非コード RNA の転写機構の解明

• 研究課題/領域番号: 22390057
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 医化学一般
• 研究機関: 埼玉医科大学
• 研究代表者: 黒川 理樹 埼玉医科大学, 医学部, 教授 (70170107)
• 連携研究者: 松下 明生 埼玉医科大学, 医学部, 客員講師 (50402269) ; 小川 純人 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (20323579)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 18,850千円 (直接経費: 14,500千円、間接経費: 4,350千円); 2012年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2011年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2010年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
• キーワード: 酵素 / 遺伝子 / 核酸 / 生体分子 / 発現制御

研究概要

我々は、 cyclin D1 遺伝子プロモーターから転写される(promoter-derived noncoding: pnc)RNA が、その発現を抑制することを発見した(Nature 454: 126-30, 2008)。この pncRNA の転写開始点を決定し、pncRNA の転写を誘導するタンパク質の精製を試みた。その結果 DNA 修復系タンパク質 5 種類と核構造体 paraspeckle 構成タンパク質 2種類の合計 7 種類のタンパク質が同定された。この成果は、 pncRNA 転写には DNA 修復系が関与し、転写の場は paraspeckle であることを示唆している。この成果は、ncRNA 転写に新境地を開拓することになる。

研究成果

• [雑誌論文] Regulatjon of Telomere Length by G-Quadruplex Telomere DNA- and T ERRA・Binding Protain TLSiFUS. (2013)
  • 著者名/発表者名: 高濱 謙太朗
  • 雑誌名: Chemistry & Biology誌 巻: 20 号: 3 ページ: 341-350
  • DOI: 10.1016/j.chembiol.2013.02.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNAのメチル化も遺伝子発現を制御していた (2013)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: Vol.31 ページ: 58-59
• [雑誌論文] Structure of noncoding RNA is a determinant of function of RNA binding proteins in transcriptional regulation. (2012)
  • 著者名/発表者名: Oyoshi, T., and Kurokawa, R.
  • 雑誌名: Cell & Bioscience 巻: 2 号: 1 ページ: 1-1
  • DOI: 10.1186/2045-3701-2-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] 小分子非コードpiRNAとDNAメチル化が長期記憶を誘導する (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: Vol.30 ページ: 1925-1926
• [雑誌論文] 非コードRNAとポリコームメチル化か核局在を決め遺伝子を制御する (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: Vol.30 ページ: 458-459
• [雑誌論文] Loop Lengths of G-Quadruplex Structures Affect the G-Quadruplex DNA Binding Selectivity of the RGG Motif in Ewing's Sarcoma. (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahama, K., Sugimoto, C., Arai, S., Kurokawa, R., and Oyoshi, T.
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 50 号: 23 ページ: 5369-5378
  • DOI: 10.1021/bi2003857
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Ewing's sarcoma protein as a G-quadruplex DNA- and RNA-binding protein (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahama, K., Kino, K., Arai, S., Kurokawa, R., and Oyoshi, T.
  • 雑誌名: FEBS Journal 巻: 278 号: 6 ページ: 988-998
  • DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08020.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] TLS and PRMT1 synergistically coactivate transcription at the survivin promoter through TLS arginine methylation (2011)
  • 著者名/発表者名: Du, K., Arai, S., Kawamura, T., Matsushita, A., and Kurokawa, R.
  • 雑誌名: BBRC 巻: 404 号: 4 ページ: 991-996
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.12.097
  • 査読あり
• [雑誌論文] Long Noncoding RNA as a Regulator for Transcription. In: Ugarkovic, D.(ed) Long Non-Coding RNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 雑誌名: Progress in Molecular and Subcellular Biology 51 巻: 2 ページ: 29-41
  • DOI: 10.1007/978-3-642-16502-3_2
  • ISBN: 9783642165016, 9783642165023
  • 査読あり
• [雑誌論文] FUS/TLS構造と機能からALS病態をみる (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 臨床神経科学 巻: Vol.29 ページ: 1032-1034
• [雑誌論文] 遺伝子発現は転写と翻訳で制御されるが、どちらが主役か? (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: Vol.29 ページ: 2258-2259
• [雑誌論文] 新生RNAのDeep sequencingで明らかになる真核ゲノムの転写動態 (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: Vol.29 ページ: 1263-1264
• [雑誌論文] Identification of Ewing' s sarcoma protein as a G-quadruplex DNA-and RNA-binding protein. (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahama, K.
  • 雑誌名: FEBS Journal 巻: 278 ページ: 988-998
  • 査読あり
• [雑誌論文] TLS and PRMT1 synergistically coactivate transcription at the survivin promoter through TLS arginine methylation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Du, K.
  • 雑誌名: BBRC 巻: 404 ページ: 991-996
  • 査読あり
• [雑誌論文] Long Noncoding RNA as a Regulator for Transcription. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 雑誌名: Progress in Molecular and Subcellular Biology. 巻: 51 ページ: 29-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation. (2010)
  • 著者名/発表者名: okuzawa, Y., Yagi, K., Yamashita ,Y., Nakachi, Y., Nikaido, I., Bono, H., Ninomiya, Y., Kanesaki-Yatsuka, Y., Akita, M., Motegi, H., Wakana, S., Noda, T., Sablitzky, F., Arai, S., Kurokawa, R., Fukuda, T., Katagiri, T., Schonbach, C., Suda, T., Mizuno, Y., and Okazaki, Y.
  • 雑誌名: PLoS Genet 巻: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] ヌクレオソームの配置がDNAメチル化を決めていた (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 28巻・14号 ページ: 2238-2239
• [雑誌論文] 転写を制御する長鎖noncoding RNA (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 28巻・10号 ページ: 43-48
• [学会発表] 長鎖非コード RNA 機能の分子機構-核酸医薬の可能性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡県福岡市
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] Long noncoding RNA as an epigenetic regulatory factor. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 北海道札幌市
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] Long noncoding RNA, a counterpart of microRNA, works as a transcriptional regulator. Is lncRNA a potential target for nucleic acid medicine? (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: 第4回日本 RNAi 研究会
  • 発表場所: 広島県広島市
  • 年月日: 2012-08-30
• [学会発表] Promoter-associated noncoding RNA and Arginine-specific Methylation of RNA-binding protein TLS. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: Keystone Symposia
  • 発表場所: Utah, USA
  • 年月日: 2012-04-04
• [学会発表] 長鎖非コードRNA機能の分子機構-核酸医薬の可能性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会 ワークショップ主催
  • 発表場所: 福岡県福岡市
  • 招待講演
• [学会発表] エピゲノム制御因子としての長鎖非コードＲＮＡ (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 北海道札幌市
  • 招待講演
• [学会発表] マイクロRNAのカウンターパート長鎖非コードRNAは転写を制御する-LncRNAは核酸医薬のシードになりうるか？ (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第4回日本RNAi研究会
  • 発表場所: 広島県広島市
  • 招待講演
• [学会発表] Promoter-associated noncoding RNA and Arginine-specific Methylation of RNA-binding protein TLS. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: Keystone Symposia
  • 発表場所: Snowbird, Utah, USA
  • 招待講演
• [学会発表] 長鎖非コード RNA とエピゲノム制御 (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] 長鎖非コードRNAとエピゲノム制御(Long noncoding RNA and Epigenetic Regulation.) (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] TLS-CHOP, an Oncogenic Fusion Product in Myxoid Liposarcoma, Attenuates Cell Adhesion Ability through Down-Regulation of Integrin α5β1. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: ENDO (The Endocrine Society) 2011
  • 発表場所: Boston, USA.
  • 年月日: 2011-06-06
• [学会発表] TLS-CHOP, an Oncogenic Fusion Product in Myxoid Liposarcoma, Attenuates Cell Adhesion Ability through Down-Regulation of Integrin α5β1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Arai, S
  • 学会等名: ENDO (The Endocrine Society) 2011
  • 発表場所: Boston Convention & Exhibition Center (Boston, USA)
  • 年月日: 2011-06-06
• [学会発表] 転写研究の過去、現在、そして未来-核内受容体応答配列から非コードRNAまで- (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川理樹
  • 学会等名: 第10回がんとホルモンセミナ
  • 発表場所: 東京大学山上会館(東京都)
  • 年月日: 2011-01-20
• [学会発表] 粘液型脂肪肉腫原因遺伝子TLS-CHOP 発現細胞の構築と SUMO-1 修飾の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 兵庫県兵庫市
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] shRNA とエネルギーエロクアンス (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 第31回日本肥満学会
  • 発表場所: 群馬県前橋市
  • 年月日: 2010-10-01
• [学会発表] RNA 結合タンパク質 TLS/FUSによる非コード RNA 依存性転写抑制機構-筋萎縮性側索硬化症(ALS)の新規原因遺伝子 TLS/FUS- (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒川 理樹
  • 学会等名: 厚生労働科学研究費補助金 難治性疾患克服研究事業「筋萎縮性側索硬化症の病態に基づく画期的治療法の開発」班のワークショップ
  • 発表場所: 東京都千代田区
  • 年月日: 2010-06-08
• [学会発表] Noncoding RNA from cyclin D1 promoter regulates transcription via its binding to TLS, a novel causative gene for ALS. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R
  • 学会等名: 独立行政法人理化学研究所脳科学総合研究センターセミナー
  • 発表場所: 埼玉県和光市
  • 年月日: 2010-04-15
• [学会発表] Noncoding RNA from cyclin D1 promoter regulates transcription via its binding to TLS, a novel causative gene for ALS. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 学会等名: 独立行政法人理化学研究所 脳科学総合研究センターセミナー
  • 発表場所: 理化学研究所(埼玉県)
  • 年月日: 2010-04-15
• [図書] Generation of Functional Long Noncoding RNA Through Transcription and Natural Selection. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R
  • 出版者: Springer Berlin Heidelberg
• [図書] Promoter-Associated Noncoding RNA from the CCND1 Promoter. In: Vancura, A. (ed) Transcriptional Regulation: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology 809, Chapter 39 (2012)
  • 著者名/発表者名: Song, X., Wang, X., Arai, S., and Kurokawa, R.
  • 出版者: Springer New York
• [図書] Transcriptional Regulation.Promoter-Associated Noncoding RNA from the CCND1 Promoter.In : Vancura, A.(ed) (2012)
  • 著者名/発表者名: Song, X
  • 出版者: Humana Press
• [図書] Promoter-Associated Long Noncoding RNAs Repress Transcription Through a RNA Binding Protein TLS. In: Collins, L.J. (ed) RNA Infrastructure and Networks: Advances in Experimental Medicine and Biology 722, Chapter 12 (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 出版者: Springer New York
• [図書] RNA Infrastructure and Networks.Promoter-Associated Long Noncoding RNAs Repress Transcript ion Through an Rna Binding Protein TLS.In : Collins, LJ.(ed) (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R
  • 出版者: Landes Biosciences
• [図書] RNA Infrastructure and Networks.-Promoter-Associated Long Noncoding RNAs Repress Transcription Through an Rna Binding Protein TLS(In : Collins, LJ.(ed)) (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, R.
  • 出版者: Landes Biosciences(in press)
• [備考]
  • URL: http://www.saitama-med.ac.jp/genome/
• [備考] 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
  • URL: http://www.saitama-med.ac.jp/genome/
• [備考] 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター遺伝子構造機能部門
  • URL: http://space.geocities.jp/idensikouzou/index.html
• [備考]
  • URL: http://space.geocities.jp/idensikouzou/indcx.html
• [備考]
  • URL: http://space.geocities.jp/idensikouzou/index.html
• [産業財産権] 抗 TLS モノクローナル抗体及びその製造方法、ハイブリドーマ及びその製造方法、並びに抗 TLS モノクローナル抗体含有組成物 (2013)
  • 発明者名: 黒川 理樹
  • 権利者名: 黒川 理樹
  • 産業財産権番号: 2013-099962
  • 出願年月日: 2013-05-10
• [産業財産権] 抗ＴＬＳモノクローナル抗体及びその製造方法、ハイブリドーマ及びその製造方法、並びに抗ＴＬＳモノクローナル抗体含有組成物 (2013)
  • 発明者名: 黒川 理樹
  • 権利者名: 黒川 理樹
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2013-099962
  • 出願年月日: 2013-05-10