• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御

研究課題

研究課題/領域番号 22650045
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 感性情報学・ソフトコンピューティング
研究機関京都大学

研究代表者

阿久津 達也  京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)

研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,620千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 720千円)
2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2010年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
キーワード複雑生体ネットワーク / ブーリアンネットワーク / スケールフリーネットワーク / 遺伝子ネットワーク / 代謝ネットワーク / 制御理論 / 構造的可制御性 / 代謝流束解析 / 線形離散時間システム / 確率ブーリアンネットワーク / 制御 / アトラクター / NP完全 / Canalyzing関数
研究概要

複雑生体ネットワークの性質や制御について離散数理モデルに基づき多様な観点から研究を行い、ブーリアンネットワークにおける定常状態の効率的検出アルゴリズムの開発、確率ブーリアンネットワーク制御の計算困難性の解明、代謝ネットワークにおける反応ノックアウトによる影響範囲の分布の近似的導出、ネットワーク補完のための動的計画法と最小二乗法を組み合わせた効率的アルゴリズムの開発、最小支配集合を用いた複雑ネットワークの可制御性解析手法の開発などの成果を得た。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (16件)

  • [雑誌論文] Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, Y. Zhao, M. Hayashida, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E95.D 号: 12 ページ: 2960-2970

    • DOI

      10.1587/transinf.E95.D.2960

    • NAID

      10031161464

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network completion using dynamic programming and least-squares fitting2012

    • 著者名/発表者名
      N. Nakajima, T. Tamura, Y. Yamanishi, K. Horimoto, T. Akutsu
    • 雑誌名

      The Scientific World Journal

      巻: 2012 ページ: 957620-957620

    • DOI

      10.1100/2012/957620

    • NAID

      120005054551

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Finding a periodic attractor of a Boolean network2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, S. Kosub, A. A. Melkman, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 9 号: 5 ページ: 1410-1421

    • DOI

      10.1109/tcbb.2012.87

    • NAID

      120004873985

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Dominating scale-free networks with variable scaling exponent: Heterogeneous networks are notdifficult to control2012

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, T. Akutsu
    • 雑誌名

      New Journal of Physics

      巻: 14 号: 7 ページ: 73005-73005

    • DOI

      10.1088/1367-2630/14/7/073005

    • NAID

      120004419126

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation2012

    • 著者名/発表者名
      K. Takemoto, T. Tamura, Y. Cong,W-K. Ching, J-P. Vert, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 391 号: 1-2 ページ: 379-397

    • DOI

      10.1016/j.physa.2011.08.011

    • NAID

      120003497116

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman, T. Tamura
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 112 号: 1-2 ページ: 35-38

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2011.10.002

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles2011

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, Y. Cong, T. Akutsu, W-K. Ching
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E94-D 号: 12 ページ: 2393-2399

    • DOI

      10.1587/transinf.E94.D.2393

    • NAID

      10030538036

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Determining a singletonattractor of a Boolean network with nested canalyzing functions2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman, T. Tamura, M. Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 18 号: 10 ページ: 1275-1290

    • DOI

      10.1089/cmb.2010.0281

    • NAID

      120003517916

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the degree distribution of projected networks mappedfrom bipartite networks2011

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 390 号: 23-24 ページ: 4636-4651

    • DOI

      10.1016/j.physa.2011.06.073

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Trans. Fundamentals

      巻: E93-A ページ: 1497-1507

    • NAID

      10027367933

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587^n) time2010

    • 著者名/発表者名
      A. A. Melkman, T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 110 号: 14-15 ページ: 565-569

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2010.05.001

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Tamura, T.Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      巻: E93-A ページ: 1497-1507

    • NAID

      10027367933

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ブーリアンネットワークとスケールフリーネットワークの制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      計測自動制御学会 関西支部 物理と情報をつなぐ次世代システム制御研究会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2012-10-13
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      2012年電子情報通信学会総合大会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2012-03-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      2012年電子情報通信学会総合大会
    • 発表場所
      岡山大学(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Analysis on controlling complex networks based on dominating sets2012

    • 著者名/発表者名
      Jose C. Nacher, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, IC-MSQUARE
    • 発表場所
      Budapest, Hungary
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Controlling bipartite networks with power-law degree distributions using dominating sets2012

    • 著者名/発表者名
      Jose C. Nacher, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      International Conference on Systems Medicine (SYSMED 2012)
    • 発表場所
      Carton House Hotel & Conference Centre, Dublin, Ireland
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Integer programming method for completing ortholog-based gene-protein-reaction network by gene essentiality2012

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      23rd International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Modeling andAnalysis in the Life Sciences: A ReaDiLab Conference in Tokyo
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2011-11-28
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      Modeling and Analysis in the Life Sciences : A ReaDiLab Conference in Tokyo
    • 発表場所
      東京大学大学院数理科学研究科(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Attractor detection and control of Boolean networks2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      International Symposium on Symbolic Systems Biology
    • 発表場所
      湘南国際村センター
    • 年月日
      2011-11-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      The International Conference on Computational and Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Great Tang Hotel Shanghai, China
    • 年月日
      2011-10-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      The International Conference on Computational and Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Great Tang Hotel Shanghai, China(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming2010

    • 著者名/発表者名
      X.Chen, T.Akutsu, T.Tamura, T., W-K.Ching
    • 学会等名
      IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 2010
    • 発表場所
      Hong Kong, China
    • 年月日
      2010-12-19
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Control of Boolean networks and probabilistic Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      2nd Symposium on Systems and Synthetic Biology
    • 発表場所
      産業技術総合研究所CBRC, 東京
    • 年月日
      2010-10-04
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Control of Boolean networks and probabilistic Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      2nd Symposium on Systems and Synthetic Biology
    • 発表場所
      CBRC, Tokyo, Japan(招待講演)
    • 年月日
      2010-10-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Algorithmic aspects of analysis and control of Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Every Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
    • 発表場所
      Evry, France
    • 年月日
      2010-05-04
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Algorithmic aspects of analysis and control of Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      Every Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
    • 発表場所
      Evry, France(招待講演)
    • 年月日
      2010-05-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

URL: 

公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi