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解析困難な蛋白質の高精度立体構造決定法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22510237
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物分子科学
研究機関首都大学東京

研究代表者

伊藤 隆  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (80261147)

研究分担者 三島 正規  首都大学東京, 大学院・理工学研究科, 准教授 (70346310)
PETER Guentert  首都大学東京, 戦略研究センター, 客員教授 (20392110)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2011年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードNMR / プロテオミクス / 立体構造 / 最大エントロピー法 / 非線形サンプリング / 蛋白質 / 自動立体構造計算 / 異種核次元NMR
研究概要

本研究は,構造プロテオミクス研究をさらに前進させるための新しい技術基盤の創生を目指し,解析が非常に困難な生体高分子試料(実験条件下で不安定,溶解度が低い等)に対して,構造・機能解析を行う手段として,実験科学と情報・計算科学を融合した新しい総合的なアプローチを模索するものである
H22年度は,本研究の2つの研究手テーマのうち「迅速で高感度な異種核多次元NMR測定法」として,非線形サンプリング法を利用し,従来法の10%以下の測定時間で同程度の感度・分解能と,正確なクロスピークの相対強度を持つスペクトルを得る方法の検討を行った.その結果,半日~1日程度の測定時間で従来法に比して充分な感度と分解能の4D NMR測定が可能であること,またNOESYスペクトルのようにある程度の強度の正確性が要求される測定にも適用可能であることが示された.また,従来のMaxEntを用いたデータ処理法の改良版であるquantitative MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD)を用いた精度の高い多次元NMRスペクトルの再構成ソフトウェアの検討も行った
また,「限られた構造情報からの効率的な立体構造解析法」として,NOESYスペクトルのみから完全に自動で立体構造解析を行うシステムの構築に成功した.このように客観的で再現性の高い解析法は,様々なより難しい試料において非常に有用であると考えられる

報告書

(1件)
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, (他7名)
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMR protein structure determination in living E.coli cells using nonlinear sampling2010

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, (他15名)
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 5 ページ: 1051-1060

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cellular structural biology2010

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito, (他1名)
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 20 ページ: 640-648

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] In-cell NMR studies of protein structure and dynamics inside living cells2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2010-09-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structure and dynamics of proteins at work inside cells2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆
    • 学会等名
      XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      ケアンズ, オーストラリア
    • 年月日
      2010-08-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 広がるNMRの世界-40人の研究者からの熱いメッセージ-2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆(分担執筆)
    • 総ページ数
      192
    • 出版者
      コロナ社
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2016-04-21  

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