配列アラインメントを高速に求めるための前処理に関する研究

• 研究課題/領域番号: 22500001
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 情報学基礎
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 酒井 義文 東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 (10277361)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円); 2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2010年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
• キーワード: アルゴリズム理論 / 文字列比較 / アルゴリズム

研究概要

2本の文字列のアラインメントを求める問題は、文字列間の類似度計算に多くの応用をもつ。文字列のアラインメントに関連するいくつかの問題に対して、文字列を前処理することで得られる情報を活用することで、従来の方法よりも高速に問題を解くことのできるアルゴリズムを提案した。この中には、一方の文字列のみしか前処理できないオンライ的な状況を想定した問題や、ある種の圧縮文字列のアラインメントを求める問題が含まれる。

研究成果

• [雑誌論文] Computing the longest common subsequences of two run-length encoded strings3L.-M. Chao, T.-s. Hsu, and D.-T. Lee (Eds.) (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: ISAAC 2012, LNCS 巻: 7676 ページ: 197-206
  • DOI: 10.1007/978-3-642-35261-4_23
  • ISBN: 9783642352607, 9783642352614
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences 巻: E95-A 号: 1 ページ: 354-361
  • DOI: 10.1587/transfun.E95.A.354
  • NAID: 10030535198
  • ISSN: 0916-8508, 1745-1337
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computing the longest common subsequence of two run-length encoded strings (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science, Algorithms and Computation 巻: 7676 ページ: 197-206
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria, T. Asano et al. (Eds.) (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: ISAAC 2011, LNCS 巻: 7074 ページ: 663-672
  • DOI: 10.1007/978-3-642-25591-5_68
  • ISBN: 9783642255908, 9783642255915
  • 査読あり
• [雑誌論文] A first algorithm for multiplying min-sum permutation (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: Discrete Applied Mathematics 巻: 159 号: 17 ページ: 2175-2183
  • DOI: 10.1016/j.dam.2011.06.022
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 巻: 7074 ページ: 663-672
  • 査読あり
• [雑誌論文] An almost quadratic time algorithm for sparse spliced alignment (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: Theory of Computing Systems 巻: 48 ページ: 189-210
  • 査読あり
• [雑誌論文] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 雑誌名: The 13^<th> Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation ページ: 72-79
  • 査読あり
• [学会発表] 部分文字列最大密度索引 (2013)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2012年度冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都市・京都大学
• [学会発表] 部分文字列最大密度索引 (2013)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2012年度冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都府京都市京都大学
• [学会発表] 海藻全単射の漸減構築 (2012)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2011年度冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-01-31
• [学会発表] run長符号化文字列の最強共通部分列計算 (2012)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2012年度夏のLAシンポジウム
  • 発表場所: 宮津市・宮津ロイヤルホテル
• [学会発表] 海藻全単射の漸減構築 (2012)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2011年度冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都市・京都大学
• [学会発表] run長符号化文字列の最長共通部分列計算 (2012)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2012年度夏のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都府宮津市宮津ロイヤルホテル
• [学会発表] 緩い類似性判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム (2011)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2011年度夏のLAシンポジウム
  • 発表場所: 湖西
  • 年月日: 2011-07-20
• [学会発表] 最長共通部分配列計算におけるrun長の対数時間寄与 (2011)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2010年冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-02-02
• [学会発表] 緩い類似税判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム (2011)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2011年度夏のLAシンポジウム
  • 発表場所: 湖西市・ザヴィラ浜名湖
• [学会発表] 最長共通部分も配列計算におけるrun長の対数時間寄与 (2011)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2010年度冬のLAシンポジウム
  • 発表場所: 京都市・京都大学
• [学会発表] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題 (2010)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2010年夏のLaシンポジウム
  • 発表場所: 氷見
  • 年月日: 2010-07-21
• [学会発表] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Sakai
  • 学会等名: The 13th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
  • 発表場所: 金沢市・金沢市文化ホール
• [学会発表] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題 (2010)
  • 著者名/発表者名: 酒井義文
  • 学会等名: 2010年度夏のLAシンポジウム
  • 発表場所: 氷見市・九殿浜温泉ひみのはな