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ゲノミックセレクションを活用した革新的作物育種システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 22380010
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 育種学
研究機関東京大学

研究代表者

岩田 洋佳  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (00355489)

研究分担者 江花 薫子  独立行政法人農業生物資源研究所, 遺伝資源センター多様性活用研究ユニット, 主任研究員 (00370643)
林 武司  独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 中央農業総合研究センター, 上席研究員 (70370674)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
16,250千円 (直接経費: 12,500千円、間接経費: 3,750千円)
2012年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2011年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2010年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
キーワード植物育種 / 遺伝 / ゲノム育種 / ゲノミックセレクション / 量的遺伝子座(QTL) / 一塩基多型(SNP) / 育種シミュレーション / 作物育種 / 選抜方式 / 量的遺伝子座(QTL) / イネ / 一塩基多型(SNP) / 機械学習 / 量的形質遺伝子座(QTL) / 選抜方法
研究概要

ゲノムワイドマーカーをもとに個体や系統の遺伝的能力を予測して選抜するゲノミックセレクション(GS)について、(1)モデリング手法の開発、(2)イネ品種・系統における実データの収集・解析、(3)育種シミュレーションを行い、それを活用した作物育種効率化の可能性を検討した。(1)では、複数形質の同時予測、交配後代の分離の予測、遺伝子型×環境交互作用パターンの予測のための手法開発を行った。(2)では、イネ遺伝資源についてゲノムワイドSNPデータを収集するとともに、それを利用して様々なタイプの形質の予測精度を明らかにした。(3)では、他殖性植物と自殖性植物を想定したシミュレーションをそれぞれ行った。研究の結果、ゲノム情報に基づく予測のための種々の手法が開発された。また、作物育種に適したGSの利用形態を明らかにできた。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (53件)

すべて 2013 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (42件) (うち招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Potential of genomic selection for mass selection breeding in annual allogamous crops2013

    • 著者名/発表者名
      Yabe S, Ohsawa R, Iwata H
    • 雑誌名

      Crop Science

      巻: 53 ページ: 95-105

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Bayesian methodand its variational approximation for prediction of genomic breeding values in multiple traits2013

    • 著者名/発表者名
      Hayashi T, Iwata H
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 14 ページ: 34-34

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Potential assessment of genome- wide association study and genomic selection in Japanese pear Pyrus pyrifolia2013

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Hayashi T, Terakami S, TakadaN, Sawamura Y, Yamamoto T
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 63 ページ: 125-140

    • NAID

      10031151532

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A Bayesian method and its variational approximation for prediction of genomic breeding values in multiple traits2013

    • 著者名/発表者名
      Hayashi T, Iwata H
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 14 号: 1 ページ: 34-34

    • DOI

      10.1186/1471-2105-14-34

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Potential assessment of genome-wide association study and genomic selection in Japanese pear <i>Pyrus pyrifolia</i>2013

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Hayashi T, Terakami S, Takada N, Sawamura Y, Yamamoto T
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 63 号: 1 ページ: 125-140

    • DOI

      10.1270/jsbbs.63.125

    • NAID

      10031151532

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 「ゲノム育種」再び. 次世代シークエンサーは新しい育種の扉を開くのか?2012

    • 著者名/発表者名
      岩田 洋佳
    • 雑誌名

      作物研究

      巻: 57 ページ: 77-82

    • NAID

      110009553896

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Accuracy of genomic selection prediction in barley breeding programs: a simulation study based on the real SNP data of barley breeding lines2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Jannink JL
    • 雑誌名

      Crop Science

      巻: 51 ページ: 1915-1927

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prospects for genomic selection in conifer breeding : a simulation study of Cryptomeria japonica2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Hayashi T, Tsumura Y
    • 雑誌名

      Tree Genetics & Genomes

      巻: 7 号: 4 ページ: 747-758

    • DOI

      10.1007/s11295-011-0371-9

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accuracy of genomic selection prediction in barley breeding programs : a simulation study based on the real SNP data of barley breeding lines2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Jannink JL
    • 雑誌名

      Crop Science

      巻: 51 号: 5 ページ: 1915-1927

    • DOI

      10.2135/cropsci2010.12.0732

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNAマーカーの育種への利用について-DNAマーカー育種の基礎と応用、そして将来展望-2011

    • 著者名/発表者名
      福田篤徳、田中淳一、平林秀介、福岡修一、トラ田淳史、岩田洋佳
    • 雑誌名

      Techno Innovation

      巻: 77 ページ: 36-45

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Marker genotype imputation in a low-marker-density panel with a high-marker-density reference panel : Accuracy evaluation in barley breeding lines2010

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Jannink JL
    • 雑誌名

      Crop Science

      巻: 50 ページ: 1269-1278

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Genomic prediction of trait segregation in progeny populations: examples in Japanese pear and rice2013

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Hayashi T, Yoshioka T, Yamasaki M, Ebana K, Terakami S, Takada N, Saito T, Yamamoto T
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XXI
    • 発表場所
      アメリカ合衆国、サンディエゴ
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノミクスとフェノミクスで育種を加速する2013

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      第15回農業情報研究会
    • 発表場所
      秋葉原コンベンションホール(東京)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 地域環境に最適化したゲノム育種を実現するために2013

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      北農研生物工学部会
    • 発表場所
      北海道農研センター(北海道)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム情報から形態を予測する2013

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、江花薫子、宇賀優作、林武司
    • 学会等名
      日本生態学会第60回大会
    • 発表場所
      静岡県コンペンションアーツセンター(静岡)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノミックセレクションモデルに基づくイネF2集団における出穂期分離の予測2013

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、吉岡拓磨、小野木章雄、江花薫子、林武司、山崎将紀
    • 学会等名
      日本育種学会 第123回講演会
    • 発表場所
      東京農業大学(東京)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムワイドモデルおよびQTLモデルを用いたイネ戻し交雑近交系の開花フェノロジー予測2013

    • 著者名/発表者名
      渡部真哉、望月俊宏、林武司、中川博視、長谷川利拡、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会 第123回講演会
    • 発表場所
      東京農業大学(東京)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 日本イネ品種におけるコメ品質のゲノムワイドアソシエーション解析と予測2012

    • 著者名/発表者名
      杉村元、七夕高也、末廣美紀、畑中啓佑、坂本拓也、山崎将紀、江花薫子、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会第121回公演会
    • 発表場所
      宇都宮大学(栃木県)
    • 年月日
      2012-03-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 発育予測モデルおよびゲノムワイドデータに基づく日本水稲品種群の出穂日予測2012

    • 著者名/発表者名
      渡部真哉, 吉岡拓磨, 出田収, 江花薫子, 中川博視, 山崎将紀, 岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会第121回公演会
    • 発表場所
      宇都宮大学(栃木県)
    • 年月日
      2012-03-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 他殖性植物におけるゲノミックセレクション:受粉後選抜が必要な形質の場合2012

    • 著者名/発表者名
      矢部志央理、大澤良、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会第121回公演会
    • 発表場所
      宇都宮大学(栃木県)
    • 年月日
      2012-03-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノミックセレクションで植物育種を加速する2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      第1回九州研戦略セミナー
    • 発表場所
      九州沖縄農業センター(熊本県)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Omics研究のボトルネックPhenomics:見えるもの、見えないものをどう計るか?2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      Phenomicsが拓く遺伝・育種研究
    • 発表場所
      かずさDNA研究所(千葉県)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Rを用いた量的形質のゲノムワイドアソシエーション解析2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
    • 発表場所
      理研・横浜(神奈川県)(招待講演)
    • 年月日
      2012-02-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Potential of genomic selection for mass selection breeding in allogamous crops for traits requiring selection before or after pollination2012

    • 著者名/発表者名
      Yabe S, Ohsawa R, Iwata H
    • 学会等名
      XVth Meeting of the EUCARPIA Section - Biometrics in Plant Breeding -
    • 発表場所
      ドイツ、シュツットガルト
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Prediction accuracy of rice agronomic traits using genome-wide markers and functional nucleotide polymorphisms under single- and multi-trait modeling2012

    • 著者名/発表者名
      Akio O, Ideta O, Ebana K, Yoshioka T, Yamasaki M, Iwata H
    • 学会等名
      XVth Meeting of the EUCARPIA Section - Biometrics in Plant Breeding -
    • 発表場所
      ドイツ、シュツットガルト
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Genomic prediction of promising crosses based on genome-wide marker and phenotype data of parental varieties: a case study in Japanese pear Pyrus pyrifolia2012

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Hayashi T, Terakami S, Takada N, Saito T, Yamamoto T
    • 学会等名
      XVth Meeting of the EUCARPIA Section - Biometrics in Plant Breeding -
    • 発表場所
      ドイツ、シュツットガルト
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノミクス+フェノミクスで育種を加速する2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      農業情報学会2012年度秋期シンポジウム「スマート農業」
    • 発表場所
      十勝プラザ(北海道)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムワイドマーカーを活用した効率的果樹育種の実現に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      平成24年度果樹バイテク研究会
    • 発表場所
      弘前商工会議所会館(青森)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノミクスとモルフォメトリクスの融合:植物形状の体系的改良に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、江花薫子、宇賀優作、林武司
    • 学会等名
      第22回 日本数理生物学会 年会
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス(岡山)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 推定ハプロタイプ情報を用いたゲノミックセレクションの精度:ニホンナシデータにおける検証2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、林武司、寺上伸吾、高田教臣、斎藤寿広、山本俊哉
    • 学会等名
      日本育種学会 第122回講演会
    • 発表場所
      京都産業大学(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノミックセレクションのための統計手法2012

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会 第122回講演会
    • 発表場所
      京都産業大学(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 日本イネ育種におけるゲノミックセレクションの有効性:シミュレーション研究による評価2012

    • 著者名/発表者名
      矢部志央理、山崎将紀、江花薫子、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会 第122回講演会
    • 発表場所
      京都産業大学(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 構造方程式モデル(SEM)による他形質間の因果関係の推定:出穂期遺伝子の直接的・間接的影響を分離できるか2012

    • 著者名/発表者名
      小野木章雄、出田収、江花薫子、吉岡拓磨、山崎将紀、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会 第122回講演会
    • 発表場所
      京都産業大学(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] トマト商用F1品種を用いたゲノミックセレクション予測モデル構築の試み2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木晶統、松永啓、大山暁男、福岡浩之、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会 第122回講演会
    • 発表場所
      京都産業大学(京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 食料問題の解決へ~ゲノム情報で品種改良を加速化する2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      第7回連携大学院セミナー京都
    • 発表場所
      京都府立大(京都府)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 「ゲノム育種」再び。次世代シークセンサーは新しい育種の扉を開くのか?2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      近畿作物・育種研究会公開シンポジウム明日のための農学研究
    • 発表場所
      神戸大(兵庫県)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-03
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムワイドマーカー利用育種に向けて:ゲノムワイドアソシエーション研究とゲノミックセレクション2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、江花薫子、宇賀優作、林武司
    • 学会等名
      個体群生態学会第27回大会
    • 発表場所
      岡山大学(岡山県)
    • 年月日
      2011-10-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムワイドマーカー利用育種の現状2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      野菜茶業研究所セミナー
    • 発表場所
      野菜茶業研究所(三重県)(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] コメ粒形のゲノムワイドアソシエーション解析とゲノム情報に基づく予測2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳, 江花薫子、宇賀優作、林武司
    • 学会等名
      日本育種学会第120回公演会
    • 発表場所
      福井県立大学(福井県)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 他殖性作物育種におけるゲノミックセレクションの実行可能性2011

    • 著者名/発表者名
      矢部志央理、大澤良、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会第120回公演会
    • 発表場所
      福井県立大学(福井県)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムワイドマーカー利用育種に向けて:ゲノムワイドアソシエーション研究とゲノミックセレクション2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      日本遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都府)
    • 年月日
      2011-09-20
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Integration of Genomics and Morphometrics Approaches Toward Systematic Plant Shape Improvement2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Ebana K, Uga Y, Hayashi T
    • 学会等名
      2nd ISBSA
    • 発表場所
      沖縄県男 女共同参画センターてぃるる(沖縄県)
    • 年月日
      2011-09-09
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Integration of Genomics and Morphometrics Approaches Toward Systematic Plant Shape Improvement2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Ebana K, Uga Y, Hayashi T
    • 学会等名
      2nd ISBSA
    • 発表場所
      沖縄県男女共同参画センターてぃるる(沖縄県)
    • 年月日
      2011-09-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノミックセレクション品種改良の加速化へのキーテクノロジー2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      平成23年度果樹バイテク研究会
    • 発表場所
      北部農林水産振興センター(沖縄県)(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-11
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] イネ育種におけるゲノミックセレクションの精度:シミュレーションと実データによる評価2011

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳、井下侑人、江花薫子、山崎将紀、出田収、田口(塩原)文緒、林武司
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      横浜市立大
    • 年月日
      2011-03-29
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 連鎖木平衡が低い他殖性作物におけるゲノミックセレクションの有効性評価2011

    • 著者名/発表者名
      矢部志央理、大澤良、岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      横浜市立大
    • 年月日
      2011-03-29
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Non-MCMC methods for effective Bayesian analysis of high-dimensional genomic data2011

    • 著者名/発表者名
      Hayashi T, Iwata H
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XIX
    • 発表場所
      アメリカ合衆国、サンディエゴ
    • 年月日
      2011-01-16
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Non-MCMC methods for effective Bayesian analysis of high-dimensional genomic data2011

    • 著者名/発表者名
      Hayashi T, Iwata H
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XIX
    • 発表場所
      サンディエゴ・タウンアンドカントリーホテルUSA
    • 年月日
      2011-01-16
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Accuracy of genomic selection in rice breeding ; simulations and cross-validation2011

    • 著者名/発表者名
      Iwata H, Ebana K, Yamasaki M, Ideta O, Taguchi-Shiobara F, Hayashi T
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XIX
    • 発表場所
      サンディエゴ・タウンアンドカントリーホテルUSA
    • 年月日
      2011-01-16
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 食糧問題の解決へ~ゲノム情報で品種改良を加速化する~2010

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      第7回連携大学院セミナー京都
    • 発表場所
      京都府立大学
    • 年月日
      2010-12-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 育種の新パラダイム:ゲノミックセレクションによる育種の加速化2010

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      第14回インターゲノミクスセミナー
    • 発表場所
      神戸大学
    • 年月日
      2010-11-26
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 究極の育種選抜とは?-ゲノミックセレクションはイネ育種を加速できるか?-2010

    • 著者名/発表者名
      岩田洋佳
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      秋田県立大
    • 年月日
      2010-09-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ベイズ手法を用いた遺伝育種研究2010

    • 著者名/発表者名
      林武司
    • 学会等名
      日本計量生物学会
    • 発表場所
      統計数理研究所
    • 年月日
      2010-05-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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