ゲノムスキャニングによる生物活性物質探索系の確立

• 研究課題/領域番号: 22510223
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 国立感染症研究所
• 研究代表者: 石川 淳 国立感染症研究所, 生物活性物質部, 室長 (40202957)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2010年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: ゲノム / 次世代シークエンサー / 抗生物質 / 応用微生物 / 創薬 / 生物活性物質

研究概要

放線菌ゲノムに含まれる未知の生物活性物質生合成遺伝子クラスターの探索系を開発するために、Nocardia brasiliensis IFMO406株において次世代シークエンサーを用いたゲノムスキャニングを行い、多くの生物活性物質生合成遺伝子クラスター候補を見出し、そのうちのひとつについては、調節遺伝子の強制発現によって代謝産物を検出することができた。この手法は新規な生物活性物質の探索に有効であると考えられる。

研究成果

• [雑誌論文] Complete genome sequence of the motile actinomycete Actino-planes missouriensis 431^T (= NBRC 102363^T) (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamura, H., Ohnishi, Y., Ishikawa, J., Ichikawa, N., Ikeda, H., Sekine, M., Harada, T., Horinouchi, S., Otoguro, M., Tamura, T., Suzuki, K., Hoshino, Y., Arisawa, A., Nakagawa, Y., Fujita, N., and Hayakawa, M.
  • 雑誌名: Stand. Genomic Sci. 巻: 7 ページ: 294-303
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of nocobactin NA biosynthetic gene clusters in Nocardia farcinica. (2011)
  • 著者名/発表者名: Hoshino, Y., Chiba, K., Ishino, K., Fukai, T., Igarashi. Y., Yazawa, K., Mikami, Y., and Ishikawa, J.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 巻: 193 ページ: 441-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of nocobactin NA biosynthetic gene clusters in Nocardia farcinica. (2011)
  • 著者名/発表者名: Hoshino, Y.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 193 ページ: 441-448
  • 査読あり
• [学会発表] De novoアセンブリーの最適化と二次代謝生合成遺伝子発見ツールの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石川淳
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] 二次代謝産物研究における次世代シークエンサーの利用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 石川淳
  • 学会等名: 日本農芸化学会東北支部シンポジウム
  • 発表場所: 秋田
  • 年月日: 2012-06-30
• [学会発表] 次世代シークエンサーによる「とりあえずゲノム」解析のすすめ (2012)
  • 著者名/発表者名: 石川淳
  • 学会等名: 第56回日本医真菌学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Nocobactin NA biosynthesis gene clusters in Nocardia farcinica (2011)
  • 著者名/発表者名: Hoshino, Yasutaka
  • 学会等名: 16th International Symposium on the Biology of Actinomycetes
  • 発表場所: Mexico
  • 年月日: 2011-12-11
• [学会発表] Nocobactin NA biosynthesis gene clusters in Nocardia farcinica (2011)
  • 著者名/発表者名: Hoshino, Y, Chiba, K., Ishino, K. and Ishikawa, J.
  • 学会等名: 16th Intl. Symp. on the Biology of Actinomycetes
  • 発表場所: Puerto Vallarta, Mexico
• [学会発表] 次世代シークエンサーによるMicromonospora griseorubidaのゲノム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 石川淳
  • 学会等名: 第25回日本放線菌学会大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-09-02