• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

近傍フラグメントスペクトル表現に基づくタンパク質構造データマイニングに関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 22500130
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 知能情報学
研究機関豊橋技術科学大学

研究代表者

加藤 博明  豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 講師 (30303704)

研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2010年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード分子構造情報処理 / 三次元構造類似性 / タンパク質構造分類 / データマイニング / 分子生命情報学 / 分子構造データベース / タンパク質モチーフ / 近傍フラグメント / タンパク質立体構造 / 分子グラフ / 構造活性相関 / 近傍フラグメントスペクトル
研究概要

本研究では、分子の構造特徴を定量的に記述するための新たな方法として近傍フラグメントスペクトル表現(NFS)を提案するとともに、分子構造の高次縮約表現を基礎として、巨大で複雑なタンパク質のアミノ酸配列ならびに立体構造データの構造類似性解析を試みた。タンパク質複合体も対象とした立体構造の自動分類も含めたその手法の確立は、タンパク質構造データマイニングにおける一つの重要な要素技術をなすものであり、その意義は極めて大きい。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 学会発表 (15件)

  • [学会発表] 近傍フラグメント表現に基づくタンパク質配列特徴解析システムの開発2013

    • 著者名/発表者名
      永松晃一, 加藤博明
    • 学会等名
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎市図書館交流プラザ(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2013-11-29
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝的アルゴリズムを用いた分子ライブラリデザインシステムの開発2013

    • 著者名/発表者名
      森本孝朗, 加藤博明
    • 学会等名
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎市図書館交流プラザ(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2013-11-29
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural similarity search of molecules using the Neighborhood Fragment Spectra2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Koichi Nagamatsu and Masaaki Iitsuka
    • 学会等名
      Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2012
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江戸川区)
    • 年月日
      2013-10-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Three-dimensional protein structural data mining based on the NFS representation2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, and Masaaki Iitsuka
    • 学会等名
      The 9th China-Japan Joint Symposium on Drug Design and Development
    • 発表場所
      Guilin Bravo Hotel(中国・桂林市)
    • 年月日
      2013-09-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 系統樹表現に基づく分子の関係ネットワークの可視化システムの開発2012

    • 著者名/発表者名
      檜山綾乃, 加藤博明
    • 学会等名
      第39回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      東京理科大学薬学部(千葉県野田市)
    • 年月日
      2012-11-28
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of structural feature analysis program for proteins based on the triplet pattern2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Chisato Morishita, and Sachie Hakamata
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      九州大学医学部(福岡市)
    • 年月日
      2011-12-13
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 構造活性相関研究のための分子の三次元特徴フラグメント辞書の作成2011

    • 著者名/発表者名
      松田貴人, 加藤博明
    • 学会等名
      第33回情報化学討論会
    • 発表場所
      徳島大学工学部(徳島市)
    • 年月日
      2011-10-30
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] アミノ酸残基の周辺環境に注目した GPCR の配列特徴解析システムの開発2011

    • 著者名/発表者名
      家村享明, 檜山綾乃, 加藤博明
    • 学会等名
      第38回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      徳島大学工学部(徳島市)
    • 年月日
      2011-10-30
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Three-dimensional structural data mining of proteins based on Geometrical Fragment Spectra representation2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato
    • 学会等名
      18th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
    • 発表場所
      Rodos Palace(ギリシア)
    • 年月日
      2011-09-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] Development of structural feature analysis program for proteins based on the triplet pattern2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Chisato Morishita, Sachie Hakamata
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      九州大学医学部(福岡市)
    • 年月日
      2010-12-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] アミノ酸残基の周辺環境に注目したGPCRの配列特徴解析システムの開発2010

    • 著者名/発表者名
      家村享明, 檜山綾乃, 加藤博明
    • 学会等名
      第38回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      徳島大学工学部(徳島市)
    • 年月日
      2010-10-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Three-dimensional protein structural data mining based on the NFS representation

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Masaaki Iitsuka
    • 学会等名
      The 9th China-Japan Joint Symposium on Drug Design and Development
    • 発表場所
      Guilin Bravo Hotel (中国・桂林市)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 近傍フラグメント表現に基づくタンパク質配列特徴解析システムの開発

    • 著者名/発表者名
      永松晃一, 加藤博明
    • 学会等名
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎市図書館交流プラザ(愛知県岡崎市)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝的アルゴリズムを用いた分子ライブラリデザインシステムの開発

    • 著者名/発表者名
      森本孝朗, 加藤博明
    • 学会等名
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎市図書館交流プラザ(愛知県岡崎市)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Structural similarity search of molecules using the Neighborhood Fragment Spectra

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Kato, Koichi Nagamatsuand Masaaki Iitsuka
    • 学会等名
      Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2012
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江戸川区)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2010-11-30   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi