標的化プロテオミクスによるタンパク質巨大複合体の翻訳後修飾の網羅的解析

• 研究課題/領域番号: 22370042
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 徳島大学
• 研究代表者: 谷口 寿章 徳島大学, 疾患酵素学研究センター, 教授 (10257636)
• 研究分担者: 真板 宣夫 徳島大学, 疾患酵素学研究センター, 准教授 (00404046) ; 池田 和子 徳島大学, 疾患酵素学研究センター, 助教 (10108863) ; 小迫 英尊 徳島大学, 疾患酵素学研究センター, 准教授 (10291171)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円); 2012年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2011年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円); 2010年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
• キーワード: プロテオミクス / 巨大分子複合体 / 翻訳後修飾 / オルガネラ / 質量分析

研究概要

巨大タンパク質複合体、小型オルガネラに標的を絞り、その構成タンパク質の翻訳後修飾を、高分解能フーリエ変換型質量分析装置を中心とした装置と複数の解析法を組み合わせることにより詳細に解析することでを目的とする。これまでのボトムアップアプローチに加え、全長タンパク質を装置内で開裂させることで修飾を解析するトップダウンプロテオミクスによる解析法を組み合わせ、これまでの研究手法に比して、より詳細な修飾を見逃すことなく同定する。

研究成果

• [雑誌論文] Arc restores juvenile plasticity in adult mouse visual cortex. (2017)
  • 著者名/発表者名: Y. Suda, K. Kurokawa, R. Hirata, and A. Nakano
  • 雑誌名: PNAS 巻: 110 号: 13 ページ: 12271-12276
  • DOI: 10.1073/pnas
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Human α-L-iduronidase uses its own N-glycan as a substrate-binding and catalytic module. (2013)
  • 著者名/発表者名: Maita N, Tsukimura T, Taniguchi T, Saito S, Ohno K, Taniguchi H, Sakuraba H
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 巻: 110 ページ: 14628-14633
  • DOI: 10.1073/pnas.1306939110
  • 査読あり
• [雑誌論文] GRK6 deficiency in mice causes autoimmune disease due to impaired apoptotic cell clearance (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakaya M, Kosako H, Taniguchi H, Sato Kurose H
  • 雑誌名: Nat Commun. ページ: 153-153
  • 査読あり
• [雑誌論文] Using Whole-Exome Sequencing to Identify Inherited Causes of Autism (2013)
  • 著者名/発表者名: Yu TW, Okamura-Ikeda K, Taniguchi H, Walsh CA
  • 雑誌名: Neuron 巻: 77 ページ: 259-273
  • DOI: 10.1016/j.neuron.2012.11.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] The ADP-ribosylation factor 1 plays an essential role in the replication of a plant RNA virus (2013)
  • 著者名/発表者名: K Hyodo, et al.,
  • 雑誌名: J Virol 巻: 87 ページ: 163-176
  • DOI: 10.1128/jvi.02383-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Observation of the controlled assembly of preclick components in the in situ click chemistry generation of a chitinase inhibitor. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hirose T
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 110 ページ: 15892-15897
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human α-L-iduronidase uses its own N-glycan as a substrate-binding and catalytic module. (2013)
  • 著者名/発表者名: Maita N
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 110 ページ: 14628-14633
  • 査読あり
• [雑誌論文] GRK6 deficiency in mice causes autoimmune disease due to impaired apoptotic cell clearance. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakaya M
  • 雑誌名: Nat Commun. 巻: 4 ページ: 1532-1532
  • DOI: 10.1038/ncomms2410
  • 査読あり
• [雑誌論文] Using Whole-Exome Sequencing to identify inherited causes of autism (2013)
  • 著者名/発表者名: Yu TW
  • 雑誌名: Neuron 巻: 77 ページ: 259-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] The ADP-ribosylation factor 1 plays an essential role in the replication of a plant RNA virus. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hyodo K
  • 雑誌名: J Virol. 巻: 87 ページ: 163-176
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization, X-ray diffraction analysis and SIRAS phasing of human alpha-L-iduronidase (2012)
  • 著者名/発表者名: Maita N, Taniguchi H, and Sakuraba H
  • 雑誌名: Acta Cryst F. 巻: Section F 68(Pt 11) ページ: 1363-1366
  • DOI: 10.1107/s1744309112040432
  • 査読あり
• [雑誌論文] D-Dopachrome tautomerase promotes IL-6 expression and inhibits adipogenesis in preadipocytes (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishimoto K, Iwata T, Taniguchi H, Mizusawa N, Tanaka E, Yoshimoto K
  • 雑誌名: Cytokine 巻: 60 ページ: 772-777
  • DOI: 10.1016/j.cyto.2012.07.037
  • NAID: 120005755084
  • 査読あり
• [雑誌論文] PINK autophosphorylation upon membrane potential dissipation is essential for Parkin recruitment (2012)
  • 著者名/発表者名: 尾勝圭
  • 雑誌名: Nature Communication 巻: 3 ページ: 1-10
  • DOI: 10.1038/ncomms2016
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential roles of Hsp70 and Hsp90 in the assembly of the replicase complex of a positive-strand RNA plant virus (2012)
  • 著者名/発表者名: A Mine, K Hyodo, et al.,
  • 雑誌名: J. Virol 巻: 86 ページ: 12091-12104
  • DOI: 10.1128/jvi.01659-12
  • NAID: 120004996267
  • 査読あり
• [雑誌論文] Poly(A)-binding protein facilitates translation of an uncapped/nonpolyadenylated viral RNA by binding to the 3' untranslated region (2012)
  • 著者名/発表者名: Iwakawa HO, Tajima Y, Taniguchi T, Kaido M, Mise K, Tomari Y, Taniguchi H, Okuno T.
  • 雑誌名: J. Virol 巻: 86(15) ページ: 7836-7849
  • DOI: 10.1128/jvi.00538-12
  • NAID: 120004873608
  • 査読あり
• [雑誌論文] Derlin-1 and UBXD8 are engaged in dislocation and degradation of lipidated ApoB-100at lipid droplets (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki M, Otsuka T, Ohsaki Y, Cheng J, Taniguchi T, Hashimoto H, Taniguchi H, Fujimoto T
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell 巻: (印刷中)(in press) ページ: 800-810
  • DOI: 10.1091/mbc.e11-11-0950
  • 査読あり
• [雑誌論文] The action of D-dopachrome tautomerase as an adipokine inadipocyte lipid metabolism (2012)
  • 著者名/発表者名: Iwata T, Taniguchi H, Kuwajima M, Taniguchi T, Okuda Y, Sukeno A, Ishimoto K, Mizusawa N, and Yoshimoto K
  • 雑誌名: PLoS one 巻: 7(3)
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0033402
  • 査読あり
• [雑誌論文] Poly(A)-vinding protein facilitates translation of an uncapped/nonpoladenylated viral RNA by binding to the 3' untranslated region. (2012)
  • 著者名/発表者名: Iwakawa HO
  • 雑誌名: J. Virol. 巻: 86 ページ: 7836-7849
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential roles of Hsp70 and Hsp90 in the assembly of the replicase complex of a positive-strand RNA plant virus. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mine A
  • 雑誌名: J Virol. 巻: 86 ページ: 12091-12104
  • 査読あり
• [雑誌論文] Derlin-1 and UBXD8 are engaged in dislocation and degradation of lipidated ApoB-100 at lipid droplets. (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki M
  • 雑誌名: Mol. Biol. Cell 巻: 23 ページ: 800-810
  • 査読あり
• [雑誌論文] CrystallizationkX-ray diffraction analysis and SIRAS phasing of Human α-L-iduronidase. (2012)
  • 著者名/発表者名: Maita N
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section F 68 巻: Pt 11 ページ: 1363-1366
  • 査読あり
• [雑誌論文] D-Dopachrome tautomerase promotes IL-6 expression and inhibits adipogenesis in preadipocytes. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishimoto K
  • 雑誌名: Cytokine 巻: 60 ページ: 772-777
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and localization of the sperm GRISP family protein CiUrabin involved in gamete interaction in the ascidian Ciona intestinalis (2011)
  • 著者名/発表者名: Akira Yamaguchi, Takako Saito, Lixy Yamada, Hisaaki Taniguchi, Yoshito Harada, Hitoshi Sawada
  • 雑誌名: Mol Reprod. Dev. 巻: 78 ページ: 488-497
  • DOI: 10.1002/mrd.21329
  • 査読あり
• [雑誌論文] CIPRO 2.5 : Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality (2011)
  • 著者名/発表者名: Endo, T., Ueno, K., Yonezawa, K., Mineta, K., Hotta, K., Satou, Y., Yamada, L., Ogasawara, M., Takahashi, H., Nakajima ,A., Nakachi, M., Nomura, M., Yaguchi, J., Sasakura, Y., Yamasaki, C., Sera, M., Yoshizawa, AC., Imanishi, T., Taniguchi ,H., and Inaba ,K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 39 (Suppl.1) ページ: 807-814
  • DOI: 10.1093/nar/gkq1144
  • NAID: 120002834765
  • 査読あり
• [雑誌論文] Histone chaperone Spt6 is required for class switch recombination but not somatic hypermutation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Okazaki IM, et al
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 108 ページ: 7920-7925
  • DOI: 10.1073/pnas.1104423108
  • NAID: 120003163668
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanical stress activates Smad pathway through PKCδ to enhance interleukin-11 gene transcription in osteoblasts (2010)
  • 著者名/発表者名: Kido S, Kuriwaka-Kido R, Matsumoto T, et al.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 5(9)
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0013090
  • 査読あり
• [雑誌論文] Induction of Endosomal/lysosomal Pathways in Differentiating Osteoblasts as Revealed by Combined Proteomic and Transcriptomic Analyses (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi T, Kido S, Taniguchi H, et al.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 巻: 584(18) ページ: 3969-3974
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2010.07.055
  • 査読あり
• [雑誌論文] New functional proteins identified by proteomic analysis in the epidermal growth factor receptor-mediated signaling pathway and application for practical use (2010)
  • 著者名/発表者名: Tashiro K, Konishi H, Nabeshi H, Yamauchi E, and Taniguchi H
  • 雑誌名: Yakugaku Zasshi (Review. Japanese) 巻: Apr;130(4) ページ: 471-477
  • NAID: 130000259533
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dead time loss correction of mass errors occurring in high-throughput proteomics based on electrospray ionization time-of-flight tandem mass spectrometry (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishino Y, and Taniguchi H
  • 雑誌名: Rapid Commun Mass Spectrom 巻: 24 ページ: 1490-1495
  • DOI: 10.1002/rcm.4532
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of the 480 kDa template-specific RNA-dependent RNA polymerase complex of Red clover necrotic mosaic virus (2010)
  • 著者名/発表者名: Mine, A., Takeda, A., Taniguchi, T., Taniguchi, H., Kaido, M., Mise, K., and Okuno, T
  • 雑誌名: J. Virol 巻: 84 ページ: 6070-6081
  • DOI: 10.1128/jvi.00054-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system : Implications for recognition of lipoyl protein substrate, disease-related mutations, and reaction mechanism (2010)
  • 著者名/発表者名: Okamura-Ikeda, K. Hosaka, H. Maita, N. Fujiwara, K. Yoshizawa, A.C. Nakagawa, A. and Taniguchi, H
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 85 ページ: 18684-18692
  • DOI: 10.1074/jbc.m110.110718
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global conformational change associated with the two step reaction catalyzed by Escherichia coli lipoate-protein ligase A (2010)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara, K. Maita, N. Hosaka, H. Okamura-Ikeda, K. Nakagawa, A. and Taniguchi, H
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 285 ページ: 9971-9980
  • DOI: 10.1074/jbc.m109.078717
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system (2010)
  • 著者名/発表者名: Okamura-Ikeda, K., et al.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 285 ページ: 18684-18692
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and Characterization of the 480 kDa Template-Specific RNA-Dependent RNA Polymerase Complex of Red Clover Necrotic Mosaic Virus (2010)
  • 著者名/発表者名: Mine, A., et al.
  • 雑誌名: Journal of Virology 巻: 84 ページ: 6070-6081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Induction of Endosomal/lysosomal Pathways in Differentiating Osteoblasts as Revealed by Combined Proteomic and Transcriptomic Analyses (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi T, et al.
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 584 ページ: 3969-3974
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dead time loss correction of mass errors occurring in high-throughput proteoinics based on electrospray ionization time-of-flight tandem mass spectrometry (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi T, et al.
  • 雑誌名: Rapid Commun Mass Spectrom 巻: 24 ページ: 1490-1495
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanical stress activates Smad pathway through PKCδ to enhance in terleukin-11 gene transcription in osteoblasts (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi T, et al.
  • 雑誌名: PLoS Oae 巻: Sep 29;5(9) ページ: 1309-1309
  • 査読あり
• [学会発表] ヒトα-L-イズロニダーゼの結晶構造解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 真板 宣夫
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(福岡県)
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] 腰部脊柱管狭窄症における肥厚黄色靱帯のプロテオーム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 合田 有一郎
  • 学会等名: 第37回日本医用マススペクトル学会年会
  • 発表場所: ウインクあいち(愛知県)
  • 年月日: 2012-10-26
• [学会発表] Wnt シグナル抑制因子sFRP4 の肥満・糖代謝との関連性についての検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 藤中 雄一
  • 学会等名: 第32回日本肥満学会
  • 発表場所: 淡路国際会議場(兵庫県)
  • 年月日: 2011-09-23
• [学会発表] カタユウレイボヤ 8 細胞期胚におけるタンパク質局在のプロテオーム解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 野田 武志
  • 学会等名: 第82回日本動物学会
  • 発表場所: 東北大学(北海道)
  • 年月日: 2011-09-22
• [学会発表] D-dopachrome tautomerase は脂肪細胞での脂質代謝を制御する (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩田 武男
  • 学会等名: 第54回日本糖尿病学会年次学術集会
  • 発表場所: 札幌教育文化会館(北海道)
  • 年月日: 2011-05-19
• [学会発表] Heat shock protein 70 (Hsp70)はRed clover necrotic mosaic virus (RCNMV) のRNA 複製酵素複合体の形成を制御している (2011)
  • 著者名/発表者名: 峯 彰
  • 学会等名: 日本植物病理学会大会
  • 発表場所: ルミエール府中(東京都)
  • 年月日: 2011-03-27
• [学会発表] Heat shock protein 70 (Hsp70)はRed clover necrotic mosaic virus (RCNMV)のRNA複製酵素複合体の形成を制御している (2011)
  • 著者名/発表者名: 峯彰
  • 学会等名: 日本植物病理学会大会
  • 発表場所: 東京(ルミエール府中)
  • 年月日: 2011-03-27
• [学会発表] Establishment of a Method for Proteomic Analysis of Human Achilles Tendon (2011)
  • 著者名/発表者名: Sato Nori
  • 学会等名: Annual meeting of the Orthopaedic Research Society
  • 発表場所: Long Beach Convention Center, 米国ロングビーチ
  • 年月日: 2011-01-13
• [学会発表] 仮想ゲルを用いたLC/MS データの表示とタンパク質修飾の探索プログラム (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉沢 明康
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸国際会議場(兵庫県)
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 仮想ゲルを用いたLC/MSデータの表示とタンパク質修飾の探索プログラム (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉沢明康
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸(神戸国際展示場)
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] CIPRO 2.5 : Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshinori Endo
  • 学会等名: Biocuration 2010
  • 発表場所: Tokyo(東京国際交流館)
  • 年月日: 2010-10-12
• [学会発表] カタユウレイボヤにおける精子膜タンパク質のプロテオーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 横田直人
  • 学会等名: 第81回日本動物学会
  • 発表場所: 東京(東京大学)
  • 年月日: 2010-09-25
• [学会発表] カタユウレイボヤにおける精子膜タンパク質のプロテオーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 横田 直人
  • 学会等名: 第81回日本動物学会
  • 発表場所: 東京大学(東京都)
  • 年月日: 2010-09-23
• [学会発表] Poly(A)結合タンパク質(PABP)はRed clovernecrotic mosaic virus (RCNMV) RNA1の3'非翻訳領域(UTR)に結合しcap/poly(A)非依存的翻訳を促進する (2010)
  • 著者名/発表者名: 岩川弘宙
  • 学会等名: 日本植物病理学会大会
  • 発表場所: 京都(国立京都国際会館)
  • 年月日: 2010-04-18
• [学会発表] Red clover necrotic mosaic virusのRNA合成を担う480 kDa複合体の同定と性状解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 峯彰
  • 学会等名: 日本植物病理学会大会
  • 発表場所: 京都(国立京都国際会館)
  • 年月日: 2010-04-18
• [学会発表] CIONA INTESTINALIS PROTEIN DATABASE CIPRO SHOWS A VARIETY OF PROTEOMES FOR A SINGLE SPECIES (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshinori Endo
  • 学会等名: Computational Biology Research Center Workshop 2010
  • 発表場所: Tokyo (Computational Biology Research Center)
• [学会発表] CIPRO 2.5 : Ciona intestinalis Protein Database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshinori Endo
  • 学会等名: Beyond the Genome
  • 発表場所: Boston
• [備考]
  • URL: http://www.tokushima-u.ac.jp/ier/divisions/proteomics.html
• [備考]
  • URL: http://www.tokushima-u.ac.jp/ier/
• [備考]
  • URL: http://www.ier.tokushima-u.ac.jp/