低酸素環境に潜む初期菌類群「LKM11クレ-ド」の実像と進化を探る

• 研究課題/領域番号: 22570105
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 東筑紫短期大学
• 研究代表者: 長濱 統彦 東筑紫短期大学, 食物栄養学科, 講師 (10359169)
• 研究分担者: 長野 由梨子 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 研究員 (30512917) ; 宮崎 征行 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 技術研究副主事 (50399573)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2011年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 菌類 / LKM11 クレード / 初期進化 / LKM11クレード

研究概要

西日本8ヶ所の湖沼堆積物を採取し、菌類DNAを解析することで、菌類初期進化の解明を試みた。菌類特異的PCRによる培養非依存法により、大量の新規菌類多様性を見出した。400系統型が真菌に関連し、うち213が97%基準で新規系統型であった。非Dikarya菌類は53.3%を占め、うち74.8%が新規系統型と推定された。LKM11系統型は全て新規であった。西日本の湖沼環境に存在する初期菌類系統は、全真菌系統型の過半数を占め、予想を超えた大きな多様性と新規性を示していた。

研究成果

• [雑誌論文] Fungal diversity in deep-sea extreme environments (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagano, Y. & Nagahama, T.
  • 雑誌名: Fungal Ecology 巻: 5巻 号: 4 ページ: 463-471
  • DOI: 10.1016/j.funeco.2012.01.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Hadal Amphipod Hirondellea gigas possessing a unique cellulase for digesting wooden debris buried in the deepest seafloor (2012)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi H, Hatada Y, Tsubouchi T, Nagahama T, Takami H
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7(8) 号: 8 ページ: 42727-42727
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0042727
  • 査読あり
• [雑誌論文] Halosarpheia japonica sp. nov.(Halosphaeriales, Ascomycota) from marine habitats in Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Abdel-Wahab, M.A. & Nagahama, T.
  • 雑誌名: Mycological Progress 巻: 11巻 号: 1 ページ: 85-92
  • DOI: 10.1007/s11557-010-0731-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Geofilum rubicundum gen. nov., sp. nov.,isolated from deep subseafloor sediment (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, M., Koide, O., Kobayashi, T.,Mori, K., Shimamura, S., Nunoura, T.,Imachi, H., Inagaki, F., Nagahama, T.,Nogi,Y.,Deguchi,S.& Takai,K.
  • 雑誌名: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 巻: 62巻 号: Pt_5 ページ: 1075-1080
  • DOI: 10.1099/ijs.0.032326-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Abdel‐Wahab, M. A. & Miyazaki, M.Molecular evidence that deep‐branching fungi are major fungal components in deep‐sea methane cold‐seep sediments (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagahama, T., Takahashi, E., Nagano,Y.
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 巻: 13巻 号: 8 ページ: 2359-2370
  • DOI: 10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Yeast extract stimulates production of glycolipid biosurfactants,mannosylerythritol lipids, by Pseudozyma hubeiensis SY62 (2011)
  • 著者名/発表者名: Konishi, M., Nagahama, T., Fukuoka, T.,Morita, T., Imura, T., Kitamoto, D.&Hatada, Y.
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 111巻 号: 6 ページ: 702-705
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2011.02.004
  • NAID: 110008672819
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microbulbifer chitinilyticus sp. nov. and Microbulbifer okinawensis sp. nov.,chitin-degrading bacteria isolated from mangrove forests (2011)
  • 著者名/発表者名: Baba, A., Miyazaki, M., Nagahama, T.& Nogi, Y.
  • 雑誌名: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 巻: 61巻 号: 9 ページ: 2215-2220
  • DOI: 10.1099/ijs.0.024158-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gesasha (Halosphaeriales, Ascomycota), a new genus with three new species from the Gesashi mangroves in Japan (2011)
  • 著者名/発表者名: Abdel-Wahab, M. A. & Nagahama, T.
  • 雑誌名: Nova Hedwigia 巻: 92巻 号: 3-4 ページ: 497-512
  • DOI: 10.1127/0029-5035/2011/0092-0497
  • 査読あり
• [雑誌論文] 深海環境における真菌多様性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 長野由梨子&長濱統彦
  • 雑誌名: 高圧力の科学と技術 巻: 20巻 ページ: 321-329
  • NAID: 10027681025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fungal diversity in deep-sea sediments -the presence of novel fungal groups (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagano, Y., Nagahama, T., Hatada, Y.,Nunoura, T., Takami, H., Miyazaki, J.,Takai, K. & Horikoshi, K.
  • 雑誌名: Fungal Ecology 巻: 3巻 号: 4 ページ: 316-325
  • DOI: 10.1016/j.funeco.2010.01.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biosurfactant-producing yeast isolated from Calyptogena soyoae (deep-sea cold-seep clam) in the deep sea (2010)
  • 著者名/発表者名: Konishi, M., Fukuoka, T., Nagahama, T.,Morita, T., Imura, T., Kitamoto, D. & Hatada, Y.
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 110巻 号: 2 ページ: 169-175
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2010.01.018
  • NAID: 110007700565
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fungal diversity in deep-sea sediments-the presence of novel fungal groups (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuriko Nagano
  • 雑誌名: Fungal Ecology 巻: 3 ページ: 316-325
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biosurfactant-producing yeast isolated from Calyptogena soyoae (deep-sea cold-seep clam) in the deep sea (2010)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Konishi
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 110 ページ: 169-175
  • 査読あり
• [雑誌論文] Halosarpheia japonica sp.nov.(Halosphaeriales, Ascomycota) from marine habitats in Japan (2010)
  • 著者名/発表者名: Mohamed Armed Abdel-Wahab
  • 雑誌名: Mycological Progress
  • 査読あり
• [雑誌論文] 深海環境における真菌多様性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 長野由梨子
  • 雑誌名: 高圧力の科学と技術 巻: 20 ページ: 321-329
  • NAID: 10027681025
• [図書] Fungal Diversity in Deep-Sea Environments In Biology of Marine Fungi,Progress in Molecular and Subcellular Biology,Edited by C. Raghukumar (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagahama, T. & Nagano, Y. Cultured and Uncultured
  • 出版者: Springer Berlin Heidelberg