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固体NMRによる新規室温磁場配向膜を用いた膜表在性タンパク質脂質結合機能の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22570126
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関分子科学研究所

研究代表者

西村 西村 (西村 勝之)  分子科学研究所, 物質分子科学研究領域, 准教授 (00334631)

連携研究者 谷生 道一  分子科学研究所, 物質分子科学研究領域, 特任助教 (10416662)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2010年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード生物科学 / 構造生物化学 / 膜タンパク質 / 固体NMR / 配向試料 / バイセル / 膜表在性 / PLCδ1 / PHドメイン / 開発 / PLC-δ1
研究概要

本研究では、ヒト由来のPLC-δ1の脂質結合部位であるPHドメイン(hPH)の脂質結合機構を解明するため、新規開発したNative-PAGEを用いた評価法により、hPHのIP3への結合活性、および熱安定性を解析した。次に溶液NMRを用いた解析で、水相でのhPHのIP3結合に伴うα2へリックス部位が関与する連鎖的な局所的構造変化を検出し、分子内相互作用ネットワークにより、hPHのリガンド結合機能が調節されていることが判明した。さらに、固体NMRを用いた解析から、hPHがPIP2を含有する脂質二重膜の表面に結合後、不均一構造を誘起することが判明し、不可逆的な脂質膜内部への挿入が示唆された。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (23件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Difference in the structures of alanine tri- and tetra-peptides with antiparallel β-sheet assessed by X-ray diffraction, solid-state NMR and chemical shift calculations by GIPAW2013

    • 著者名/発表者名
      T. Asakura, K. Yazawa, K. Horiguchi, F. Suzuki, Y. Nishiyama, K. Nishimura, H. Kaji
    • 雑誌名

      Biopolymers

      巻: 101 号: 1 ページ: 13-20

    • DOI

      10.1002/bip.22241

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intramolecular allosteric interaction in the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain2013

    • 著者名/発表者名
      M.Tanio, K.Nishimura
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta

      巻: 1834 号: 6 ページ: 1034-1043

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2013.01.034

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Determination of accurate ^1H positions of alanine tripeptide with anti-parallel and parallel β-sheet structures by high resolution ^1H solid state NMR and GIPAW chemical shift calculation2012

    • 著者名/発表者名
      K. Yazawa, F. Suzuki, Y. Nishiyama, T. Ohata, A. Aoki, K. Nishimura, H. Kaji, and T. Asakura
    • 雑誌名

      Chem. Comm

      巻: 48 号: 91 ページ: 11199-11201

    • DOI

      10.1039/c2cc36300c

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain using Native polyacrylamide gel electrophoresis2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tanio, and K. Nishimura
    • 雑誌名

      Anal. Biochem

      巻: 431 号: 2 ページ: 106-114

    • DOI

      10.1016/j.ab.2012.09.012

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and orientation of bovine lactoferrampin in the bacterial membrane as revealed by Solid-State NMR and molecular dynamics simulation.2012

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tsutsumi, Namsrai Javkhlantugs, Atsushi Kira, Masako Umeyama, Izuru Kawamura, Kazuyoshi Ueda and Akira Naito
    • 雑誌名

      Biophycal. Journal

      巻: 103 号: 8 ページ: 1735-1743

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.09.010

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 2^H quadrupolar Carr-Purcell-Meiboom- Gill NMR for paramagnetic solids2011

    • 著者名/発表者名
      T. Iijima, and K. Nishimura
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: 514 ページ: 181-186

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ^2H quadrupolar Carr-Purcell-Meiboom-Gill NMR for paramagnetic solids2011

    • 著者名/発表者名
      T.Iijima, K.Nishimura
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 514 号: 1-3 ページ: 181-186

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.08.058

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Structure of Bombolitin II Bound to Lipid Bilayers as Revealed by Solid-state NMR and Molecular -Dynamics Simulation2010

    • 著者名/発表者名
      S. Toraya, N. Javkhlantugs, D. Mishima, K. Nishimura, K. Ueda, and A. Naito
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 99

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Structure of Bombolitin II Bound to Lipid Bilayers as Revealed by Solid-state NMR and Molecular-Dynamics Simulation2010

    • 著者名/発表者名
      S.TORAYA, N.JAVKHLANTUGS, D.MISHIMA, K.NISHIMURA, K.UEDA, A.NAITO
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 99 ページ: 3282-3289

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] NMR and Native-PAGE analyses of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tanio, and K. Nishimura
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の1^H精密位置決定~超高速MAS1H固体NMRによる1H DQMAS測定とGIPAW化学シフト計算~2012

    • 著者名/発表者名
      矢澤宏次、鈴木不律、西山裕介、西村勝之、梶弘典、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] The short α2-helix of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain contributes to stable IP_3 binding2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tanio, K. Nishimura
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 脂質二重膜上におけるDef6 PH ドメインの高次構造の解析2012

    • 著者名/発表者名
      N. Tokuda, M. Tanio, K. Nishimura, T. Kohno, D. Yokogawa, T. Ikegami, S. Tuzi
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 1^H固体NMRの新時代 ~1^Hの位置からみるペプチドおよびタンパク質の分子間構造解析~2012

    • 著者名/発表者名
      矢澤宏次、杉本真理、西山裕介、西村勝之、鈴木不律、梶弘典、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第61回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 高分解能1^H 固体NMR を用いた家蚕絹結晶部モデルペプチドの分子間構造解析"2012

    • 著者名/発表者名
      大畑卓也,矢澤宏次,青木昭宏,西山裕介,西村勝之,朝倉哲郎
    • 学会等名
      第61回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] The short τ2-helix of the phospholipase C-χ1 pleckstrin homology domain stabilizes the protein-IP_3 interaction2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tanio, and K. Nishimura
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] “1H固体NMRの新時代 ~1Hの位置からみるペプチドおよびタンパク質の分子間構造解析~“2012

    • 著者名/発表者名
      矢澤宏次、杉本真理、西山裕介、西村勝之、鈴木不律、梶弘典、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第61回高分子討論会
    • 発表場所
      名古屋工業大学 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] The short alpha2-helix of the phospholipase C-delta1 pleckstrin homology domain stabilizes the protein-IP3 interaction2012

    • 著者名/発表者名
      Michikazu Tanio, and Katsuyuki Nishimura
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 高分解能1H 固体NMR を用いた家蚕絹結晶部モデルペプチドの分子間構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      大畑卓也、矢澤宏次、青木昭宏、西山裕介、西村勝之、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第61回高分子討論会
    • 発表場所
      名古屋工業大学 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] The short α2-helix of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain contributes to stable IP3 binding2012

    • 著者名/発表者名
      Michikazu Tanio, Katsuyuki Nishimura
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 脂質二重膜上におけるDef6 PH ドメインの高次構造の解析2012

    • 著者名/発表者名
      Naomi Tokuda、Michikazu Tanio、 Katsuyuki Nishimura、Toshiyuki Kohno、Daisuke Yokogawa、Takahisa Ikegami、Satoru Tuzi
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学 (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] NMR and Native-PAGE analyses of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain2012

    • 著者名/発表者名
      Michikazu Tanio, and Katsuyuki Nishimura
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の1H精密位置決定~超高速MAS1H固体NMRによる1H DQMAS測定とGIPAW化学シフト計算~2012

    • 著者名/発表者名
      矢澤宏次、鈴木不律、西山裕介、西村勝之、梶弘典、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 常磁性ポリ酸の固体95MoNMR2012

    • 著者名/発表者名
      飯島隆広、山瀬利博、丹所正孝、清水禎、西村勝之
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち (愛知県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 1^H spin diffusion solid state NMR analysis of the crystalline structures of alanine oligomers2011

    • 著者名/発表者名
      K. Yazawa, K. Miyazawa, T. Ohata, Y. Nishiyama, K. Nishimura, T. Asakura
    • 学会等名
      第50回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Hydrogen- bonding network and rotational motion of Ser side-chain studied by solid-state NMR2011

    • 著者名/発表者名
      T. Kameda, H. Teramoto, D. Hashizume, H. Koshino, K. Nishimura
    • 学会等名
      第50回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Hydrogen-bonding network and rotational motion of Ser side-chain studied by solid-state NMR2011

    • 著者名/発表者名
      Tsunenori Kameda, Hidetoshi Teramoto, Daisuke Hashizume, Hiroyuki Koshino, Katsuyuki Nishimura
    • 学会等名
      第50回NMR討論会
    • 発表場所
      大さんばしホール(神奈川県)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ^1H spin diffusion solid state NMR analysis of the crystalline structures of alanine oligomers2011

    • 著者名/発表者名
      Koji Yazawa, Kenta Miyazawa, Takuya Ohata, Yusuke Nishiyama, Katsuyuki Nishimura, Tetsuo Asakura
    • 学会等名
      第50回NMR討論会
    • 発表場所
      大さんばしホール(神奈川県)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 不飽和脂質を含有するバイセルに関する固体NMRを用いた研究2010

    • 著者名/発表者名
      西村勝之
    • 学会等名
      第49回NMR討論会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 年月日
      2010-11-15
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Orientational Properties of New Bicelle Composed of Un-, and Saturated Phosphatidylcholine as Studied by Solid State NMR Spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      西村勝之
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県)
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 不飽和脂質を含有するバイセルに関する固体NMRを用いた研究2010

    • 著者名/発表者名
      上釜奈緒子、辻暁、西村勝之
    • 学会等名
      第49回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Orientational Properties of New Bicelle Composed of Un-, and Saturated Phosphatidylcholine as Studied by Solid State NMR Spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      上釜奈緒子、西村勝之
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/publications/letters67/301.pdf

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] 分子研レターズ67号

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/publications/letters67/301.pdf

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] annual review

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/english/know_en/publications/ann_rev_2011/nishimura.pdf

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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