| 研究課題/領域番号 |
22510213
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム医科学
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
光永 滋樹 東海大学, 医学部, 教授 (20510051)
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| 研究分担者 |
猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
井ノ上 逸朗 東海大学, 医学部, 教授 (00192500)
椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
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| 研究期間 (年度) |
2010 – 2012
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| 研究課題ステータス |
完了 (2012年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2011年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2010年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
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| キーワード | 疾患関連遺伝子 / 稀少変異 / 関節リウマチ / エクソーム解析 / 感受性遺伝子 / 稀少変異体 / 次世代シーケンサ / 希少変異体 / Long-Range PCR / Exome解析 |
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| 研究概要 |
19例のRA患者のエクソーム解析を行い、非自己免疫疾患患者のエクソーム解析結果44例と比較した。RA感受性遺伝子の場合、アミノ酸変異をともなうlow/rare variantの1遺伝子あたりの数は対象群よりも多いと考えられるので、その値を比較し、RA感受性候補遺伝子の絞り込みを行った。その後、患者群48例、対象群48例で SNV のvalidationと1次スクリーニングを行い、p 値が0.1以下のものは患者群432例、対象群432例で関連解析を行った。絞り込んだ15遺伝子のなかで1次スクリーニングのp 値が0.1以下のものはBTNL2, NOTCH4, MYPNの3遺伝子だけであった。これら3遺伝子の関連解析で得られた最も低いp値は、NOTCH4: p = 4.02E-12、MYPN: p = 0.0047、BTNL2: p = 4.55E-09であった。BTNL2はHLA-DRB1とNOTCH4の間に存在し、どちらからも170 kb の距離にあるが、それらの遺伝子のRA感受性アリルで補正を行っても完全連鎖にある3つのSNPはRAとの有意な関連を保持していた(DRB1*04:05, *04:01, *10:01: p = 0.0156, rs2071282-T in NOTCH4: p = 0.00368)。これらの結果から、BTNL2はHLA-DRB1 およびNOTCH4からは独立してRA感受性を付与すると考えられた。
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