| 研究課題/領域番号 |
22500277
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 独立行政法人医薬基盤研究所 |
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研究代表者 |
シャンダー アハマド (AHMAD Shandar) 独立行政法人医薬基盤研究所, 創薬基盤研究部, 研究員 (80463298)
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| 研究期間 (年度) |
2010 – 2012
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| 研究課題ステータス |
完了 (2012年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2010年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / Prediction / Binding sites / Protein interactions / Evolutionary profiles / Partner-aware prediction / Neural network / Transfer of training / Protein complex / Residue-pair / Protein-protein interaction / Binding site / Protein function / Amino acids / Protein structure / protein function |
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| 研究概要 |
蛋白質間相互作用部位及び相互作用相手の予測法と、蛋白質複合体を分類するための類似性指標を開発した。方法の中心はニューラルネットワークのアンサンブルを用いる点にある。予測モデルの精度は、クエリー毎にリアルタイムでモデルのトレーニングを行なうことで、著しく向上した。また、訓練データ内に蛋白質Qが存在することで、蛋白質Pの予測精度がどれだけ向上するかをもって、蛋白質PQ間の類似性指標とした。ゲノム解析への応用のため、より高速な予測モデルを開発した。
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