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環境汚染物質添加土壌での微生物集団応答様式の研究

研究課題

研究課題/領域番号 22380176
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 環境農学
研究機関東北大学

研究代表者

津田 雅孝  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022)

研究分担者 黒川 顕  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (20343246)
永田 裕二  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 准教授 (30237531)
大坪 嘉行  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)
2012年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2011年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2010年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
キーワード環境汚染 / 細菌 / メタゲノム / 分解酵素遺伝子
研究概要

汚染土壌での汚染物質微生物分解の実体と本生態系での微生物の適応様式の解明をめざし、環境汚染物質を人為的に添加した閉鎖系土壌をモデル系として、(a)土壌のメタゲノムの生物情報学解析と、(b)実際に分解能を示す各種分解酵素遺伝子群の取得・解析を経時的かつ同時平行的に実施した。この結果、汚染化に伴う棲息細菌集団と各種分解酵素遺伝子群等の変動様式を明らかにし、汚染物質分解に関与したと示唆された遺伝子群とその由来細菌属を提示した。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (118件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (34件) (うち査読あり 34件) 学会発表 (75件) (うち招待講演 3件) 図書 (9件)

  • [雑誌論文] Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient.2013

    • 著者名/発表者名
      Minegishi K, Aikawa C, Furukawa A, Watanabe T, Nakano T, Ogura Y, Ohtsubo Y, Kurokawa K, Hayashi T, Maruyama F, Nakagawa I, Eishi Y
    • 雑誌名

      Genome Announcement

      巻: 1 号: 1 ページ: 16-12

    • DOI

      10.1128/genomea.00016-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coinetgrate-resolution of toluene-catabolic transposon Tn46512013

    • 著者名/発表者名
      Yano, H., H. Genka, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, E.M. Top, M. Tsuda
    • 雑誌名

      Plasmid

      巻: 69 号: 1 ページ: 24-35

    • DOI

      10.1016/j.plasmid.2012.07.004

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of the γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. strain MM-12013

    • 著者名/発表者名
      Michiro Tabata
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 1

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索2013

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 雑誌名

      Journal of Environmental Biotechnology

      巻: 13

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metagenomics2012

    • 著者名/発表者名
      Suzuki S, Ishida T, Kurokawa K, Akiyama Y
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7 号: 5 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0036060

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. KKS102 located on integrative and conjugative element2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohtsubo, 4人, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      J. Bacteriol

      巻: 184 ページ: 4237-4248

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation2012

    • 著者名/発表者名
      Kimura, S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 158 ページ: 1284-1293

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation2012

    • 著者名/発表者名
      Kimura, A., S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 158 号: 5 ページ: 1284-1293

    • DOI

      10.1099/mic.0.057372-0

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Povotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC17616 in soil2012

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama, E., Y. Ohtsubo, Y. Yamamoto, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters

      巻: 330 号: 1 ページ: 46-55

    • DOI

      10.1111/j.1574-6968.2012.02532.x

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cloning ofγ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase gene with its flanking regions from soil byactivity-based screening techniques2012

    • 著者名/発表者名
      Ito, M., A. Ono, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
    • 雑誌名

      European J. Soil Biology

      巻: 52 ページ: 16-19

    • DOI

      10.1016/j.ejsobi.2012.05.001

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. strain KKS102, which are located on an integrative and conjugative element2012

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo Y., Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, M. Tsuda
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 194 号: 16 ページ: 4237-4248

    • DOI

      10.1128/jb.00352-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ParI, an orphan ParA family protein from Pseudomonas putida KT2440-specific genomic island, interferes with the partition system of IncP-7 plasmids2012

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi, M., M. Shintani, K. Inoue, T. Terabayashi, F. Sai, M. Ohkuma, H. Nojiri, Y. Nagata, M. Tsuda
    • 雑誌名

      Environ Microbiol

      巻: 14 号: 11 ページ: 2946-2959

    • DOI

      10.1111/j.1462-2920.2012.02861.x

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of Acidovorax sp. KKS102, a polychlorinated biphenyl-degrading strain2012

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo, Y., F. Maruyama, H. Mitsui, Y. Nagata, M. Tsuda
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 194 号: 24 ページ: 6970-6971

    • DOI

      10.1128/jb.01848-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation2012

    • 著者名/発表者名
      A.Kimura
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: (In press)

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pivotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC 17616 in soil2012

    • 著者名/発表者名
      E.Nishiyama
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol.Lett.

      巻: (In press)

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypalgamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Nagata, 3人, Y. Ohtsubo, 5人, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Enzyme Microb. Technol

      巻: 49 ページ: 499-508

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ehrlich, and Bork: Enterotypes of the human gut microbiome2011

    • 著者名/発表者名
      M. Arumugam, 18人, K. Kurokawa, 19人, MetaHIT Consortium, J. Weissenbach, S. D
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 473 ページ: 174-180

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enterotypes of the human gut microbiome2011

    • 著者名/発表者名
      M.Arumugam
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 473 ページ: 174-180

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Nagata
    • 雑誌名

      Enzyme and Microbial Technology

      巻: 49 ページ: 499-508

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CRISPR inhibition of prophage acquisition in Streptococcus pyogenes2011

    • 著者名/発表者名
      T.Nozawa
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 6 号: 5 ページ: e19543-e19543

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0019543

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The lifestyle of the segmented filamentous bacterium : a non-culturable gut-associated immunostimulating microbe inferred by whole-genome sequencing2011

    • 著者名/発表者名
      T.Kuwahara
    • 雑誌名

      DNA Res

      巻: 18 ページ: 291-301

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp.MM-1 proven to be dispersed across multiple plasmids2011

    • 著者名/発表者名
      M.Tabata
    • 雑誌名

      Biosci.Biotech.Biochem.

      巻: 75 ページ: 466-472

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced insoil environment by in vivo expression technology2010

    • 著者名/発表者名
      E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Environ. Microbiol

      巻: 12 ページ: 2539-2558

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] VITCOMIC: visualization tool for taxonomic compositions of microbial communities based on 16S rRNA gene sequences2010

    • 著者名/発表者名
      H. Mori, F. Maruyama and K. Kurokawa
    • 雑誌名

      BMC Bioinfo

      巻: 11 号: 1 ページ: 332-332

    • DOI

      10.1186/1471-2105-11-332

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of TOL plasmid pDK1 provides evidence for evolutionary history of IncP-7 catabolic plasmids2010

    • 著者名/発表者名
      H. Yano, 3人, Y. Nagata, M. Hattori, M. Tsuda
    • 雑誌名

      J. Bacteriol

      巻: 192 ページ: 4337-4347

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動2010

    • 著者名/発表者名
      加藤広海,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      J.Environ. Biotechnol

      巻: 10 ページ: 63-70

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウエアGenomeMatcher2010

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行,大坪和香子,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: 48 ページ: 313-319

    • NAID

      10026438311

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology2010

    • 著者名/発表者名
      E.Nishiyama
    • 雑誌名

      Environ.Microbiol.

      巻: 12 ページ: 2539-2558

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of TOL plasmid pDK1 provides evidence for evolutionary history of IncP-7 calabolic plasmids2010

    • 著者名/発表者名
      H.Yano
    • 雑誌名

      J.Bacteriol.

      巻: 192 ページ: 4337-4347

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT262010

    • 著者名/発表者名
      Y.Nagata
    • 雑誌名

      J.Bacteriol.

      巻: 192 ページ: 5852-5853

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] VITCOMIC : visualization tool for taxonomic compositions of microbial communities based on 16S rRNA gene sequences2010

    • 著者名/発表者名
      H.Mori
    • 雑誌名

      BMC Bioinfo

      巻: 11 ページ: 332-332

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcherの紹介2010

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: 48 ページ: 313-318

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動2010

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 雑誌名

      J.Environ.Biotechnol.

      巻: 10 ページ: 63-71

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索

    • 著者名/発表者名
      永山浩史,菅原智詞,遠藤諒,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      J.Environ. Biotechnol

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 環境メタゲノム解析における微生物種2013

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time series metagenomic analysis of soil microbial community2013

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda and K. Kurokawa
    • 学会等名
      International Symposium on Genome Science "Expanding Frontiers of Genome Science"
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] メタゲノム解析の現状と将来2013

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      社団法人企業研究会CAMMフォーラム
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] リダクターゼ機能相補による新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の芳香族化合物複合汚染土壌メタゲノムからの探索2013

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 微生物統合データベースMicrobeDB.jp2013

    • 著者名/発表者名
      森宙史
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 撹乱に対する土壌微生物のレジリエンス2013

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌における新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の機能相補に基づく探索2013

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Deciphering ancient ecosystems with environmental genomics and “Earth-Life DB”2013

    • 著者名/発表者名
      Ken Kurokawa
    • 学会等名
      The 1st ELSI International Symposium
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] メタゲノミクスの現状と未来2012

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      情報・システム研究機構シンポジウム2012「生命科学のビッグデータ革命」
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-11-09
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Development of an integrated analysis system for metagenomics and a global microbial database MicrobeDB.jp2012

    • 著者名/発表者名
      K. Kurokawa
    • 学会等名
      第28回日本微生物生態学会
    • 発表場所
      豊橋
    • 年月日
      2012-09-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Response of soil microbial community after exposure to aromatic pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      環境保全と健常生活のための先端バイオテクノロジーの統合的研究第3回公開シンポジウム
    • 発表場所
      多賀城(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of an integrated analysis system for metagenomics and its applications for soil metagenome analysis2012

    • 著者名/発表者名
      K.Kurokawa
    • 学会等名
      BiWO2011
    • 発表場所
      東京(招待講演)
    • 年月日
      2012-01-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Metagenomic Analysis of Microbial Community in Soil Contaminated with Aromatic Pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda, 5 人, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, A. Fujiyama, and K. Kurokawa
    • 学会等名
      Japan-Finland Biotechnology Symposium2012
    • 発表場所
      Sendai
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 環境メタゲノミクス2012

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 環境汚染物質添加土壌での微生物集団の経時的メタゲノム解析2012

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Metagenomic Analysis of Microbial Community in Soil Contaminated with Aromatic Pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      Masataka Tsuda
    • 学会等名
      Japan-Finland Biotechnology Symposium 2012
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 培養非依存的手法を用いた芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索2012

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2012年度大会
    • 発表場所
      宇治
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Response of soil microbial community against pulse perturbation by aromatic pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Kato
    • 学会等名
      14th International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Isolation of aromatic ring-hydroxylating oxygenase genes by cultivation-independent functional screening of metagenome from soil artificially contaminated with aromatic hydrocarbons2012

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Nagayama
    • 学会等名
      15th International Biotechnology Symposium and Exhibition
    • 発表場所
      Daegu, Korea
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 環境汚染物質添加土壌での微生物集団の経時的メタゲノム解析2012

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 土壌攪乱に対し同調して動く遺伝子群の解析2012

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌群集団の移植と芳香族化合物による汚染化の変動解析2012

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 細菌群集に環境刺激に対する頑健性を与える要因の解明2012

    • 著者名/発表者名
      伊藤貴広
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 環境メタゲノミクス2012

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 環境汚染物質分解能を担うプラスミドの水平伝達2012

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] フィニッシング用のツールGenoFinisherの開発2012

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物汚染土壌における経時的メタゲノムによって明らかになった土壌微生物の適応反応2012

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの各種表現型への関与2012

    • 著者名/発表者名
      木村明音
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 培養非依存的手法による土壌からの新規芳香族化合物分解遺伝子の探索2012

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] STM法で同定した土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下での生残に重要な遺伝子の解析2012

    • 著者名/発表者名
      石橋蓉子
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 微生物ドラフトゲノム配列のフィニッシング用ツール:GenoFinisher2012

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      第85回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      長崎(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 生態系の理解に向けたゲノム情報の解析と活用2011

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      農業環境技術研究所公開セミナー
    • 発表場所
      つくば(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-06
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムからメタゲノムへ2011

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      CBI/JSBi2011合同大会
    • 発表場所
      神戸(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新型シーケンサーによるメタゲノム解析2011

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      第63回生物工学会大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2011-09-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 新型シーケンサーによるメタゲノム解析2011

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      京都(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 環境変動に対する土壌微生物集団応答様式のメタゲノム的解析2011

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      日本遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Response of soil microbiota to exposure to aromatic pollutants2011

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011Congress
    • 発表場所
      Sapporo
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 微生物ゲノムFinishing支援ソフトウエア:GenoFinisher2011

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会ワークショップ
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 土壌メタゲノムから見る,芳香族化合物汚染により誘導される微生物群集の反応2011

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会ワークショップ
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌由来のメタゲノムライブラリからの機能相補による新規リダクターゼ遺伝子の探索2011

    • 著者名/発表者名
      永山浩史
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会ワークショップ
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Response of soil microbiota to exposure to aromatic pollutants2011

    • 著者名/発表者名
      M.Tsuda
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      Sapporo, Japan(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Fluctuation pattern of gene pools of microbiota in aromatic hydrocarbon-contaminated soil by sequential metagenomic analysis2011

    • 著者名/発表者名
      H.Kato
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      Sapporo, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Alleviation of nitric oxide sensitivity of Burkholderia multivorans ATCC 17616 fur mutant by additional mutation in oxyR gene2011

    • 著者名/発表者名
      A.Kimura
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      Sapporo, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of a computational tool for finishing of draft genomic sequence2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Ohtsubo
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      Sapporo, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 環境変動に対する土壌微生物集団応答様式のメタゲノム的解析2011

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Direct isolation and characterization of genes for degradation of aromatic compounds from soils that were artificially contaminated with aromatic pollutants2011

    • 著者名/発表者名
      H.Nagayama
    • 学会等名
      International Forum for Ecosystem Adaptability Science III
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurとOxyRの遺伝学的関連とメカニズムの解明2011

    • 著者名/発表者名
      木村明音
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 機能ベースのメタゲノム的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析2011

    • 著者名/発表者名
      菅原智詞
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境中における特異的発現遺伝子の解析2011

    • 著者名/発表者名
      三浦那智
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索・解析2011

    • 著者名/発表者名
      千本木淳子
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌遺伝子プールの変動解析2011

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌汚染により優先したBurkholderia群集の系統と代謝能力の遷移2011

    • 著者名/発表者名
      熊野知拡
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 微生物ゲノム完全長決定支援ソフトウエア454Finisher2011

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      第5回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性の解明2011

    • 著者名/発表者名
      木村明音
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の同定2011

    • 著者名/発表者名
      千本木淳子
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析2011

    • 著者名/発表者名
      三浦那智
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌の汚染化によって起こる微生物遺伝子プールの変動2011

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌汚染によって優先したBurkholderia群集の系統および代謝能力の遷移2011

    • 著者名/発表者名
      熊野知拡
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 培養非依存的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析2011

    • 著者名/発表者名
      菅原智詞
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ドラフトゲノム配列のFinishing支援ツール:454Finisher2011

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons2010

    • 著者名/発表者名
      H. Kato, 2 人, Y. Ohtsubo, 5 人, Y. Nagata, A. Fujiyama, K. Kurokawa and M. Tsuda
    • 学会等名
      13th International Society for Microbial Ecology Conference
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] Meta-plasmid: In silico reconstruction of a plasmid-like circular DNA molecule and its possible role in the retrieved environment2010

    • 著者名/発表者名
      H. Suenaga, 5 人, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and K. Miyazaki
    • 学会等名
      13th International Society for Microbial Ecology Conference
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析2010

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] 第二世代シークエンサを用いた、土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析2010

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の同定と解析2010

    • 著者名/発表者名
      西山依里
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄応答転写因子と過酸化水素応答転写因子の関連2010

    • 著者名/発表者名
      木村明音
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] メタゲノムアプローチにより多重汚染土壌から取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析2010

    • 著者名/発表者名
      菅原智詞
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] STM法による土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索2010

    • 著者名/発表者名
      千本木淳子
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 解析ソフトウエアGenomeMatcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能2010

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物分解系プラスミドの安定的維持を阻害する宿主因子2010

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Meta-plasmid : In silico reconstruction of a plasmid-like circular DNA molecule and its possible role in the retrieved environment2010

    • 著者名/発表者名
      H.Suenaga
    • 学会等名
      13th International Society for Microbial Ecology Conference
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans2010

    • 著者名/発表者名
      A.Kimura
    • 学会等名
      14th International Biotechnology Symposium
    • 発表場所
      Rimini, Italy
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 176162010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ohtsubo
    • 学会等名
      14th International Biotechnology Symposium
    • 発表場所
      Rimini, Italy
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC17616株の芳香族化合物トランスポーター様遺伝子の解析2010

    • 著者名/発表者名
      小川直人
    • 学会等名
      第26回日本微生物生態学会
    • 発表場所
      つくば
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌メタゲノムの変動様式とそのメカニズム2010

    • 著者名/発表者名
      加藤広海
    • 学会等名
      第26回日本微生物生態学会
    • 発表場所
      つくば
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Ohtsubo
    • 出版者
      Springer Verlag
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] メタゲノムインフォマティクス,難培養微生物研究の最新技術II2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史,丸山史人,黒川顕
    • 出版者
      シーエムシー出版,東京.
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] メタゲノムデータベース,メタゲノム解析技術の最前線2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史,丸山史人,黒川顕
    • 出版者
      シーエムシー出版,東京.
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス「難培養性微生物研究の最新技術II」(大熊盛也,工藤俊章編集)2010

    • 著者名/発表者名
      永田裕二,津田雅孝
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] 酵素利用技術大系2010

    • 著者名/発表者名
      永田裕二
    • 出版者
      株)エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 難培養微生物研究の最新技術II2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 難培養微生物研究の最新技術II2010

    • 著者名/発表者名
      永田裕二
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] メタゲノム解析技術の最前線2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Strategies to reveal genomic function in natural soil systems In:Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds)

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohtsubo, E. Nishiyama, Y. Ishibashi, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 出版者
      Biodegradative Bacteria. Springer Verlag, Tokyo
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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