プロモーター配列の設計

• 研究課題/領域番号: 22240032
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
• 研究分担者: 鈴木 穰 (鈴木 穣) 京都大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 50,050千円 (直接経費: 38,500千円、間接経費: 11,550千円); 2012年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円); 2011年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円); 2010年度: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
• キーワード: プロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 / 生体生命情報学 / ゲノム / 発現制御 / モデル化

研究概要

与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複している場合には、設計が極めて難しくなることが明らかになった。

研究成果

• [雑誌論文] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara,T., Yada,T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 14(Suppl.2) 号: S2
  • DOI: 10.1186/1471-2164-14-s2-s3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobable oligomers (2012)
  • 著者名/発表者名: Ichinose,N., Yada,T.,Gotoh,O.
  • 雑誌名: Bioinform 巻: 28 号: 1 ページ: 25-31
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr606
  • NAID: 120004873969
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. 巻: 39 号: 11 ページ: e75-e75
  • DOI: 10.1093/nar/gkr173
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters (2011)
  • 著者名/発表者名: Yada,T., Yoshida,K., Morita,M., Taniguchi,T., Irie,T., Suzuki,Y.
  • 雑誌名: Genome Inform 巻: 25 ページ: 53-60
  • NAID: 130004567843
  • URL: https://www.jstage.jst.go.jp/article/gi/25/1/25_1_53/_pdf
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA配列から転写因子結合部位を予測・検索するWEBツール (2011)
  • 著者名/発表者名: 入江拓磨,鈴木穰
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 29 ページ: 625-629
• [雑誌論文] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters (2011)
  • 著者名/発表者名: Yada, T., et al.
  • 雑誌名: Genome Informatics 巻: In press
  • NAID: 130004567843
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Irie, T., et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: In press
  • 査読あり
• [学会発表] A statistical model for predicting transcription activities based on linear regression (2012)
  • 著者名/発表者名: Liu,Y., Ichinose,N., Yada,T
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] プロモタ配列の設計 (2012)
  • 著者名/発表者名: 矢田哲士
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 超並列シクエンサを用いたヒト変異プロモーターのハイスループット解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 入江拓磨,関真秀,菅野純夫,矢田哲士,鈴木穰
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara,T., Yada,T
  • 学会等名: ISCB-Asia/SCCG
  • 発表場所: Shenzhen, China
• [学会発表] プロモーター配列の設計 (2012)
  • 著者名/発表者名: 矢田哲士
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県)
• [学会発表] 超並列シークエンサーを用いたヒト変異プロモーターのハイスループット解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 入江拓磨
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県)
• [学会発表] A statistical model for predicting transcription activities based on linear regression (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Liu
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京都)
• [学会発表] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Fujiwara
  • 学会等名: ISCB-Asia/SCCG
  • 発表場所: Dameisha Beach(Shenzhen, China)
• [学会発表] Transcriptome analysis of human genes, Multilevel Systems Biology (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki,Y
  • 学会等名: Genome, Structure, and Networks
  • 発表場所: Osaka, Japan
• [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Transcriptome analysis of human genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Suzuki
  • 学会等名: Multilevel Systems Biology : Genomes, Structures, and Networks
  • 発表場所: Osaka, Japan
• [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2010)
  • 著者名/発表者名: Irie, T., et al.
  • 学会等名: Biochemistry and Molecular Biology BMB2010
  • 発表場所: Kobe
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters (2010)
  • 著者名/発表者名: Yada,T., Yoshida,K., Morita,M., Taniguchi,T., Irie,T., Suzuki,Y.
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2010)
  • 著者名/発表者名: Irie,T., Park,S.-J., Yamashita,R., Seki,M., Yada,T., Sugano,S., Nakai,K., Suzuki,Y.
  • 学会等名: Biochemistry and Molecular Biology BMB2010
  • 発表場所: Kobe,Japan
• [学会発表] Linear regression models which predict transcriptional activities from promoter sequences (2010)
  • 著者名/発表者名: Yada, T., et al.
  • 学会等名: Annual Conference of JSBi (Japanese Society for Bioinformatics)
  • 発表場所: Fukuoka
• [備考]
  • URL: http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~ichinose/hegma/