架橋反応の頻度で測るクロマチン構造と幹細胞研究への応用

• 研究課題/領域番号: 22510219
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 藤田保健衛生大学
• 研究代表者: 石原 悟 藤田保健衛生大学, 医学部, 講師 (00300723)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円); 2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2011年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2010年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: ゲノム解析技術 / クロマチン / ヌクレオソーム / ホルマリン / 転写 / SEVENS法 / プロモーター

研究概要

クロマチンをホルマリンで処理すると、ヌクレオソーム間が架橋されます。この反応では、ヌクレオソームの密度が大きいほどよく架橋されて大きな粒子になります。その大きさの異なる粒子を沈降速度法で分画することにより、密なヌクレオソームのクロマチンと疎なヌクレオソームのクロマチンを分離することに成功しました。SEVENS法と名付けたこの方法の汎用性を向上させるため、さらに架橋条件などに改良を加えました。

研究成果

• [雑誌論文] The roleof IL-15 in activating STAT5 and fine- tuning IL-17A production in CD4 T lymphocytes (2012)
  • 著者名/発表者名: Pandiyan,P., Yang,XP., Saravanamuthu, SS., Zheng,L., Ishihara,S., O'Shea, JJ., and Lenardo, MJ
  • 雑誌名: J. Immunol 巻: 189 号: 9 ページ: 4237-4246
  • DOI: 10.4049/jimmunol.1201476
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-step binding of transcription factors causes sequential chromatin structural changes at the activated IL-2 promoter (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishihara, S. and Schwartz, RH
  • 雑誌名: J. Immunol 巻: 187 号: 6 ページ: 3292-3299
  • DOI: 10.4049/jimmunol.1003173
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-step binding of transcription factors causes seguential chromatin structural changes at the activated IL-2 promoter (2011)
  • 著者名/発表者名: Satoru Ishihara
  • 雑誌名: The Journal of Immunology 巻: 187 ページ: 3292-3299
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new fractionation assay,based on the size of formaldehyde crosslinked, mildly sheared chroma-tin, delineates the chromatin struc-ture at promoter regions (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishihara, S., Varma, R., and Schwartz,RH
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 38 号: 11 ページ: e124-e124
  • DOI: 10.1093/nar/gkq203
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new fractionation assay, based on the size of formaldehyde-crosslinked, mildly sheared chromatin, delineates the chromatin structure at promoter regions. (2010)
  • 著者名/発表者名: Satoru Ishihara
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 38
  • 査読あり
• [学会発表] The chromatin structure responsible for the degree of the promoter activity (2012)
  • 著者名/発表者名: 琴村直恵,原田信広,石原悟
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] CYP19遺伝子のプロモーター選択機構:密なクロマチン構造でプロモーターを選択的に抑制する (2012)
  • 著者名/発表者名: 石原悟,琴村直恵,原田信広
  • 学会等名: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京.
• [学会発表] CYP19遺伝子のプロモーター選択機構：密なクロマチン構造でプロモーターを選択的に抑制する (2012)
  • 著者名/発表者名: 石原悟、琴村直恵、原田信広
  • 学会等名: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] The chromatin structure responsible for the degree of the promoter activity. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kotomura, N., Harada, N., Ishihara, S.
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] The contribution of histone modifications to alternative promoter usage of the human CYP19 gene (2011)
  • 著者名/発表者名: 石原悟
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] ヒストンH3K27のトリメチル化によるアロマターゼ遺伝子プロモーターの選択的不活性化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石原悟,琴村直恵,西芳寛,野村政壽,柳瀬敏彦,原田信広
  • 学会等名: 第19回日本ステロイドホルモン学会学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2011-11-26
• [学会発表] ヒストンH3K27のトリメチル化によるアロマターゼ遺伝子プロモーターの選択的不活性化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石原悟
  • 学会等名: 第19回日本ステロイドホルモン学会学術集会
  • 発表場所: 福岡大学病院メディカルホール(福岡県福岡市)
  • 年月日: 2011-11-26
• [学会発表] Condensed Chromatin Marked by K27-Trimethylated Histone H3 Determines Alternative Promoter Usage of the CYP19 Gene (2011)
  • 著者名/発表者名: 石原悟
  • 学会等名: 第5回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: KKRホテル熊本(熊本県熊本市)
  • 年月日: 2011-05-19
• [学会発表] The contribution of histone modifica-tions to alternative promoter usage of the human CYP19 gene. (2011)
  • 著者名/発表者名: 琴村直恵,原田信広,石原悟
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会.
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] CondensedChromatin Marked by K27-Trimethy-lated Histone H3 Determines Alterna-tive Promoter Usage of the CYP19 Gene (2011)
  • 著者名/発表者名: 石原悟,琴村直恵,原田信広
  • 学会等名: 第5回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] Condensed chromatin marked by K27-trimethylated histone H3 determines alternative promoter usage of the CYP19 gene (2011)
  • 著者名/発表者名: Kotomura,N.,Harada,N.,Ishihara,S
  • 学会等名: CDB Symposium"Epigene- tic landscape in development and dis-ease
  • 発表場所: Kobe,JAPAN
• [学会発表] Sequential rearrangement and eviction of nucleo-somes allow interleukin-2 transcrip-tion following T cell activation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishihara,S.,Schwartz,RH
  • 学会等名: The NIBB Conference "DYNAMICGENOME
  • 発表場所: Okazaki, JAPAN
  • 年月日: 2010-10-16
• [学会発表] Sequential rearrangement and eviction of nucleosomes allow interleukin-2 transcription following T cell activation. (2010)
  • 著者名/発表者名: 石原悟
  • 学会等名: The NIBB Conference "DYNAMIC GENOME"
  • 発表場所: 自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • 年月日: 2010-10-16