Ishii Kotaro、Krasovec Marc、Yasui Yasuo、Abe Tomoko、Kawano Shigeyuki、Filatov Dmitry A
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 39 号: 10

    • DOI

      10.1093/molbev/msac195

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Touch-Induced Transcriptional Changes in Flower Buds of a Non-Model Horticultural Plant Dianthus hybrida2022

    • 著者名/発表者名
      Nishijima Ryo、Sanjaya Alvin、Shinoyama Harue、Kazama Yusuke
    • 雑誌名

      Horticulturae

      巻: 8 号: 10 ページ: 918-918

    • DOI

      10.3390/horticulturae8100918

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Effect of Linear Energy Transfer on Heavy-ion Mutagenesis in Plants2024

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kazama
    • 学会等名
      International Seminar on Radiation Damage Effects and Medical Applications in 2024
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヒロハノマンテマの性決定遺伝子GSFYの誕生におけるCLV3様遺伝子の分子進化2023

    • 著者名/発表者名
      小林壮生, 鬼頭萌, 池田美穂, 西嶋遼, Dmitry A Filatov, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第13回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの雌ずい発達を抑制する性決定遺伝子GSFYの同定2023

    • 著者名/発表者名
      風間裕介, 鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov
    • 学会等名
      第95回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナの染色体で遺伝子量補正は起きるのか2023

    • 著者名/発表者名
      生駒拓也, 池田美穂, 西嶋遼, 阿部知子, 風間裕介
    • 学会等名
      第95回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒロハノマンテマの性決定遺伝子GSFYとその常染色体パラログSlCLV3の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      小林壮生, Dmitry A Filatov, 風間裕介
    • 学会等名
      第95回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ナデシコの花芽における接触刺激応答遺伝子の解析2023

    • 著者名/発表者名
      畑中悠那, 西嶋遼, 小林壮生, 篠山治恵, 池田美穂, 風間裕介
    • 学会等名
      日本植物学会第87回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの性決定遺伝子GSFYはどのように誕生したのか2023

    • 著者名/発表者名
      小林壮生, 鬼頭萌, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A Filatov, 風間裕介
    • 学会等名
      日本植物学会第87回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] CLV3様遺伝子をコードするGSFYは雌雄異株植物ヒロハノマンテマの雌ずいの発達を抑制する2023

    • 著者名/発表者名
      風間裕介, 鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov
    • 学会等名
      日本植物形態学会第35回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ついに発見!ヒロハノマンテマ性決定遺伝子2023

    • 著者名/発表者名
      風間裕介, 鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov
    • 学会等名
      理研シンポジウム「重イオンビーム育種による持続可能な社会や特産品創出の実現」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの雌蕊抑制に関わる性決定遺伝子GSFYの同定2023

    • 著者名/発表者名
      風間裕介, 鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov
    • 学会等名
      日本育種学会第142回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 起源の新しい植物性染色体に性の消滅回避の兆候を見出す2022

    • 著者名/発表者名
      風間裕介
    • 学会等名
      学術変革領域研究B「性染色体サイクル」キックオフシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ染色体における遺伝子量補正の調査2022

    • 著者名/発表者名
      生駒拓也, サンジャヤ アルビン, 池田美穂, 西嶋遼, 村井耕二, 阿部知子, 風間裕介
    • 学会等名
      第94回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナの新規染色体部分的重複変異体における遺伝子発現変動とクロマチン動態2022

    • 著者名/発表者名
      杉田和陽, サンジャヤ アルビン, 西嶋遼, 田中裕之, 伊藤武彦, 村井耕二, 阿部知子, 風間裕介
    • 学会等名
      第94回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 時計遺伝子WPCL1の欠失による一粒系コムギ早生変異体の早生性を抑制するイオンビーム変異体late-heading 1の解析2022

    • 著者名/発表者名
      上田純平, 風間裕介, 阿部知子, 村井耕二
    • 学会等名
      日本育種学会第141回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの性決定候補遺伝子GSFY の同定2022

    • 著者名/発表者名
      鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第12回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒロハノマンテマ性決定遺伝子のX染色体連鎖パラログGSFXの機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      小林壮生, 鬼頭萌, Dmitry A. Filatov, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第12回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 重イオンビームを用いた園芸植物トレニアの花形変異体の作出2022

    • 著者名/発表者名
      黛隆宏, 松田彩花, 畑下昌範, 高城啓一, 阿部知子, 村井耕二, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第12回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナで遺伝子量補正は起きるのか2022

    • 著者名/発表者名
      生駒拓也, サンジャヤ アルビン, 池田美穂, 西嶋遼, 阿部知子, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第12回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 染色体再編成が植物ゲノムに及ぼす影響2022

    • 著者名/発表者名
      杉田和陽, サンジャヤ アルビン, 西嶋遼, 田中裕之, 伊藤武彦, 阿部知子, 風間裕介
    • 学会等名
      北陸植物学会第12回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] CLV3様ペプチドはヒロハノマンテマの性を決定する2022

    • 著者名/発表者名
      風間裕介, 鬼頭萌, 小林壮生, 石井公太郎, Marc Krasovec, 安井康夫, 阿部知子, 河野重行, Dmitry A. Filatov
    • 学会等名
      植物化学調節学会第57回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 重イオンビーム誘発欠失変異を用いた植物性染色体の研究2022

    • 著者名/発表者名
      風間裕介
    • 学会等名
      若狭湾エネルギー研究センター第24回研究報告会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Effect of Linear Energy Transfer in the heavy-ion mutagenesis and breeding2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kazama and Tomoko Abe
    • 学会等名
      The 32nd annual meeting of MRS-J
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Heavy-Ion Beams with High Linear Energy Transfer frequently produces morphological mutants in the M1 generation of an ornamental plant Torenia fournieri2022

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Mayuzumi, Ayaka Matsuta, Masanori Hatashita, Keiichi Takagi, Tomoko Abe, Koji Murai, and Yusuke Kazama
    • 学会等名
      The 32nd annual meeting of MRS-J
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2024-12-25  

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