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ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究

研究課題

研究課題/領域番号 22300099
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関東京大学

研究代表者

宮野 悟  東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)

研究分担者 井元 清哉  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10345027)
山口 類  東京大学, 医科学研究所, 講師 (90380675)
長崎 正朗  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90396862)
連携研究者 渡 賢治  慶應義塾大学, 医学部, 准教授 (70191757)
後藤 典子  東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (10251448)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2012年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2011年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2010年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード遺伝子ネットワーク / 薬剤応答パスウェイ / 動的モデル / シミュレーション / パ スウェイ解析 / ベイジアンネットワーク / ペトリネット / 状態空間モデル / がん / パスウェイ解析 / ベトリネット / 薬剤応答パスウェィ / Bayesiamネットワーク
研究概要

薬剤に応答して動く遺伝子発現の時系列データやケース・コントロールデータから,ネットワークモデルを抽象的レベルで推定する計算的・統計的方法を開発した.また,生体分子間の相互作用に関する文献情報から効率よく動的モデルを構築し,その妥当性を体系的に検証するための知識処理技術を開発した.前者にはベイジアンネットワークと状態空間モデルを用い,後者には拡張ペトリネットをネットワークモデルとして用いた.

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2013 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (20件) (うち査読あり 19件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Vasohibin-1 is identified as a master-regulator of endothelial cell apoptosis using gene network analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Affara M, Sanders D, Araki H, Tamada Y, Dunmore B, Humphreys S, Imoto S, Savoie C, Miyano S, Kuhara S, Print C, Charnock-Jones DS
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 14(1) 号: 1 ページ: 23-23

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-23

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] XiP: a computational environment to create, extend and share workflows2013

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki M, Fujita A, Sekiya Y, Saito A, Ikeda E, Li C, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29(1) 号: 1 ページ: 137-139

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts630

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell cycle gene networks are associated with melanoma prognosis2012

    • 著者名/発表者名
      Wang L, Hurley D, Watkins W, Araki H, Tamada Y, Muthukaruppan A, Ranjard L, Derkac E, Imoto S, Miyano S, Crampin E, Print C
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 7(4) 号: 4 ページ: e34247-e34247

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0034247

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epidermal growth factor receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage I lung adenocarcinoma2012

    • 著者名/発表者名
      後藤 典子
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7 号: 9 ページ: e43923-e43923

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0043923

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation2011

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Yamaguchi R, Nagasaki M, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Bioinformatics

      巻: 6674 ページ: 160-171

    • DOI

      10.1007/978-3-642-21260-4_18

    • ISBN
      9783642212598, 9783642212604
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Searching optimal Bayesian network structure on constraint search space:super-structure approach02011

    • 著者名/発表者名
      Imoto S, Kojima K, Perrier E, Tamada Y, Miyano S
    • 雑誌名

      LectureNotes in Computer Science

      巻: 6797 ページ: 210-218

    • DOI

      10.1007/978-3-642-25655-4_19

    • ISBN
      9783642256547, 9783642256554
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ontology-based instance data validation for high-quality curated biological pathways2011

    • 著者名/発表者名
      Jeong E, Nagasaki M, Ueno K, Miyano S
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 12(Suppl 1) 号: S1

    • DOI

      10.1186/1471-2105-12-s1-s8

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CSO validator: improving manual curation workflow for biological pathways2011

    • 著者名/発表者名
      Jeong E, Nagasaki M, Ikeda E, Saito A, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27(17) 号: 17 ページ: 2471-2472

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr395

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Systems biology model repository for macrophage pathway simulation2011

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki M, Saito A, Fujita A, Tremmel G, Ueno K, Ikeda E, Jeong E, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics.

      巻: 27 (11) 号: 11 ページ: 1591-1593

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr173

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CSO validator : improving manual curation workflow for biological pathways2011

    • 著者名/発表者名
      Jeong E, Nagasaki M, Ikeda E, Saito A, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27(17) ページ: 2471-2472

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 2D-Qsar for 450 types of amino acid induction peptides with a novel substructure pair descriptor having wider scope2011

    • 著者名/発表者名
      Osoda T, Miyano S
    • 雑誌名

      J Cheminformatics

      巻: 3(1) 号: 1 ページ: 50-50

    • DOI

      10.1186/1758-2946-3-50

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Noise-tolerant active learning algorithm2011

    • 著者名/発表者名
      Osoda T, Miyano S
    • 雑誌名

      Proc.The 2011 International Conference on Data Mining

      巻: 11 ページ: 10-14

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27(8) 号: 8 ページ: 1172-1173

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr078

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network-based predictions and simulations by biological state space models: Search for drug mode of action. J2010

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Computer Science and Technology

      巻: 25(1) 号: 1 ページ: 131-153

    • DOI

      10.1007/s11390-010-9311-7

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks. Proc.2010

    • 著者名/発表者名
      Higashigaki T, Kojima K, Yamaguchi R, Inoue M, Imoto S, Miyano S.
    • 雑誌名

      10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering

      ページ: 168-173

    • URL

      http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/BIBE.2010.35

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram2010

    • 著者名/発表者名
      Li C, Nagasaki M, Saito A, Miyano S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 4 号: 1 ページ: 39-39

    • DOI

      10.1186/1752-0509-4-39

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network-based predictions and simulations by biological state space mo dels : Search for drug mode of action2010

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Imoto, S., Miyan o, S.
    • 雑誌名

      J.Computer Science and Technology

      巻: 25(1) ページ: 131-153

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene regulatory network clustering for graph layout based on microarray gene expression data2010

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Imoto, S., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: 24 ページ: 84-95

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks2010

    • 著者名/発表者名
      Higashigaki, T., Kojima, K., Yamaguchi, R., Inoue, M., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc.10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering

      ページ: 168-173

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram2010

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Nagasaki, M., Saito, A., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 439 ページ: 1-1

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] スパコンで焙り出すがんのシステムとしての薬剤応答性と多様性2012

    • 著者名/発表者名
      宮野 悟
    • 学会等名
      第71回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      札幌市教育文化会館4階K-7
    • 年月日
      2012-09-19
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] スパコンで焙り出すがんのシステムとしての薬剤応答性と多様性2012

    • 著者名/発表者名
      宮野 悟
    • 学会等名
      第71回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      札幌市教育文化会館 4階 K-7
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NetworkProfiler: UncoveringCancer Heterogeneity in TranscriptomeData2011

    • 著者名/発表者名
      Imoto S
    • 学会等名
      The 4th International Conference of the ERCIM WG on COMPUTING & STATISTICS
    • 発表場所
      London, UK
    • 年月日
      2011-12-19
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] NetworkProfiler : Uncovering Cancer Heterogeneity in Transcriptome Data2011

    • 著者名/発表者名
      Imoto S
    • 学会等名
      The 4th International Conference of the ERCIMWG on COMPUTING & STATISTICS
    • 発表場所
      London, UK(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 2011 TaipeiInternational Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica,Taipei,Taiwan
    • 年月日
      2011-12-17
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica, Taipei, Taiwan(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Systems Biology in Supercomputing Environment2011

    • 著者名/発表者名
      Miyano S
    • 学会等名
      International Workshop on Biological Processes & Petri Nets (BioPPN 2011)
    • 発表場所
      Thistle County Hotel, Newcastle upon Tyne, UK
    • 年月日
      2011-06-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Systems Biology in Supercomputing Environment2011

    • 著者名/発表者名
      Miyano S
    • 学会等名
      International Workshop on Biolo ical Processes & Petri Nets (BioPPN 2011)
    • 発表場所
      Thistle County Hotel, New castle upon Tyne, UK(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-20
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] スパコンで焙り出す薬剤応答遺伝子ネットワーク2010

    • 著者名/発表者名
      宮野悟
    • 学会等名
      COMPUTER AIDED CHEMISTRY FORUM 2010
    • 発表場所
      愛知県蒲郡市ホテル竹島
    • 年月日
      2010-10-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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