架橋水をリガンドに組み込んだ仮想的水和リガンドドッキング法の開発

• 研究課題/領域番号: 22590042
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 物理系薬学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 山乙 教之 北里大学, 薬学部, 講師 (60230322)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2012年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円); 2011年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円); 2010年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: ドッキング / リガンド / 結晶水 / 酵素 / 蛋白質 / 水素結合 / 相互作用 / 複合体

研究概要

蛋白質-リガンドドッキング法において、水を介したリガンド分子と標的蛋白質の相互作用は、まれにしか考慮されていない。しかしながら、蛋白質-リガンド複合体の形成において、水分子が蛋白質とリガンド間の水素結合架橋により、 蛋白質-リガンド相互作用の安定化に大きな役割を演じる場合がある。この研究において、我々は、蛋白質によるリガンド認識に関与し、 蛋白質-リガンド相互作用を安定化する水分子を考慮する仮想的水和リガンドを用いた簡便なドッキング手法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Essential Structure of Opioid κ Receptor Agonist Nalfurafine for Binding to κ Receptor 1: Synthesis of Decahydroisoquinoline Derivatives and Their Pharmacologies (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagase H、Imaide S、Yamada T、Hirayama S、 Nemoto T、 Yamaotsu N、 Hirono S、 Fujii H
  • 雑誌名: ＣＨＥＭＩＣＡＬ ＆ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＢＵＬＬＥＴＩＮ 巻: 60 号: 8 ページ: 945-948
  • DOI: 10.1248/cpb.c12-00336
  • NAID: 130001852522
  • ISSN: 0009-2363, 1347-5223
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) Analysis to Predict Drug-Drug Interactions of ABC Transporter ABCG2 (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa T、 Hirano H、Saito H、Sano K、Ikegami Y 、 Yamaotsu N 、 Hirono S
  • 雑誌名: Mini-Reviews in Medicinal Chemistry 巻: 12(6) 号: 6 ページ: 505-514
  • DOI: 10.2174/138955712800493825
  • 査読あり
• [雑誌論文] AMF-26, a Novel Inhibitor of the Golgi System, Targeting ADP-ribosylation Factor 1 (Arf1) with Potential for Cancer Therapy (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohashi Y, Iijima H, Yamaotsu N, Yamazaki K, Sato S, Okamura M, Sugimoto K, Dan S, Hirono S, Yamori T
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 287(6) 号: 6 ページ: 3885-3897
  • DOI: 10.1074/jbc.m111.316125
  • 査読あり
• [雑誌論文] Brazilian propolis-derived components inhibit TNF- a -mediated downregulation of adiponectin expression via different mechanisms in 3T3-L1 adipocytes (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeda R、Yanagisawa M、Takahashi N、Kawada T 、 Kumazawa S 、 Yamaotsu N 、Nakagome I 、 Hirono S 、 Tsuda T
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 巻: 1810(7) 号: 7 ページ: 695-703
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2011.04.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMR spectroscopy and computational analysis of interaction between Serratia marcescens chitinase B and a dipeptide derived from natural-product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Gouda, Toshiaki Sunazuka, Tomoyasu Hirose, Kanami Iguchi, Noriyuki Yamaotsu, Akihiro Sugawara, Yoshihiko Noguchi, Yoshifumi Saito, Tsuyoshi Yamamoto, Takeshi Watanabe, Kazuro Shiomi, Satoshi Omura, Shuichi Hirono
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem 巻: 18(16) 号: 16 ページ: 5835-5844
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2010.06.093
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the three-dimensional pharmacophore of k-opioid receptor agonists (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamaotsu N、Fujii H、Nagase H、Hirono S
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 18(12) 号: 12 ページ: 4446-4452
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2010.04.069
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the three-dimensional pharmacophore of κ-opioid receptor agonists (2010)
  • 著者名/発表者名: Noriyuki Yamaotsu
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 18 ページ: 4446-4452
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMR spectroscopy and computational analysis of interaction between Serratia marcescens chitinase B and a dipeptide derived from natural-product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Gouda
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 18 ページ: 5835-5844
  • 査読あり
• [学会発表] 蛋白質の水分子結合モチーフ:架橋水と水和水 (2012)
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会 2012 秋季年
  • 発表場所: 山形大学(山形県)
  • 年月日: 2012-10-14
• [学会発表] タンパク質と相互作用する分子フラグメントを同定するプログラムの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会 2011 秋季年会
  • 発表場所: 福井商工会議所(福井県)
  • 年月日: 2011-11-05
• [学会発表] タンパク質と相互作用する分子フラグメントを同定するプログラムの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2011秋季年会
  • 発表場所: 福井商工会議所(福井県)
  • 年月日: 2011-11-05
• [学会発表] タンパク質と相互作用する分子フラグメント探索法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本薬学会第131 年会
  • 発表場所: 静岡県
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] タンパク質と相互作用する分子フラグメント探索法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本薬学会第131年会
  • 発表場所: 静岡県
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] 蛋白質の水分子結合モチーフ：架橋水と水和水
  • 著者名/発表者名: 山乙教之
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2012秋季年会
  • 発表場所: 山形大学（山形県）
• [図書] Topics in Current Chemistry 299 (2011)
  • 著者名/発表者名: amaotsu N、Hirono S、(Ed. Nagase H) 、Springer-Verlag
  • 出版者: Chemistry of Opioids
• [図書] Chemistry of Opioids(Topics in Current Chemistry) (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nagase
  • 出版者: Springer