• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

DNAチップのプローブ核酸として優れた特性を持つ新規人工核酸の理論設計

研究課題

研究課題/領域番号 22650061
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関豊橋技術科学大学

研究代表者

栗田 典之  豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (40283501)

研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,280千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 480千円)
2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2010年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワードDNA チップ / 人工核酸 / プローブ核酸 / ナノワイヤー / 電気伝導度 / 密度汎関数 / Green 関数 / コンピュータシミュレーション / DNAチップ / 分子シミュレーション / DFT / Green関数 / 電気伝導特性 / 電流検出型 / シミュレーション
研究概要

DNA2重鎖は、導電性ナノワイヤーの構成要素として注目され、電気伝導特性に優れた人工DNA2重鎖を開発するため、様々な人工核酸塩基が合成されている。しかし、DNA2重鎖中の電荷移動機構は未解明であり、より伝導特性に優れたDNA2重鎖を開発する際のボトルネックになっている。本研究では、密度汎関数法に基づく電気伝導特性解析手法を開発し、金電極に挟まれたDNA2重鎖の電気伝導特性を高精度に解析することを可能にした。さらに、様々な人工DNA2重鎖の伝導特性を解析し、電気伝導特性に優れた新規人工DNA2重鎖を、実験に先駆けて提案した。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (16件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] DFT study on reaction mechanism of DNA base pair with hydroxyl radical2013

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, E.; Hoshino, R.; Nomura, K.; Danilov, V. I.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      J. Modern Physics

      ページ: 442-451

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] DFT calculations on the effect of solvation on the tautomeric reactions for wobble Gua-Thy and canonical Gua-Cyt base-pairs2013

    • 著者名/発表者名
      Nomura, K.; Hoshino, R.; Shimizu, E.; Hoshiba, Y.; Danilov, V. I.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      J. Modern Physics

      ページ: 422-431

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Effect of BrU on the transition between wobble Gua-Thy and tautomeric Gua-Thy base-pairs: ab initio molecular orbital calculations2013

    • 著者名/発表者名
      Nomura, K.; Hoshino, R.; Hoshiba, Y.; Danilov, V. I.;Kurita, N.
    • 雑誌名

      Journal of Physics

      ページ: 433-433

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] DFT study on reaction mechanism of DNA base pair with hydroxyl radical2013

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, E.; Hoshino, R.; Nomura, K.; Danilov, V. I.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      J. Modern Physics, Special issue on DFT

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DFT calculations on the effect of solvation on the tautomeric reactions for wobble Gua-Thy and canonical Gua-Cyt base-pairs2013

    • 著者名/発表者名
      Nomura, K.; Hoshino, R.; Shimizu, E.; Hoshiba, Y.; Danilov, V. I.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      J. Modern Physics, Special issue on DFT

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of BrU on the transition between wobble Gua-Thy and tautomeric Gua-Thy base-pairs: ab initio molecular orbital calculations2013

    • 著者名/発表者名
      Nomura, K.; Hoshino, R.; Hoshiba, Y.; Danilov, V. I.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 433 ページ: 12035-12035

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of hydration on electrical conductivity of DNA duplex: Green's function study combined with DFT2012

    • 著者名/発表者名
      Maeda, Y.; Okamoto, A.; Hoshiba, Y.; Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      ページ: 314-320

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A combined Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of single molecules tethered to Au electrodes2012

    • 著者名/発表者名
      Hoshiba, Y.; Maeda, Y.; Hamada, K.; Fukuoka, S.; Ishikawa, Y.;Kurita, N.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      ページ: 521-521

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A combined nonequilibrium Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of artificial DNA duplexes2012

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.; Maeda, Y.; Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      ページ: 416-424

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Effect of hydration on electrical conductivity of DNA duplex : Green's function study combined with DFT2012

    • 著者名/発表者名
      Maeda, Y.; Okamoto, A.; Hoshiba, Y; Tsukamofo, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      巻: 53 ページ: 314-320

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A combined nonequilibrium Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of artificial DNA duplexes2012

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.; Maeda, Y; Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      巻: 53 ページ: 416-424

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A combined Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of single molecules tethered to Au electrodes2012

    • 著者名/発表者名
      Hoshiba, Y.; Maeda, Y.; Hamada, K.; Fukuoka, S.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 521 ページ: 39-44

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-based analysis of the molecular recognitions between HIV-1 TAR-RNA and transcription factor nuclear factor-kappaB (NFkB)2011

    • 著者名/発表者名
      Khan, M.T.H.; Mischiati, C.; Ather, A.; Ohyama, T.; Dedachi, K.; Borgatti, M.; Kurita, N.; Gambari, R.
    • 雑誌名

      Journal Current Topics in Medicinal Chemistry

      巻: (印刷中)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Specific interactions between lactose repressor protein and DNA affected by ligand binding : ab initio molecular orbital calculations2011

    • 著者名/発表者名
      Ohyama, T.; Hayakawa, M.; Nishikawa, S.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: (印刷中)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A DFT study of uracil and5-bromouracil in nanodroplets2010

    • 著者名/発表者名
      Mourik, T.V.; Danilov, V.I.; Dailidonis, V.V.; Kurita, N.;Wakabayashi, H.; Tsukamoto, T.
    • 雑誌名

      Chemistry Accounts

      ページ: 233-244

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A DFT study of uracil and 5-bromouracil in nanodroplets2010

    • 著者名/発表者名
      Mourik, T.V.; Danilov, V.; Dailidonis, V.V.; Kurita, N.; Wakabayashi, H.; Tsukamoto, T.
    • 雑誌名

      Theoretical Chemistry Accounts

      巻: 125 ページ: 233-244

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DFT study on the tautomeric reactions for wobble Gua-Thy and canonical Gua-Cyt base-pairs2013

    • 著者名/発表者名
      K. Nomura, R. Hoshino, Y. Hoshiba, V. I. Danilov,N. Kurita
    • 学会等名
      3rd AICS International Symposium
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] DFT study on the tautomeric reactions for wobble Gua-Thy and canonical Gua-Cyt base-pairs2013

    • 著者名/発表者名
      K. Nomura, R. Hoshino, Y. Hoshiba, V. I. Danilov, N. Kurita
    • 学会等名
      3rd AICS International Symposium
    • 発表場所
      神戸市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Effect of BrU on the isomerization reaction between wobble Gua-Thy and tautomeric Gua-Thy base pairs: ab initio MO calculations2012

    • 著者名/発表者名
      K. Nomura, R. Hoshino, Y. Hoshiba, V. I. Danilov, N. Kurita
    • 学会等名
      AP-IRC 2012
    • 発表場所
      Tahara, Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 高精度分子シミュレーションによるDNA二重鎖の電気伝導度を向上させる新規人工核酸塩基の提案2012

    • 著者名/発表者名
      清水栄佑, 岡本晃澄, 前田躍, 干場靖浩, Ishikawa Yasuyuki , 栗田典之
    • 学会等名
      電気関係学会東海支部連合大会
    • 発表場所
      愛知県
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 高精度分子シミュレーションによる様々な単一分子の電気伝導特性の解析2012

    • 著者名/発表者名
      徳山雄生, 浜田勝光, 前田躍, 干場靖浩, Ishikawa Yasuyuki , 栗田典之
    • 学会等名
      電気関係学会東海支部連合大会
    • 発表場所
      愛知県
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる燃料電池の白金電極表面での窒素の反応機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      星野良太, 干場靖浩, 前田躍,Ishikawa Yasuyuki , 栗田典之
    • 学会等名
      電気関係学会東海支部連合大会
    • 発表場所
      愛知県
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 第一原理分子軌道計算によるDNA塩基対の異性化反応の遷移状態の探索2012

    • 著者名/発表者名
      野村和哉, 干場靖浩, Victor I. Danilov, 栗田典之
    • 学会等名
      第6回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京都
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Effect of BrU on the isomerization reaction between wobble Gua-Thy and tautomeric Gua-Thy base pairs: ab initio MO calculations2012

    • 著者名/発表者名
      K. Nomura, R. Hoshino, Y. Hoshiba, V. I. Danilov, N. Kurita
    • 学会等名
      AP-IRC 2012
    • 発表場所
      愛知県
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 密度汎関数法による人工核酸塩基を含むDNA2重鎖の電気伝導特性の解析2011

    • 著者名/発表者名
      岡本晃澄, 前田躍, 干場靖浩, 清水栄佑, Y.Ishikawa, 栗田典之
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2011-09-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A combined Green's function and density-functional study of electrical conductivity of artificial DNA duplexes2011

    • 著者名/発表者名
      A. Okamoto, Y. Maeda, T. Tsukamoto, Y. Ishikawa, N. Kurita
    • 学会等名
      WATOC 2011
    • 発表場所
      Compostela, Spain
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 密度汎関数法による人工核酸塩基を含むDNA2重鎖の電気伝導特性の解析2011

    • 著者名/発表者名
      岡本晃澄, 前田躍, 干場靖浩, 清水栄佑, Y. Ishikawa,栗田典之
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      北海道
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular simulations of electrical conducting properties of artificial DNA duplexes using nonequilibrium Green's functioncoupled with DFT2010

    • 著者名/発表者名
      A. Okamoto, T. Tsukamoto, Y. Maeda, Y. Ishikawa, N. Kurita
    • 学会等名
      CBI Annual Meeting 2010
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 低分子の電気伝導特性に関する理論的研究2010

    • 著者名/発表者名
      浜田勝光,福岡昭一,干場靖浩,前田躍,塚本貴志,Y. Ishikawa,栗田典之
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪府
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 第一原理分子シミュレーションによるDNA二重鎖の電気伝導特性の解析2010

    • 著者名/発表者名
      前田躍,塚本貴志,岡本晃澄,干場靖浩,Y. Ishikawa,栗田典之
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪府
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションによるカーボンナノチューブと多環芳香族アンモニウム誘導体の複合体の電気伝導特性の解析2010

    • 著者名/発表者名
      福岡昭一,前田躍,塚本貴志,早野薫,香村郁代,栗田典之
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪府
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular simulations of electrical conducting properties of artificial DNA duplexes using nonequilibrium Green's function coupled with DFT2010

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.; Tsukamoto, T.; Maeda, Y.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 学会等名
      CBI学会2010年大会
    • 発表場所
      東京都
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://kservice.klab.cs.tut.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

URL: 

公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi