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プロモーター配列の設計

研究課題

研究課題/領域番号 22240032
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関京都大学

研究代表者

矢田 哲士  京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)

研究分担者 鈴木 穰 (鈴木 穣)  京都大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
50,050千円 (直接経費: 38,500千円、間接経費: 11,550千円)
2012年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
2011年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
2010年度: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
キーワードプロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 / 生体生命情報学 / ゲノム / 発現制御 / モデル化
研究概要

与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複している場合には、設計が極めて難しくなることが明らかになった。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (15件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation2013

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara,T., Yada,T.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 14(Suppl.2) 号: S2

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-s2-s3

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobable oligomers2012

    • 著者名/発表者名
      Ichinose,N., Yada,T.,Gotoh,O.
    • 雑誌名

      Bioinform

      巻: 28 号: 1 ページ: 25-31

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr606

    • NAID

      120004873969

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
    • 雑誌名

      Nucl. Acids Res.

      巻: 39 号: 11 ページ: e75-e75

    • DOI

      10.1093/nar/gkr173

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters2011

    • 著者名/発表者名
      Yada,T., Yoshida,K., Morita,M., Taniguchi,T., Irie,T., Suzuki,Y.
    • 雑誌名

      Genome Inform

      巻: 25 ページ: 53-60

    • NAID

      130004567843

    • URL

      https://www.jstage.jst.go.jp/article/gi/25/1/25_1_53/_pdf

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA配列から転写因子結合部位を予測・検索するWEBツール2011

    • 著者名/発表者名
      入江拓磨,鈴木穰
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 29 ページ: 625-629

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters2011

    • 著者名/発表者名
      Yada, T., et al.
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: In press

    • NAID

      130004567843

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Irie, T., et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: In press

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A statistical model for predicting transcription activities based on linear regression2012

    • 著者名/発表者名
      Liu,Y., Ichinose,N., Yada,T
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] プロモタ配列の設計2012

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 超並列シクエンサを用いたヒト変異プロモーターのハイスループット解析2012

    • 著者名/発表者名
      入江拓磨,関真秀,菅野純夫,矢田哲士,鈴木穰
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation2012

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara,T., Yada,T
    • 学会等名
      ISCB-Asia/SCCG
    • 発表場所
      Shenzhen, China
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] プロモーター配列の設計2012

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 超並列シークエンサーを用いたヒト変異プロモーターのハイスループット解析2012

    • 著者名/発表者名
      入江拓磨
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] A statistical model for predicting transcription activities based on linear regression2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Liu
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation2012

    • 著者名/発表者名
      T.Fujiwara
    • 学会等名
      ISCB-Asia/SCCG
    • 発表場所
      Dameisha Beach(Shenzhen, China)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Transcriptome analysis of human genes, Multilevel Systems Biology2011

    • 著者名/発表者名
      Suzuki,Y
    • 学会等名
      Genome, Structure, and Networks
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Transcriptome analysis of human genes2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Suzuki
    • 学会等名
      Multilevel Systems Biology : Genomes, Structures, and Networks
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences2010

    • 著者名/発表者名
      Irie, T., et al.
    • 学会等名
      Biochemistry and Molecular Biology BMB2010
    • 発表場所
      Kobe
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters2010

    • 著者名/発表者名
      Yada,T., Yoshida,K., Morita,M., Taniguchi,T., Irie,T., Suzuki,Y.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences2010

    • 著者名/発表者名
      Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
    • 学会等名
      Biochemistry and Molecular Biology BMB2010
    • 発表場所
      Kobe,Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Linear regression models which predict transcriptional activities from promoter sequences2010

    • 著者名/発表者名
      Yada, T., et al.
    • 学会等名
      Annual Conference of JSBi (Japanese Society for Bioinformatics)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~ichinose/hegma/

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書

URL: 

公開日: 2010-11-30   更新日: 2019-07-29  

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