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揺らぐ環境にある生体分子における機能発現機構の「頑健性」の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22654047
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関奈良女子大学

研究代表者

戸田 幹人  奈良女子大学, 自然科学系, 准教授 (70197896)

研究分担者 高見 利也  九州大学, 情報基盤研究開発センター, 准教授 (10270472)
福水 健次  統計数理研究所, 数理推論研究系, 教授 (60311362)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,240千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 540千円)
2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2010年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードウエーブレット / 不変集合 / 分子機能 / 生体分子 / 統計的因果推論 / 階層性 / 機能発現 / 集団運動 / カーネル法 / 不変多様体 / 分岐現象 / 時系列解析 / 天然変性タンパク質 / 動力学 / 大自由度カオス / 非線形動力学
研究概要

タンパク質分子の分子動力学データに対し、ウエーブレットによる集団運動の抽出、抽出された集団運動に対する次元縮約、相空間の不変集合に基づく集団運動の解析を遂行した。これらの手法を、具体的な生体分子の分子動力学データに応用し、生体分子の分子機能を動的メカニズムに依拠して解明する研究を推進しつつある。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (109件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (32件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (68件) (うち招待講演 1件) 図書 (7件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] 大自由度力学系の集団運動抽出に向けた問題提起-化学反応動力学の観点から-2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 雑誌名

      数理研講究録

      巻: Vol.1827 ページ: 154-170

    • URL

      http://www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~kyodo/kokyuroku/contents/pdf/1827-15.pdf

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Fluctuations of Healthy and Unhealthy Heartbeat Intervals2013

    • 著者名/発表者名
      Boon Leong Lan and Mikito Toda
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: Vol.102 号: 1 ページ: 18002-18002

    • DOI

      10.1209/0295-5075/102/18002

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Time series analysis of molecular dynamics simulation using wavelet2012

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 雑誌名

      PROCEEDINGS OF THE 8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS

      巻: Vol.1468 ページ: 367-374

    • DOI

      10.1063/1.4745595

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Nanosecond simulations of the dynamics of C60 excited by intense near-IR laser pulses: Impulsive Raman excitation, rearrangement, and fragmentation2012

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Niitsu, Miyu Kikuchi, Hayato Ikeda, Kaoru Yamazaki, Manabu Kanno, Hirohiko Kono, Koichiro Mitsuke, Mikito Toda, and Katsunori Nakai
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: Vol.136 号: 16 ページ: 164304-164304

    • DOI

      10.1063/1.4704896

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      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Parareal Acceleration of Matrix Multiplication2012

    • 著者名/発表者名
      Toshiya Takami and Akira Nishida
    • 雑誌名

      Advances in Parallel Computing

      巻: Vol. 22 ページ: 437-444

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Gradient-based kernel method for feature extraction and variable selection.2012

    • 著者名/発表者名
      K. Fukumizu, C. Leng
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 25 (NIPS2012)

      ページ: 2123-2131

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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  • [雑誌論文] Learning from Distributions via Support Measure Machines.2012

    • 著者名/発表者名
      K. Muandet, K. Fukumizu, F. Dinuzzo, B. Schoelkopf
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 25 (NIPS2012)

      ページ: 10-18

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Optimal kernel choice for large-scale two-sample tests.2012

    • 著者名/発表者名
      A. Gretton, B. Sriperumbudur, D. Sejdinovic, H. Strathmann, S. Balakrishnan, M. Pontil, K. Fukumizu
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 25 (NIPS2012)

      ページ: 1214-1222

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] On the empirical estimation of integral probability metrics.2012

    • 著者名/発表者名
      B. Sriperumbudur, K. Fukumizu, A. Gretton, B. Schoelkopf, G. Lanckriet
    • 雑誌名

      Electronic Journal of Statistics 6

      ページ: 1550-1599

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 複雑量子系の最適制御理論2012

    • 著者名/発表者名
      高見利也, 藤崎弘士
    • 雑誌名

      日本医科大学紀要

      巻: 第41号 ページ: 1-24

    • NAID

      40019471128

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  • [雑誌論文] Analysis of motion features for molecular dynamics simulation of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M. Kamada, M. Toda, M. Sekijima, M. Takada and K. Joe
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: Vol. 502 号: 4-6 ページ: 241-247

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2010.12.028

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      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Dynamical Switching of a Reaction Coordinate to Carry the System through to a Different Product State at High Energies2011

    • 著者名/発表者名
      H.Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Reveiw Letters

      巻: 106 号: 5 ページ: 54101-54101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.106.054101

    • NAID

      120002834723

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      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書 2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asymptotic analysis of singular values of rectangular complex matrices in the Laguerre and fixed-trace ensembles2011

    • 著者名/発表者名
      S.Adachi, M.Toda, H.Kubotani
    • 雑誌名

      Journal of Physics A : Math.Theor.

      巻: 44 号: 29 ページ: 292002-292002

    • DOI

      10.1088/1751-8113/44/29/292002

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics2011

    • 著者名/発表者名
      D. M. Leitner, Y. Matsunaga, A.Shojiguchi, C-B. Li, T. Komatsuzaki, and M. Toda
    • 雑誌名

      Adv. Chem. Phys.

      巻: Vol.145 ページ: 83-122

    • DOI

      10.1002/9781118087817.ch3

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Dynamical Reaction Theory based on Geometric Structures in Phase Space2011

    • 著者名/発表者名
      S. Kawai, H. Teramoto, C-B. Li, T. Komatsuzaki and M. Toda
    • 雑誌名

      Adv. Chem. Phys.

      巻: Vol.145 ページ: 123-169

    • DOI

      10.1002/9781118087817.ch4

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Ergodic Problems for Real Complex Systems in Chemical Physics2011

    • 著者名/発表者名
      T. Komatsuzaki, A. Baba, S. Kawai, M. Toda, J. E. Straub, and R. S. Berry
    • 雑誌名

      Adv. Chem. Phys.

      巻: Vol.145 ページ: 171-220

    • DOI

      10.1002/9781118087817.ch5

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Statistical approaches to combining binary classifiers for multi-class classification2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Kenji Fukumizu
    • 雑誌名

      Neurocomputing

      巻: 74(5) ページ: 680-688

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Universality, Characteristic Kernels and RKHS Embedding of Measures2011

    • 著者名/発表者名
      Bharath K. Sriperumbudur, Kenji Fukumizu, Gert R.G. Lanckriet
    • 雑誌名

      Journal of Machine Learning Research

      ページ: 2389-2410

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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  • [雑誌論文] 連成・連携計算によるデータ量削減の評価2011

    • 著者名/発表者名
      押川雄大, 小林泰三, 森江善之, 高見利也, 青柳睦
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2011-HPC-132(4)

    • NAID

      110008713474

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  • [雑誌論文] 時間方向並列化の線形計算への適用可能性2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也, 西田晃
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2011-HPC-131(6) ページ: 1-8

    • NAID

      110008620837

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] ヘテロジニアスな並列計算環境を応用した連成・連係計算の提案2011

    • 著者名/発表者名
      押川雄大, 小林泰三, 森江善之, 高見利也, 青柳睦
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2011-HPC-130(20) ページ: 1-7

    • NAID

      110008583376

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 一次データを保存しない大規模科学計算の可能性2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也, 戸田幹人, 福水健次
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2011-HPC-129(3) ページ: 1-8

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] New graph polynomials from the Bethe approximation of the Ising partition function Combinatorics2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Watanabe and K. Fukumizu
    • 雑誌名

      Probability and Computing. Published online

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html.

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Hilbert Space Embeddings and Metrics on Probability Measures.2011

    • 著者名/発表者名
      Bharath K. Sriperumbudur, Arthur Gretton, Kenji Fukumizu, Bernhard Scholkopf, Gert R.G. Lanckriet
    • 雑誌名

      Journal of Machine Learning Research

      巻: 11(Apr) ページ: 1517-1561

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Analysis of motion features for molecular dynamics simulation of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M.Kamada, M.Toda, M.Sekijima, M.Takada, K.Joe
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 502 ページ: 241-247

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      2010 実績報告書
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  • [雑誌論文] A Fast, Consistent Kernel Two-Sample Test2010

    • 著者名/発表者名
      A.Gretton, Z. Harchaoui, K. Fukumizu, B. Sriperumbudur
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 22

      巻: (MIT Press) ページ: 673-681

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Graph Zeta Function in the Bethe Free Energy and Loopy Belief Propagation.2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Watanabe and K.Fukumizu
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 22

      巻: (MIT Press) ページ: 2017-2025

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Hilbert Space Embeddings and Metrics on Probability Measures2010

    • 著者名/発表者名
      B.K.Sriperumbudur, A.Gretton, K.Fukumizu, B.Scholkopf, G.R.G.Lanckriet
    • 雑誌名

      Journal of Machine Learning Research

      巻: 11 ページ: 1517-1561

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      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Measuring dynamical randomness of quantum chaos by statistics of Schmidt eigenvalues

    • 著者名/発表者名
      H. Kubotani, S.Adachi and M. Toda
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: (accepted and to be published)

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Learning in Hilbert vs. Banach Spaces: A Measure Embedding Viewpoint.

    • 著者名/発表者名
      B. Sriperumbudur, K. Fukumizu, G. Lanckriet
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 24 (NIPS2011)

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

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      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Kernel Bayes' Rule

    • 著者名/発表者名
      K. Fukumizu, L. Song, A. Gretton
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 24 (NIPS2011)

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Kernel Choice and Classifiability for RKHS Embeddings of Probability Distributions.

    • 著者名/発表者名
      B. Sriperumbudur, K. Fukumizu, A. Gretton, G. Lanckriet and B. Scholkopf.
    • 雑誌名

      Advances in Neural Information Processing Systems 22

      巻: (MIT Press) ページ: 1750-1758

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~fukumizu/research.html

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析42013

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2013-03-29
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] シグナル伝達に関与するPDZドメインの分子動力学データに対する時系列解析2013

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2013-03-29
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      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象V2013

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2013-03-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-III2013

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2013-03-27
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      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 法双曲的不変多様体崩壊の量子的兆候2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2013-03-26
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  • [学会発表] Stationary Lagrangian Coherent Structure による化学反応動力学の理解2013

    • 著者名/発表者名
      寺本 央・戸田 幹人・小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会第93 春季年会
    • 発表場所
      立命館大学
    • 年月日
      2013-03-23
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      2012 研究成果報告書
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    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Nagoya Univ
    • 年月日
      2012-09-22
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      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] The time series analysis of molecular dynamics data about PDZ domain in synapse2012

    • 著者名/発表者名
      Naoko Kishida, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Nagoya Univ
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics: Conformational change and dynamics of collective behavior2012

    • 著者名/発表者名
      Kana Fuji, Masakazu Sekijima, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Nagoya Univ
    • 年月日
      2012-09-22
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      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] シナプス結合に関与するPDZ ドメインの分子動力学データに対する時系列解析2012

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国大
    • 年月日
      2012-09-21
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      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-II2012

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国大
    • 年月日
      2012-09-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子の階層モデルによる量子ダイナミクス32012

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国大
    • 年月日
      2012-09-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析32012

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国大
    • 年月日
      2012-09-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象III2012

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国大
    • 年月日
      2012-09-20
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Collective vs individual motions of biomolecules2012

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      International Workshop : Physics of information information in physics, and the demon
    • 発表場所
      Institute of Molecular Science , Okazaki, Japan
    • 年月日
      2012-06-29
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子階層モデルを使った量子ダイナミクスII2012

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-26
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象II2012

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-25
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象II2012

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈, 郡宏, 佐藤譲, 島伸一郎, 戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学(ポスター)
    • 年月日
      2012-03-25
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析22012

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] 局所スペクトルを用いた大自由度力学系の解析2012

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] カオス系の最適制御問題における量子古典対応22012

    • 著者名/発表者名
      高見利也,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-2012

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Fractional behavior in chemical reaction processes involving complex systems2012

    • 著者名/発表者名
      M.Toda
    • 学会等名
      International Workshop on Anomalous Statistics, Generalized Entropies, and Information Geometry
    • 発表場所
      Nara, Japan(Invited Talk)
    • 年月日
      2012-03-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Fractional behavior in chemical reaction processes involving complex systems2012

    • 著者名/発表者名
      M. Toda
    • 学会等名
      International Workshop on Anomalous Statistics, Generalized Entropies, and Information Geometry
    • 発表場所
      Nara, Japan
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学の時系列データ解析-生体分子の複雑な動きとその意味-2011

    • 著者名/発表者名
      富士香奈、関嶋政和、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学の時系列データ解析-生体分子の複雑な動きとその意味-2011

    • 著者名/発表者名
      富士香奈、関嶋政和、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学(ポスター)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 大域結合位相振動子系における遷移現象について2011

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈, 郡宏, 佐藤譲, 島伸一郎, 戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学(ポスター)
    • 年月日
      2011-09-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析2011

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-23
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] カオス系の最適制御問題における量子古典対応2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-23
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 法双曲不変多様体崩壊の量子力学的兆候2011

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] 大域結合位相振動子系における遷移現象について2011

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 遅いダイナミクスにより生成される表面パターン2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也,下川倫子,藤崎弘士,小林泰三
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子階層モデルを使った生体分子の量子ダイナミクス2011

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-21
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics : Conformational change and movement of the side chain2011

    • 著者名/発表者名
      K. Fuji, M. Sekijima and M. Toda
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Exploring feature extraction method for time series data obtained by molecular dynamics simulation2011

    • 著者名/発表者名
      M. Kamada, M. Toda, M. Hayashida, A. Robertazzi, E. W. Knapp and T. Akutsu
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics : Conformational change and movement of the side chain2011

    • 著者名/発表者名
      K.Fuji, M.Sekijima, M.Toda
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(英語口頭)
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Coffee Patterns Generated by Slow Dynamics2011

    • 著者名/発表者名
      Toshiya Takami, Michiko Shimokawa, Hiroshi Fujisaki, and Taizo Kobayashi
    • 学会等名
      Dynamics Days Europe
    • 発表場所
      poster presentation. Oldenburg, Germany.
    • 年月日
      2011-09-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Parareal Acceleration of Matrix Multiplication2011

    • 著者名/発表者名
      Toshiya Takami and Akira Nishida
    • 学会等名
      ParCo2011
    • 発表場所
      oral presentation. Ghent, Belgium.
    • 年月日
      2011-09-01
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time series analysis using wavelet for molecular dynamics simulation of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M. Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia
    • 年月日
      2011-07-09
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time series analysis using wavelet for molecular dynamics on of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M.Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia(Invited talk)
    • 年月日
      2011-07-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Time series analysis of molecular dynamics simulation : Collective behavior and configuration changes2011

    • 著者名/発表者名
      K. Fuji and M. Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS,Maribor
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia
    • 年月日
      2011-06-26
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学データに対する統計解析2011

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人, 高見利也, 福水健次
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      新潟大学
    • 年月日
      2011-03-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学に関する構造変化と運動変化2011

    • 著者名/発表者名
      富士香奈, 戸田幹人, 関嶋政和
    • 学会等名
      日本物理学会2011 年年会ポスター発表
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学データに対する統計解析2011

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人, 高見利也, 福水健次
    • 学会等名
      日本物理学会2011 年ポスター発表
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Quantum energy transfer for biomolecules2011

    • 著者名/発表者名
      H. Fujisaki, H. Kikuchi and M. Toda
    • 学会等名
      日本物理学会2011 年口頭発表
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 多準位量子状態の最適制御と半古典極限2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会2011 年口頭発表
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 法双曲的不変多様体の崩壊と生成:局所から大域へ2011

    • 著者名/発表者名
      寺本 央,戸田幹人, 小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会2011 年口頭発表
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 大自由度系の集団運動:生体分子の分子動力学計算を例として2011

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人
    • 学会等名
      研究集会Dynamics in Complex Systems
    • 発表場所
      北大
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学データに対する統計解析システムの構築と応用2011

    • 著者名/発表者名
      高見利也,戸田幹人,福水健次
    • 学会等名
      2011 年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2011)
    • 発表場所
      産業技術総合研究所
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time series analysis of molecular dynamics simulation : Collective behavior and configuration changes2011

    • 著者名/発表者名
      K.Fuji, M.Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia(poster)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Phase Space Structures for Systems of Large Degrees of Freedom2010

    • 著者名/発表者名
      M. Toda
    • 学会等名
      Slovenia-Japan Seminar on Nonlinear Science (Kansai,2010)
    • 発表場所
      Osaka Prefecture University
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time Series Analysis Using Wavelet for Molecular Dynamics Simulation of Proteins : A case for chignolin, the first designed Protein2010

    • 著者名/発表者名
      K. Fuji , M. Toda and M. Sekijima
    • 学会等名
      Slovenia-Japan Seminar on Nonlinear Science (Kansai,2010)
    • 発表場所
      Osaka Prefecture University
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Time Series Analysis using Wavelet toward Molecular Dynamics Simulation of Proteins2010

    • 著者名/発表者名
      M. Toda
    • 学会等名
      The 13th Slovenia-Japan Seminar on Nonlinear Science and Waseda AICS symposium on nonlinear and nonequilibrium phenomena in complex systems
    • 発表場所
      Waseda University
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析4

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] シグナル伝達に関与するPDZドメインの分子動力学データに対する時系列解析

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象V

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析─集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る─III

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 法双曲的不変多様体崩壊の量子的兆候

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Stationary Lagrangian Coherent Structureによる化学反応動力学の理解

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Time-series analysis for protein dynamics using discrete wavelet transform with kernel canonical correlation analysis

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] The time series analysis of molecular dynamics data about PDZ domain in synapse

    • 著者名/発表者名
      Naoko Kishida, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics: Conformational change and dynamics of collective behavior

    • 著者名/発表者名
      Kana Fuji, Masakazu Sekijima, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] シナプス結合に関与するPDZドメインの分子動力学データに対する時系列解析

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-II

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 分子の階層モデルによる量子ダイナミクス3

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析3

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象III

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Collective vs individual motions of biomolecules

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      International Workshop : Physics of information, information in physics, and the demon
    • 発表場所
      Institute of Molecular Science
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 力学系理論による化学反応論の理解と発展2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 総ページ数
      31
    • 出版者
      高等研より出版予定
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      D.M.Leitner, Y.Matsunaga, A.Shojiguchi, C-B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • 出版者
      John Willey
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Dynamical Reaction Theory based on Geometric Structures in Phase Space, Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      S.Kawai, H.Teramoto, C-B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • 出版者
      John Willey
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Ergodic Problems for Real Complex Systems in Chemical Physics, Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      A.Baba, S.Kawai, M.Toda, J.E.Straub, R.S.Berry
    • 出版者
      John Willey
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] カーネル法入門2010

    • 著者名/発表者名
      福水健次
    • 総ページ数
      236
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] カーネル法入門--正定値カーネルによるデータ解析--2010

    • 著者名/発表者名
      福水健次
    • 総ページ数
      236
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 力学系理論による化学反応論の理解と発展

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹, 高橋陽一郎編集
    • 出版者
      高等研より出版予定
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://minnie.disney.phys.nara-wu.ac.jp/~toda/index_j.html

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] chaos and nonlinear science

    • URL

      http://minnie.disney.phys.nara-wu.ac.jp/~toda/index_j.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2010-11-30   更新日: 2019-07-29  

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