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リボ核タンパク質複合体酵素の構造活性相関と耐熱性

研究課題

研究課題/領域番号 22380062
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用生物化学
研究機関九州大学

研究代表者

木村 誠  九州大学, 農学研究院, 教授 (10204992)

研究分担者 郷田 秀一郎  長崎大学, 工学部, 准教授 (00346587)
山下 昭二  九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (70089936)
角田 佳充  九州大学, 大学院・農学研究院, 准教授 (00314360)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)
2012年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2011年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2010年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
キーワード酵素利用学 / リボザイム / リボ核タンパク質複合体酵素 / tRNA / 超好熱性アーキア / 超好熱古細菌 / X線小角散乱 / X線結晶構造解析 / リボ核タンパク質
研究概要

超好熱性古細菌(Pyrococcus horikoshii)由来リボ核タンパク質酵素・RNase P の構成タンパク質は、蛍光共鳴エネルギー移動法による解析から、RNA アニーリング促進活性と RNA シャペロン活性を有している事が明らかになり、これら両活性が RNase P の触媒活性の活性化に関与していることを示唆した。さらに、PhoRpp38とPhopRNAの相互作用を熱力学的に解析した。その結果、それらの結合定数は1.56 x 107 M-1で、PhoRpp38は2つのステムループ構造に同等の親和性により結合することが分かった。 以上の結果より、PhopRpp38のPhopRNAへの結合が、CドメインとSドメインの適切な配置をもたらし、さらにPhopRNAの塩基スタッキングを増加していることを示唆した

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (14件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Thermodynamic analysis of a multifunctional RNA-binding protein PhoRpp38 in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshiiOT32012

    • 著者名/発表者名
      K. Oshima, T. Nakashima, Y. Kakuta, K. Tsumoto, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 76 ページ: 1252-1255

    • NAID

      10030818671

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the rice branching enzyme I (BEI) in complex with maltopentaose2012

    • 著者名/発表者名
      K. Chaen, J. Noguchi, T, Omori, Y. Kakuta, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 424 ページ: 508-511

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A distinct binding mode of archaeal ribonuclease P proteins to the RNA. Biosci2012

    • 著者名/発表者名
      M. Ishihara, Nishimoto, S. Yamashita, Y.Kakuta, and M. Kimura.
    • 雑誌名

      Biotechnol. Biochem.

      巻: 76 ページ: 2335-2337

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Thermodynamic analysis of a multifunctional RNA-binding protein PhoRpp38 in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT32012

    • 著者名/発表者名
      K. Oshima, T. Nakashima, Y. Kakuta, K. Tsumoto, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 76 ページ: 1252-1255

    • NAID

      10030818671

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A distinct binding mode of archaeal ribonuclease P proteins to the RNA2012

    • 著者名/発表者名
      M. Ishihara, Nishimoto, S. Yamashita, Y. Kakuta, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 76 ページ: 2335-2337

    • NAID

      10031146857

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The contribution of peripheral stem-loops to catalytic activity of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshiiOT32011

    • 著者名/発表者名
      T. Hara, A. Terada, H. Yamaguchi, T. Nakashima, Y. Kakuta, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem

      巻: 75 ページ: 816-819

    • NAID

      10028272110

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the branching enzyme I (BEI) from Oryza sativaL with implications for catalysis and substrate binding2011

    • 著者名/発表者名
      J. Noguchi, K. Chaen, N.T. Vu, T. Akasaka, H. Shimada, T. Nakashima, A. Nishi, H. Satoh, T. Omori, Y. Kakuta, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Glycobiology

      巻: 21 ページ: 1108-1116

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structural modeling of RNase P RNA from the hyperthermophilic archaeonPyrococcus horikoshiiOT32011

    • 著者名/発表者名
      C. Zwieb, Y. Nakao, H. Nakashima, H. Takagi, S. Goda, E.S. Andersen, Y. Kakuta, and M. Kimura
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 414 ページ: 517-522

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The contribution of peripheral stem-loops to catalytic activity of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT32011

    • 著者名/発表者名
      Hara, et al
    • 雑誌名

      Biosci.Biotechnol.Biochem.

      巻: 75 ページ: 816-819

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural modeling of RNase P RNA from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT32011

    • 著者名/発表者名
      Zwieb, et al
    • 雑誌名

      Biochem.Biophys.Res.Commun.

      巻: 414 ページ: 517-522

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Archaeal homologs of human RNase P protein pairs Pop5 with Rpp30 and Rpp21 with Rpp29 word on distinct functional domains of the RNA subunit.2010

    • 著者名/発表者名
      Honda, et al.
    • 雑誌名

      Biosci.Biotechnol.Biochem.

      巻: 74 ページ: 266-273

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural changes in ribonuclease P in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3 induced on interaction with proteins.2010

    • 著者名/発表者名
      Kosaka, et al.
    • 雑誌名

      Biosci.Biotechnol.Biochem.

      巻: 74 ページ: 394-396

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Arabidopsis thaliana 由来リボヌクレアーゼ P-様タンパク質・PRORP1 の酵素化学的性質と結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      今井崇喜、中山郁、前田卓、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      第85回日本生化学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] リボヌクレアーゼ P 構成タンパク質の RNA シャペロン活性に関する研究2012

    • 著者名/発表者名
      石原雅人、古谷貴志、濱崎真人、枦山紘輔、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      第85回日本生化学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ細胞小器官前駆体tRNAプロセシング酵素・PRORP1 の調製と結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      今井崇喜、中山郁、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2012-06-21
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 古細菌リボヌクレアーゼ P 構成タンパク質 Rpp38-RNA 複合体の熱力学的性質と結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      大嶋浩介、中島崇、濱崎真人、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2012-06-21
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌 RNase P RNAの活性化機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      石原雅人、西本悦子、山下昭二、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2012-06-21
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌RNase P タンパク質PhoPop5-PhoRpp30 と RNA 複合体の結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      濱崎真人、石原雅人、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2012-05-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] RNase P 構成タンパク質 Rpp38と RNA の相互作用様式と複合体の結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      大嶋浩介、中島崇、濱崎真人、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2012-05-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] リボヌクレアーゼ P タンパク質の RNA 活性化機構2012

    • 著者名/発表者名
      石原雅人、西本悦子、山下昭二、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2012-05-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 古細菌 RNase P の電子顕微鏡による単粒子構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      山口浩輝、真柳浩太、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2012-05-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ由来前駆体tRNA プロセシング酵素・PRORP1 の大腸菌での発現と結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      今井崇喜、中山郁、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2012-05-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural biology of the ribonuclease P in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT32011

    • 著者名/発表者名
      Makoto Kimura
    • 学会等名
      International Conference on Microorganisms in environmental Management and Biotechnology
    • 発表場所
      Bhopal, India(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-02
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] アーキアリボヌクレアーゼPの触媒活性の構造基盤2011

    • 著者名/発表者名
      木村誠
    • 学会等名
      日本農芸化学会
    • 発表場所
      京都女子大
    • 年月日
      2011-03-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌RNase P RNAの高次構造モデリング2011

    • 著者名/発表者名
      中尾祐士、中島崇、山口浩輝、角田佳充、郷田秀一郎、木村誠
    • 学会等名
      日本農芸化学会
    • 発表場所
      京都女子大
    • 年月日
      2011-03-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌リボヌクレアーゼPの高次構造解析を目指した再構成酵素の精製2010

    • 著者名/発表者名
      中尾祐士、服部淳子、原唯史、山口浩輝、郷田秀一郎、真柳浩太、神田大輔、角田佳充、木村誠
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Microorganisms in Sustainable Agriculture and Biotechnology2012

    • 著者名/発表者名
      Kimura, Kakuta
    • 出版者
      Springer Science+Business Media B.V.
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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