迅速な遺伝子破壊法を用いたマウス・ノンコーディングＲＮＡの機能解析

• 研究課題/領域番号: 22310118
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 奈良県立医科大学 (2012-2013); 大阪大学 (2010-2011)
• 研究代表者: 堀江 恭二 奈良県立医科大学, 医学部, 教授 (30333446)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 19,630千円 (直接経費: 15,100千円、間接経費: 4,530千円); 2013年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円); 2012年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円); 2010年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: ES細胞 / ゲノム / 遺伝子 / non-coding RNA / 変異体 / non-oding RNA

研究成果の概要

近年、ヒトやマウスのゲノムの大部分が転写されており、かつ、その大半が、タンパクをコードしないRNA（noncoding RNA）であることが明らかとなった。しかし、noncoding RNAの機能を塩基配列から推測するのは困難である。本研究では、我々が開発した迅速な遺伝子破壊法を用いて、noncoding RNAを破壊したマウスES細胞を多数作製し、noncoding RNAの機能を系統的に解析した。

研究成果

• [雑誌論文] Simulation and estimation of gene number in a biological pathway using almost complete saturation mutagenesis screening of haploid mouse cells (2014)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga M, Kokubu C, Maeda Y, Sese J, Horie K, Sugimoto N, Kinoshita T, Yusa K, Takeda J.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 15 号: 1 ページ: 1016-1016
  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-1016
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Removal of reprogramming transgenes improves the tissue reconstitution potential of keratinocytes generated from human induced pluripotent stem cells (2014)
  • 著者名/発表者名: Ken Igawaa, Chikara Kokubu, Kosuke Yusa, Kyoji Horie, Yasuhide Yoshimura, Kaori Yamauchi, Hirofumi Suemori, Hiroo Yokozeki, Masashi Toyoda, Nobutaka Kiyokawa, Hajime Okita, Yoshitaka Miyagawa, Hidenori Akutsu, Akihiro Umezawa, Ichiro Katayama, Junji Takeda.
  • 雑誌名: Stem Cells Transl Med 巻: 3 号: 9 ページ: 992-1001
  • DOI: 10.5966/sctm.2013-0179
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An in vitro ES cell-based clock recapitulation assay model identifies CK2a as an endogenous clock regulator (2013)
  • 著者名/発表者名: Umemura Y, Yoshida J, Wada M, Tsuchiya Y, Minami Y, Watanabe H, Kondoh G, Takeda J, Inokawa H, Horie K, Yagita K.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 号: 6 ページ: e67241-e67241
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0067241
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A homozygous mutant embryonic stem cell bank applicable for phenotype-driven genetic screening (2011)
  • 著者名/発表者名: Horie K.
  • 雑誌名: Nature Methods 巻: 8 号: 12 ページ: 1071-1077
  • DOI: 10.1038/nmeth.1739
  • 査読あり
• [学会発表] ホモ変異体マウスES細胞バンクを用いた包括的遺伝子機能解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 堀江恭二、吉田純子
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
  • 招待講演
• [学会発表] Rapid identification of homozygous mutant mouse embryonic stem cell clones showing differentiation resistant or differentiation prone phenotype (2014)
  • 著者名/発表者名: Junko Yoshida, Kyoji Horie
  • 学会等名: Global Controls in Stem Cells
  • 発表場所: Biopolis, Syngapore
  • 年月日: 2014-11-05 – 2014-11-07
• [学会発表] Live cell imaging for the analysis of cellular heterogeneity in mouse embryonic stem cell mutant clones identified by forward genetic screening (2014)
  • 著者名/発表者名: Junko Yoshida, Kyoji Horie
  • 学会等名: 12th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research
  • 発表場所: Vancouver, Canada
  • 年月日: 2014-06-18 – 2014-06-21
• [学会発表] Genome-wide comparative analyses of retroviral and DNA-type transposon vector integration sites in mouse embryonic stem cells : Implication for reprogramming study (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshida J, Horie K.
  • 学会等名: 11th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research
  • 発表場所: Boston, USA
• [学会発表] レトロウィルスおよびトランスポゾンベクターのゲノムワイドな挿入部位解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田純子、竹田潤二、堀江恭二
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Screening for critical epigenetic factors involved with the regulation of pluripotency and differentiation using a homozygous mutant mouse embryonic stem cell bank (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida J, Takeda J, Horie K
  • 学会等名: 10th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research
  • 発表場所: Yokohama
• [学会発表] ホモ変異体ES細胞バンクを用いたマウスES細胞の多能性制御因子の遺伝学的スクリーニングとエピゲノム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田純子、竹田潤二、堀江恭二
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Using conditional knockout of the bloom's syndrome gene in a recessive genetic screening for novel factors involved in differentiation of mouse embryonic stem cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshida J
  • 学会等名: 9^<th> Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research
  • 発表場所: Toronto, Canada
  • 年月日: 2011-06-16
• [学会発表] ホモ変異体マウスES細胞バンクを用いた迅速な表現型スクリーニング
  • 著者名/発表者名: 堀江恭二
  • 学会等名: 理研シンポジウム
  • 発表場所: つくば
  • 招待講演
• [備考]
  • URL: http://www.med.osaka-u.ac.jp/pub/mr-envi/www/japanese/research/index.html