研究課題
基盤研究(B)
新型シークエンサーが解読した DNA 配列断片に対応するゲノム配列を高速に検索し、イントロンの存在を考慮したアラインメントを行うプログラム 「Spaln」 の開発を行った。Spaln は他の同類のプログラムより有意に正確でかつ計算速度的にも優れていた。中-長(>100bp)の cDNA 配列を問い合わせとした RAN-Seq 法として用いた場合、現在最も広く普及している方法では対応できない長さや高い誤読率の断片でも、Spaln は高い感度と精度でマップできることを確かめた。
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