関数データとしての蛋白発現データ解析と癌個別化診断の試み

• 研究課題/領域番号: 22500271
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 東北大学 (2012); 公益財団法人がん研究会 (2010-2011)
• 研究代表者: 宮田 敏 東北大学, 大学院・医学系研究科, 講師 (60360343)
• 研究分担者: 磯村 実 島根大学, 医学部, 講師 (40272497)
• 連携研究者: 松浦 正明 公益財団法人がん研究会, がんゲノム研究部, 部長 (40173794)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: ゲノム統計解析 / 関数データ解析 / 非線型回帰 / 統計数学 / 非線形回帰

研究概要

蛋白発現プロファイルからの関数データの抽出には局所的に滑らかさの異なる関数の平滑化を行う。このため、適応型可変節点スプライン関数の理論的研究およびプログラム開発を行った。また、蛋白発現データを微分不能な点を持つ確率分布から得られたものと解釈し、きわめて特異な確率密度関数の推定問題として研究した。スプライン関数節点の最適化は、遺伝的アルゴリズムにより適応型モデル撰択基準を最適化することで行われた。

研究成果

• [雑誌論文] Effect of the Great East Japan Earthquake on cardiovascular diseases--report from the 10 hospitals in the disaster area (2013)
  • 著者名/発表者名: Aoki T, Takahashi J, Fukumoto Y, Yasuda S, Ito K, Miyata S, Shinozaki T, Inoue K, Yagi T, Komaru T, Katahira Y, Obata A, Hiramoto T
  • 雑誌名: Circ J 巻: 77(2) ページ: 490-493
  • NAID: 10031138930
  • URL: https://www.jstage.jst.go.jp/article/circj/77/2/77_CJ-12-1594/_article
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Great East Japan Earthquake Disaster and cardiovascular diseases. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tatsuo Aoki
  • 雑誌名: Eur Heart J. 巻: 33 号: 22 ページ: 2796-2803
  • DOI: 10.1093/eurheartj/ehs288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Japanese Society for Cancer of the Colon and Rectum. "Results of a Japanese nationwide multi-institutional study on lateral pelvic lymph node metastasis in low rectal cancer: is it regional or distant disease?" (2012)
  • 著者名/発表者名: Akiyoshi T, Watanabe T, Miyata S, Kotake K, Muto T, Sugihara K
  • 雑誌名: Ann Surg 巻: 255(6) 号: 6 ページ: 1129-1134
  • DOI: 10.1097/sla.0b013e3182565d9d
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical impact ofintraoperative detection of carcinoembryonic antigen mRNA in pleural lavage specimens from nonsmall cell lung cancer patients (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoh Y, Sugai S, Uehara H, Mun M, Sakao Y, Okumura S, Nakagawa K, Ishikawa Y, Miki Y, Miyata S.
  • 雑誌名: Thorac Cardiovasc Surg 巻: 60(8) 号: 08 ページ: 533-540
  • DOI: 10.1055/s-0031-1298066
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of the Great East Japan Earthquake on cardiovascular diseases--report from the 10 hospitals in the disaster area. (2012)
  • 著者名/発表者名: Aoki T, Takahashi J, Fukumoto Y, Yasuda S, Ito K, Miyata S, Shinozaki T, Inoue K, Yagi T, Komaru T, Katahira Y, Obata A, Hiramoto T, Sukegawa H, Ogata K, Shimokawa H.
  • 雑誌名: Circ J. 巻: 77(2): ページ: 490-493
  • NAID: 10031138930
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characteristics of University Spin-offs in Chemistry on the Business Relationship with Manufactures (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Miyata, S., Kameyama, H.
  • 雑誌名: Journal of Chemical Engineering of Japan 巻: 45 ページ: 239-244
  • 査読あり
• [雑誌論文] Malignant transformation of breast fibroadenoma to malignant phyllodes tumor: long-term outcome of 36 malignant phyllodes tumors. (2011)
  • 著者名/発表者名: Abe M, Miyata S, Nishimura S, Iijima K, Makita M, Akiyama F, Iwase T.
  • 雑誌名: Breast Cancer 巻: 18(4) 号: 4 ページ: 268-272
  • DOI: 10.1007/s12282-009-0185-x
  • NAID: 10030393513
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prognostic factors for survival after salvage surgery for locoregional recurrence of colon cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: Akiyoshi T, Fujimoto Y, Konishi T, Kuroyanagi H, Ueno M, Oya M, Miyata S, Yamaguchi T.
  • 雑誌名: Am J Surg. 巻: 201(6) 号: 6 ページ: 726-733
  • DOI: 10.1016/j.amjsurg.2010.03.003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Trib1 links the MEK1/ERK pathway in myeloid leukemogenesis (2010)
  • 著者名/発表者名: Yokoyama T, Kanno Y, Yamazaki Y, Takahara T, Miyata S, Nakamura T
  • 雑誌名: Blood 巻: 116(15) 号: 15 ページ: 2768-2775
  • DOI: 10.1182/blood-2009-10-246264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Therapeutic outcomes of endoscopic submucosal dissection of undifferentiated-type intramucosal gastric cancer without ulceration and preoperatively diagnosed as 20 millimetres or less in diameter. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Y, Fujisaki J, Hirasawa T, Ishiyama A, Yoshimoto K, Ueki N, Chino A, Tsuchida T, Hoshino E, Hiki N, Fukunaga T, Sano T, Yamaguchi T, Takahashi H, Miyata S, Yamamoto N, Kato Y, Igarashi M.
  • 雑誌名: Dig Endosc 巻: 22(2) 号: 2 ページ: 112-118
  • DOI: 10.1111/j.1443-1661.2010.00945.x
  • NAID: 10028186679
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discriminant model for cytologic distinction of large cell neuroendocrine carcinoma from small cell carcinoma of the lung (2010)
  • 著者名/発表者名: Hoshi R, Furuta N, Horai T, Ishikawa Y, Miyata S, Satoh Y.
  • 雑誌名: J Thorac Oncol 巻: 5(4) 号: 4 ページ: 472-478
  • DOI: 10.1097/jto.0b013e3181ce3cdd
  • 査読あり
• [雑誌論文] 適応型モデル選択基準を用いた一般化加法モデルの推定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮田敏
  • 雑誌名: 日本統計学会誌 巻: Vol.39,Series JNo.2 ページ: 369-391
  • NAID: 110007618322
  • 査読あり
• [雑誌論文] A discriminant model for cytologic distinction of large cell neuroendocrine carcinoma from small cell carcinoma of the lung (2010)
  • 著者名/発表者名: Hoshi, R., Miyata, S., et al.
  • 雑誌名: J.Thorac Oncol. 巻: 5(4) ページ: 472-478
  • 査読あり
• [雑誌論文] Therapeutic outcomes of endoscopic submucosal dissection of undifferentiated-type intramucosal gastric cancer without ulceration and preoperatively diagnosed as 20 millimetres or less in diameter (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Y, Miyata, S., et al.
  • 雑誌名: Dig Endosc. 巻: 22(2) ページ: 112-118
  • NAID: 10028186679
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tribl links the MEKI;ERK pathway in myeloid leukemogenesis (2010)
  • 著者名/発表者名: Takashi Y., Miyata.S., et al.
  • 雑誌名: Blood 巻: 116(15) ページ: 2768-2775
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prognostic factors for survival after salvage surgery for locoregional recurrence of colon cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Akiyoshi T., Miyata.S., et al.
  • 雑誌名: Am J Surg. 巻: (Epub ahead of print)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical Impact of Intraoperative Detection of Carcinoembryonic Antigen (CEA) mRNA in Pleural Lavage Specimens from Non-small Cell Lung Cancer
  • 著者名/発表者名: Satoh, Y., Sugai, S., Uehara, H., Mun, M., Sakao, Y., Okumura, S., Nakagawa, K., Ishikawa, Y., Miki, Y., Miyata, S.
  • 雑誌名: Thoracic and Cardiovascular Surgeon 巻: (In press)
  • 査読あり
• [学会発表] New software for imaging mass spectrometry data (2012)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Matsuura, Masaru Ushijima, Akiko Yuba-Kubo, Masatoshi Wakui, Mitsuyo Ohmura, Kurando Hosaka, Takahiro Hayasaka, Noritaka Masaki, Satoshi Miyata, Ikuko Yao, Mitsutoshi Setou, Kiyoshi Ogawa, Shigeki Kajihara
  • 学会等名: American Association for Cancer Research Annual Meeting
  • 発表場所: Chicago, IL. U.S.A.
  • 年月日: 2012-04-03
• [学会発表] New software for imaging mass spectrometry data (2012)
  • 著者名/発表者名: M Ushijima, A Yuba-Kubo, M Wakui, M Ohmura, K Hosaka, T Hayasaka, N Masaki, S Miyata, I Yao, M Setou, K Ogawa, S Kajihara
  • 学会等名: American Association for Cancer Research Annual Meeting 2012
  • 発表場所: Chicago, IL.U.S.A.
• [学会発表] イメージング質量分析データに基づいて領域を判別するソフトウェアの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 梶原茂樹、保坂蔵人、宮田敏、早坂孝宏、井上菜穂子、正木紀隆、久保亜希子、涌井昌俊、矢尾育子、小河潔、瀬藤光利、松浦正明
  • 学会等名: 第59回質量分析総合討論会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク大阪
  • 年月日: 2011-09-15
• [学会発表] イメージング質量分析データに基づいて領域を判別するソフトウェアの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 梶原茂樹、保坂蔵人、宮田敏、早坂孝宏、井上菜穂子、正木紀隆、久保亜希子、涌井昌俊、矢尾育子、小河潔、瀬藤光利、松浦正明
  • 学会等名: 第59回質量分析総合討論会2011
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-09-15
• [学会発表] Results of a nationwide Japanese study on lateral pelvic lymph node metastasis in low rectal cancer: Is it regional or distant disease? (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Akiyoshi, T. Watanabe, S. Miyata, K. Kotake, T. Muto, K. Sugihara (2011)
  • 学会等名: ASCO Annual Meeting: General Poster Session
  • 発表場所: Chicago, Illinois. U.S.A.
• [学会発表] Prediction of response to cancer chemotherapy by generalized additive model (2010)
  • 著者名/発表者名: Miyata, S., Matsuura, M.
  • 学会等名: 8^<th> Joint conference of AACR and JCA
  • 発表場所: Waikoloa, Hawaii, U.S.A.
  • 年月日: 2010-02-08
• [学会発表] Development of detection method for novel fusion gene using Gene Chip Exon Array (2010)
  • 著者名/発表者名: Wada, Y., Miyata, S., et al.
  • 学会等名: 8^<th> Joint conference of AACR and JCA
  • 発表場所: Waikoloa, Hawaii, U.S.A.
  • 年月日: 2010-02-08
• [学会発表] Gene Expression classification of human breast cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Koichi Nagasaki, Minoru Isomura, Masaaki Matsuura, Masaru Ushijima, Satoshi Miyata, Hutoshi Akiyama, TetsuoNoda, Yoshio Miki
  • 学会等名: 69th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 発表場所: Osaka International Convention Center, Osaka
• [学会発表] Development of detection method for novel fusion gene using GeneChip Exon Array (2010)
  • 著者名/発表者名: Yusaku Wada, Masaaki Matsuura, Minoru Sugawara, Masaru Ushijima, Satoshi Miyata
  • 学会等名: 8th Joint Conference of the American Association for Cancer Research and the Japanese Cancer Association, Cancer Genomics, Epigenomics, and the Development of Novel Therapeutics
  • 発表場所: Hilton Waikoloa Village Waikoloa, Hawaii. U.S.A.
• [学会発表] Prediction of response to cancer chemotherapy by generalized additive model (2010)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Miyata, Masaaki Matsuura
  • 学会等名: 8th Joint Conference of the American Association for Cancer Research and the Japanese Cancer Association, Cancer Genomics, Epigenomics, and theDevelopment of Novel Therapeutic
  • 発表場所: Hilton Waikoloa Village Waikoloa, Hawaii. U.S.A.
• [学会発表] Gene Expression classification of human breast cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki, K., Miyata, S., et al.
  • 学会等名: 69^<th> Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 発表場所: 大阪国際会議場
• [学会発表] 原発性肺癌における細胞診での予後の推測に関する検討 (2010)
  • 著者名/発表者名: 星利良, 宮田敏, et al.
  • 学会等名: 第51回日本肺癌学会総会
  • 発表場所: 広島国際会議場
• [学会発表] 可変節点スプラインを用いた非線型時系列モデルの解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮田敏
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 早稲田大学早稲田キャンパス
• [学会発表] Application of generalized additive models to prediction of response to cancer chemotherapy (2010)
  • 著者名/発表者名: Miyata, S., Matsuura, M.
  • 学会等名: 第69回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
• [学会発表] Development of detection method for novel fusion gene using Gene Chip Exon Arrav (2010)
  • 著者名/発表者名: Wada, Y., Miyata, S., et al.
  • 学会等名: 第69回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場