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等電点無制限RFHR・2D・PAGE による原核生物翻訳系蛋白質の包括的解析

研究課題

研究課題/領域番号 22510210
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 ゲノム生物学
研究機関株式会社吉田生物研究所 (2012)
株式会社吉田生物研究所(バイオ情報研究部門) (2010-2011)

研究代表者

和田 明  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 部門長 (80025387)

研究分担者 上田 雅美  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部, 研究員 (30512511)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2011年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2010年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード翻訳 / RFHR法 / プロテオミクス / リボソーム / 100Sリボソーム / 源核生物 / 原核生物
研究概要

部門長本研究で等電点無制限RFHR・2D・PAGE の分離能と定量性をさらに向上させ、バクテリアの翻訳系蛋白質の包括的解析に適用した。我々が発見した100Sリボソーム(70Sのニ量体)の形成に関わる蛋白質群に重点を置き、バクテリア15種について解析した結果、バクテリアには二つの異なった100Sリボソームが存在することがわかった。一つは遍在するlongHPF によって形成され、他はγグループのみに存在するRMFによって形成される。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (63件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (52件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Conservation of two distinct types of 100S ribosome in bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Takashi Daifuku, Yoshihiko Sako, Yoshitaka Bessho, Aya Kitamura, Ryosuke L. Ohniwa, Kazuya Morikawa, Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Keiichi Namba and Akira Wada
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 18(in press)

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conservation of two distinct types of 100S ribosome in bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      M. Ueta, et. al.
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 18-7 ページ: 554-574

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] YqjD is an inner membrane protein associated with stationary-phase ribosomes in Escherichia coli.2012

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Shou Furuike , Akiko Sakai, Masami Ueta, Akira Wada.
    • 雑誌名

      J Bacteriol.

      巻: 194 号: 16 ページ: 4173-4183

    • DOI

      10.1128/jb.00396-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic Analysis Regarding Resistance to Anticancer Drugs Using a 5-Fluorouracil-Resistant Human Gastric Cancer Cell Line and The Radical-Free and Highly Reducing Method of Two-Dimensional Electrophoresis (PDF)2011

    • 著者名/発表者名
      A. OGATA, Akira WADA, Masami UETA, H. FUSHITANI, S. TANAKA, K. KIMURA, A. SAKAI, H. YOSHIDA, A. MIYAMOTO, Y. FUJITA and N. TANIGAWA
    • 雑誌名

      BULLETIN OF THE OSAKA MEDICAL COLLEGE

      巻: 57 ページ: 31-38

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis regarding resistance to anticancer drugs using a 5-fluorouracil-resistant human gastric cancer cell line and the radical-free and highly reducing method of two-dimensional electrophoresis2011

    • 著者名/発表者名
      A.Ogata
    • 雑誌名

      Bulletin of the Osaka Medical College

      巻: 57 ページ: 31-38

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two mechanisms for 100S ribosome formation in eubacteria2011

    • 著者名/発表者名
      M.Ueta
    • 雑誌名

      Genes Genet.Syst.

      巻: 86 ページ: 420-420

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparative proteomic analysis of the ribosomes in 5-fluorouracil resistance of a human colon cancer cell line using the radical-free and highly reducing method of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis2010

    • 著者名/発表者名
      Kousei Kimura , Akira Wada Masami Ueta , Ogata A, Tanaka S, Sakai A, Yoshida H, Fushitani H, Miyamoto A, Fukushima M, Uchiumi T, Tanigawa N.
    • 雑誌名

      Int J Oncol.

      巻: 37 ページ: 1271-1278

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron cryomicroscopy.2010

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 9 号: 6 ページ: 18719-18724

    • DOI

      10.1016/j.str.2010.02.017

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage ravealed by electron cryomicroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kato
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 18 ページ: 719-724

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] バクテリアには保存された二つのタイプの100Sリボソームが存在する.2013

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第2回リボソームミーティング
    • 発表場所
      東京農工大学農学部
    • 年月日
      2013-03-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 100Sリボソーム形成に対するcAMP-CRPの関与2013

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第2回リボソームミーティング
    • 発表場所
      東京農工大学農学部
    • 年月日
      2013-03-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] バクテリアには保存された二つのタイプの10 0Sリボソームが存在する2013

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第二回リボソームミーテイング
    • 発表場所
      東京農工大農学部
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 100Sリボソーム形成に対するcAMP-CRPの関与2013

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶, 上田雅美、和田千恵子、和田明、石浜明
    • 学会等名
      第二回リボソームミーテイング
    • 発表場所
      東京農工大農学部
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 飢餓的ストレス存在下における細菌の生存戦略2012

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] バクテリアには二つのタイプの100Sリボソームが存在する2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 100Sリボソーム形成遺伝子rmfのcAMP-CRPによる転写制御2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の栄養飢餓環境における遺伝子発現応答2012

    • 著者名/発表者名
      牧泰史
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Bio-molecular Imaging with XFEL Technology at Spring-8/SACLA2012

    • 著者名/発表者名
      別所義隆
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2012-12-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Comparison between two distinct machanisms for 100S ribosome formation in bacteria2012

    • 著者名/発表者名
      M. Ueta
    • 学会等名
      第84回日本遺伝学会
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2012-09-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 100Sリボソーム形成遺伝子rmfの転写制御2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第14回日本RNA学会
    • 発表場所
      東北大学百周年記念館
    • 年月日
      2012-07-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 真正細菌には二つのタイプの100Sリボソームが存在する2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第14回日本RNA学会
    • 発表場所
      東北大学百周年記念館
    • 年月日
      2012-07-19
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] RFHR 2D PAGEによるリボソーム研究2012

    • 著者名/発表者名
      和田明
    • 学会等名
      第1回リボソーム・ミーテイング
    • 発表場所
      広島大・生物生産学部(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Translational hibernation stageへの移行機構解明2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第1回リボソーム・ミーテイング
    • 発表場所
      広島大・生物生産学部
    • 年月日
      2012-03-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Eubacteriaにおける二つのタイプの100Sリボソーム形成2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第1回リボソーム・ミーテイング
    • 発表場所
      広島大・生物生産学部
    • 年月日
      2012-03-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の栄養飢餓環境における遺伝子発現応答2012

    • 著者名/発表者名
      牧泰史、武内力矢、道瀬ひとみ、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Spring-8/SACLA での生体試料イメージング手法の開発2012

    • 著者名/発表者名
      別所義隆、城地保昌、木村隆志、渋谷明美、木村彩、上田雅美、和田明、竹内昌治、坂口利文、仁田原翔太、玉腰雅忠、森屋利幸、大島泰郎、西野吉則
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリアには二つのタイプの1 0 0S リボソームが存在する2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高史、別所義隆、北村彩、大庭良介、森田一也、難波啓一、和田明
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 1 0 0 S リボソーム形成遺伝子rmf のcAMP-CRP による転写調節2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田千恵子、和田明、石浜明
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 飢餓的ストレス条件下における細菌の生存戦略2012

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之、上田雅美、宮田知子、吉田秀司、和田千恵子、和田 明、難波啓一
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 真正細菌における二つのタイプの100Sリボソームの比較2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高文、別所義隆、北村彩、大庭良介、森川一也、難波啓一、和田明
    • 学会等名
      第84回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      九州大学医学部100年講堂
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 真正細菌には二つのタイプの100Sリボソームが存在する2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高文、別所義隆、北村彩、大庭良介、森川一也、難波啓一、和田明
    • 学会等名
      第14回RNA学会年会
    • 発表場所
      東北大学100周年記念会館
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 100Sリボソーム形成遺伝子rmf の転写制御2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田千恵子、和田明、和田明、石浜明
    • 学会等名
      第14回RNA学会年会
    • 発表場所
      東北大学100 周年記念会館
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] RFHR 2D PAGE によるリボソームの研究2012

    • 著者名/発表者名
      和田明
    • 学会等名
      第1回リボソームミーテイング
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Translational hibernation stage への移行機構解明2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
    • 学会等名
      第1回リボソームミーテイング
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Eubacteria における二つのタイプの100Sリボソーム形成2012

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、難波啓一、和田明
    • 学会等名
      第1回リボソームミーテイング
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子破壊株を用いた大腸菌のストレス応答の解析2011

    • 著者名/発表者名
      牧泰史
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Two mechanisms for 100S ribosome formation in eubacteria2011

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 内膜およびリボソームに結合する大腸菌蛋白質YqjDの特性2011

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子破壊株を用いた大腸菌の栄養ストレス応答の解析2011

    • 著者名/発表者名
      牧泰史、道瀬ひとみ、竹内力矢、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Two mechanisms for 100S ribosome formation in eubacteria2011

    • 著者名/発表者名
      Ueta Masami, Chieko Wada, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Takashi Daifuku, Yoshihiko Sako, Nammba Keiichi, Akira Wada
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 内膜およびリボソームに結合する大腸菌タンパク質YqjD の特性2011

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、牧泰史、古池晶、境晶子、上田雅美、和田明
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Eubacteria におpける二つのタイプの100Sリボソーム形成2011

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、大福高史、左子芳彦、和田明
    • 学会等名
      第83回日本遺伝学会
    • 発表場所
      京都大学農学部農学研究科
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Two types of 100S ribosome formation in eubacteria2011

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the RNA Society
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Structure of 100S ribosome in the hibernation2011

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Yasushi Maki, Shu Furuike, Masami Ueta, Akira Wada and Keiichi Namba
    • 学会等名
      the 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Eubacteriaにおける二つのタイプの100Sリボソーム形成2011

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第83回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      京都大学・農学部農学研究科
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Two mechanisms for 100S ribosome formation in eubacteria2011

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      The 16^<th> Annual meeting of the RNA society The 12^<th> Annual meeting of the RNA society of Japan
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage2011

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      The 16^<th> Annual meeting of the RNA society The 12^<th> Annual meeting of the RNA society of Japan
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 100Sリボソームの構造rとその特徴2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 3種のグラム陽性細菌が100Sリボソームを形成する2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム2010

    • 著者名/発表者名
      牧泰史、道瀬ひとみ、竹内力矢、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPF(hibernation promoting factor)ホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第82回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      北海道大学高等教育機能開発総合センター
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Cryo-EM により明らかにされた100Sリボソームの特徴2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
    • 学会等名
      第12回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      一ツ橋記念講堂
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPF(hibernation promoting factor)ホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、吉田秀司、和田明
    • 学会等名
      第12回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      一ツ橋記念講堂
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Formation of 100S ribosomes by HPF homolog in gram positive bacteria2010

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta
    • 学会等名
      Ribosome 2010
    • 発表場所
      Orvieto Italy
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structure of the 100S ribosome demonstrated by electron microscopy2010

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida
    • 学会等名
      Ribosome 2010
    • 発表場所
      Orvieto Italy
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Cryo-EMにより明らかにされた100Sリボソームの特徴2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第12回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      東京・国立情報学研究所
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPFホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第12回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      東京・国立情報学研究所
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 100Sリボソームの構造とその特徴2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • 発表場所
      神戸・ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 3種のグラム陽性細菌Lactobacillusが100Sリボソームを形成する2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • 発表場所
      神戸・ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム2010

    • 著者名/発表者名
      牧泰史
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • 発表場所
      神戸・ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPFホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • 著者名/発表者名
      上田雅美
    • 学会等名
      日本遺伝学会第82回大会
    • 発表場所
      札幌・北海道大学
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考] 株式会社吉田生物研究所のホームページ

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] 吉田生物研究所URL

    • URL

      http://www.yoshidabio.co.jp/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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